Comments 71
«Во время встречи врач-генетик подробно рассказывает...» — т.е. вся самая важная информационная выжимка дается устно?
сколько будет длиться консультация с генетиком? к ней надо как-то готовиться?
Расскажите когда будут хотя бы сравнительно конкурентные цены. На дантелабс сейчас секвенируют полный геном за 300 евро, да, по акции, но акции регулярно и бывает даже дешевле. С обычными тестами тоже всё понятно, в среднем сырые данные и базовый анализ генеалогии по скидке можно получить за 50-75 долларов. Понимаю что у нас спрос не тот но откуда такая чудовищная пропасть в ценах?
Nebula за сотню делает полный геном и сырые данные сразу доступны для скачивания.
А где сотня, я вижу за $149?
На Небула за сотню (сейчас уже 150, видимо по 100 какая-то акция со скидками была) качество сканирования просто ниже плинтуса:
Low-pass Whole Genome Sequencing (0.4x coverage)
Уровень покрытия генома 0.4x против 30x у Атласа. Это даже полным геномом назвать нельзя — так «похватали поверхам» кусочки из которых даже одну полную копию генома не собрать, не говоря уже о количестве ошибок которое будет в таких данных — без избыточности считывания их не исправить программно.
В общем ни о чем совершенно — сгодится только как аналог теста на микрочипах, которое тоже отдельные кусочки выхватывет. На чипах их правда намного меньше (обычно до 1 млн. позиций), но зато этот 1 млн. в «наиболее интересных» местах, а не случайно как тут и с меньшим количеством ошибок. У всех людей геном совпадает на 99.5% и содержит одну и туже информацию. Чипы собирают данные только в меняющихся участках составляющих доли %.
А вот на дантелабс за 300 евро (в данный момент 160 но это скидка на время) вроде идет полноценное сканирование с 30х покрытием. Но это без анализа считанных данных, только сырые данные — их анализ заказывается отдельно за отдельную плату. И полный пакет анализа целых 500 евро стоит. Единственно что хорошо — можно выбрать только интересующие наборы отдельно и по отдельности они недорогие.
Low-pass Whole Genome Sequencing (0.4x coverage)
Уровень покрытия генома 0.4x против 30x у Атласа. Это даже полным геномом назвать нельзя — так «похватали поверхам» кусочки из которых даже одну полную копию генома не собрать, не говоря уже о количестве ошибок которое будет в таких данных — без избыточности считывания их не исправить программно.
В общем ни о чем совершенно — сгодится только как аналог теста на микрочипах, которое тоже отдельные кусочки выхватывет. На чипах их правда намного меньше (обычно до 1 млн. позиций), но зато этот 1 млн. в «наиболее интересных» местах, а не случайно как тут и с меньшим количеством ошибок. У всех людей геном совпадает на 99.5% и содержит одну и туже информацию. Чипы собирают данные только в меняющихся участках составляющих доли %.
А вот на дантелабс за 300 евро (в данный момент 160 но это скидка на время) вроде идет полноценное сканирование с 30х покрытием. Но это без анализа считанных данных, только сырые данные — их анализ заказывается отдельно за отдельную плату. И полный пакет анализа целых 500 евро стоит. Единственно что хорошо — можно выбрать только интересующие наборы отдельно и по отдельности они недорогие.
Даже за 160 евро. Но там не всё так просто. Насколько я понял, качество данных хуже, чем у компаний, выполняющих выборочное секвенирование. Вот тут www.beholdgenealogy.com/blog/?p=2879 и в следующих двух статьях энтузиаст, уже имеющий данные от пяти компаний, заказал ещё и полный геном, но оказалось, что данные хуже согласуются, не полные. Просто так их сконвертировать в формат, который бы поняли генеалогические сайты, не выйдет. Не знаю как с этим у Атласа.
Dante lab — интересная компания. У нас человек 7 заказали их полногеномные тесты ради исследовательского интереса год назад на Черную пятницу. Как итог: кто-то не получил свои данные до сих пор, хотя пробирки отправили в феврале, кто-то получил, но не с покрытием 30х, а с покрытием 7х, а также ограниченную интерпретацию без заключения биоинформатика, то есть без данных по раннее неописанным мутациям. Сырые данные высылают на жестком диске. И тоже кто-то ждет его уже полгода. В общем, у нас есть вопросы к такому подходу работы с полногеномными данными.
Как мы писали в статье — наш тест самый дешевый на российском рынке. А разница цен с международными компаниями связана со стоимостью секвенирования на территории России. Мы не можем советовать, где лучше делать полногеномный анализ. Каждый покупатель решает этот вопрос сам. Кому-то подходят услуги, которые предлагают Dante, кому-то — нет.
Как мы писали в статье — наш тест самый дешевый на российском рынке. А разница цен с международными компаниями связана со стоимостью секвенирования на территории России. Мы не можем советовать, где лучше делать полногеномный анализ. Каждый покупатель решает этот вопрос сам. Кому-то подходят услуги, которые предлагают Dante, кому-то — нет.
Вот кстати не понял — зачем они с жесткими дисками возятся?
Можете прокомментировать:
Как понимаю полный набор исходных сырых данных для одного полногемного теста с хорошим покрытием (>=30x) порядка 200 ГБ занимает?
Даже в несжатом виде это не такой уж запредельный объем, чтобы его нельзя было через интернет выкачать.
Тем более если использовать сжатие, FASTQ очень «расточительный» формат, в бинарном(а не текстовом) виде тоже самое можно раз 5 компактнее записать. Ну или простой архиватор тоже 3-4 кратное сжатие должен давать. Так что 200 ГБ превратятся в 50-70 ГБ.
Зачем же тогда жесткие диски?
Можете прокомментировать:
Как понимаю полный набор исходных сырых данных для одного полногемного теста с хорошим покрытием (>=30x) порядка 200 ГБ занимает?
Даже в несжатом виде это не такой уж запредельный объем, чтобы его нельзя было через интернет выкачать.
Тем более если использовать сжатие, FASTQ очень «расточительный» формат, в бинарном(а не текстовом) виде тоже самое можно раз 5 компактнее записать. Ну или простой архиватор тоже 3-4 кратное сжатие должен давать. Так что 200 ГБ превратятся в 50-70 ГБ.
Зачем же тогда жесткие диски?
А вы уже начали давать доступ к сырым результатам секвенирования? или до сих пор не считаете своих клиентов владельцами их собственного генома?
Мы всегда выдавали сырые данные по запросу клиентов в службу поддержки.
На техническом ресурсе ваш продукт имел бы больше популярности если бы доступ к сырым данным, тому что больше всего может быть интересно IT специалисту, освещался более явно. Сам доступ к данным был бы более простым и понятным. И сбор образцов был бы так же более простым и лёгким для конечного пользователя. Как это сделано у некоторых ваших зарубежных конкурентов. А набор отчётов, который вы так старательно рекламируете, потеряет свою новизну и интерес сразу после прочтения и поэтому не выглядит стоящим той цены, которую вы за него просите.
Погодите, ведь сырые данные доступны в ЛК Атласа в виде текстового файла. Или речь о чем то другом?
Я не знаю какие данные доступны в личном кабинете, а на сайте этот момент никак не описан, по этому и спросил. Можно предположить, что результат секвенирования полного генома должен быть достаточно объёмным, файлы могут быть размером в сотни гигабайт. В этой же статье упоминаются файлы формата sam и bam.
До этого момента они предлагали только анализ на микрочипах и соответственно сырые данные представляли собой только перечень выявленных снипов (SNP).
Этот тест кардинально отличается в техническом плане и тут целый набор файлов со своими форматами и на порядки большего объема, включая полную копию генома и то как он «реконструировался». Не ясно отдают ли они его или тоже только результат анализа в виде тех же SNP после сравнения вашего ген. кода с «эталонным человеком».
Этот тест кардинально отличается в техническом плане и тут целый набор файлов со своими форматами и на порядки большего объема, включая полную копию генома и то как он «реконструировался». Не ясно отдают ли они его или тоже только результат анализа в виде тех же SNP после сравнения вашего ген. кода с «эталонным человеком».
Я вот почти полный ламер в вопросах генетики. Задам простой ламерский вопрос. Если я хочу, чтобы в недалёком (или далёком) будущем, или даже в настоящем, вырастили моего полного клона (разумеется, это будет младенец, не имеющий моих знаний; просто как бы однояйцевый брат-близнец, только моложе меня) — что для этого нужно сделать сейчас? Только сохранить свой биологический материал, или всё же можно сделать подобное описанному в статье считывание генома и записать на винт, и по этой информации можно будет однажды вырастить клона меня? То есть будет ли информация полной? Или это годится только для медицинских исследований?
В статье написано вот, что часть генетического кода из теломер невозможно прочитать, это уже значит, что точного клона не вырастить?
В статье написано вот, что часть генетического кода из теломер невозможно прочитать, это уже значит, что точного клона не вырастить?
Теоретически этого генетического кода должно быть достаточно для сначала синтеза ДНК, а потом и создания клона из нее.
В несчитываемых тут участках по текущим научным представлениям ничего полезного нет, это «технические» участки хоромосом, нужные для обеспечения сохранности остального (значимого) генетического материала. Например теломеры постепенно «обрезаются» при каждом делении клетки и служат своего рода «защитными колпачками» — не дают отрезать участки с важным ген. кодом.
На практике — таких длинных и сложных цепочек нуклеотидов как человеческая ДНК сейчас синтезировать пока не умеют даже близко и не ясно когда это будет возможно. А то что умеют (ДНК уровня вирусов или максимум бактерий) стоит очень больших денег, на порядки дороже процесса считывания/оцифровки.
В несчитываемых тут участках по текущим научным представлениям ничего полезного нет, это «технические» участки хоромосом, нужные для обеспечения сохранности остального (значимого) генетического материала. Например теломеры постепенно «обрезаются» при каждом делении клетки и служат своего рода «защитными колпачками» — не дают отрезать участки с важным ген. кодом.
На практике — таких длинных и сложных цепочек нуклеотидов как человеческая ДНК сейчас синтезировать пока не умеют даже близко и не ясно когда это будет возможно. А то что умеют (ДНК уровня вирусов или максимум бактерий) стоит очень больших денег, на порядки дороже процесса считывания/оцифровки.
Насколько знаю, на текущем уровне технологий наиболее реальный вариант — использование стволовых клеток, так что если планируете клона при жизни, то заранее что-то предпринимать не обязательно — стволовые клетки должны в небольшом количестве сохранятся в костном мозге.
Я тоже не являюсь специалистом, но из того, что было в нескольких курсах, сделал вывод, что «текст» генома не является единственным источником правды для формирования организма, даже если не брать в расчёт среду. Помимо него есть ещё и так называемые эпигенетические маркеры — особые метки (например, с помощью присоединения метильных групп к цитозину), которые блокируют или наоборот активируют соответствующий ген. Таким образом, можно иметь весь код генома, но не имея информации об этих метках невозможно предсказать все особенности организма. В сумме это называют эпигеномом. Когда-нибудь и его научатся сканировать, но там уже разная картина в разных видах клеток, насколько я понимаю. Собственно, само формирование разных тканей и происходит благодаря ему. И он тоже в какой-то степени наследуется.
Вообще, чем больше изучаешь механизмы эволюции видов и внутреннюю организацию клеток, тем больше осознание, что будь это программа, качество которой нужно оценить, ничего кроме «г… код» в голову бы не пришло. Тут тебе и смешение зон ответственности, и смешение данных и кода, куча грязных хаков, неоправданных усложнений и заброшенных частей. Алгоритмы работают плохо. Ну вот что стоило сделать абсолютно надёжный механизм контроля целостности ДНК? Нет, ничего подобного, постоянно возникают ошибки, ведущие к гибели и страданиям несчастных особей. Потому что до самих особей эволюции нет ни малейшего дела — это расходный материал. Особенно, если особь вышла из репродуктивного возраста. Для эволюции главное — видовое приспособление.
Вообще, чем больше изучаешь механизмы эволюции видов и внутреннюю организацию клеток, тем больше осознание, что будь это программа, качество которой нужно оценить, ничего кроме «г… код» в голову бы не пришло. Тут тебе и смешение зон ответственности, и смешение данных и кода, куча грязных хаков, неоправданных усложнений и заброшенных частей. Алгоритмы работают плохо. Ну вот что стоило сделать абсолютно надёжный механизм контроля целостности ДНК? Нет, ничего подобного, постоянно возникают ошибки, ведущие к гибели и страданиям несчастных особей. Потому что до самих особей эволюции нет ни малейшего дела — это расходный материал. Особенно, если особь вышла из репродуктивного возраста. Для эволюции главное — видовое приспособление.
Ну, однажды люди возьмут это под полный контроль. Может, подправят геном, а может, вовсе оцифруют сознания, объединят их в одно и запустят это мега-сознание в виртуальном мире. У Виктора Аргонова интересные идеи на этот счёт в рамках трансгуманизма, например, в его музыкальных видео «Переосмысляя прогресс».
Эпигенетические факторы конечно тоже важны, но это же как раз полностью или почти полностью влияние среды при развитии. Начиная правда с самых ранних этапов развития — еще с первых делений клетки зародыша при вынашивании и даже чуть раньше (формирования половых клеток родителей, которые потом слившись и дадут зародыш).
Поэтому в т.ч. даже однояйцевые близнецы имеющие идентичный генетический код чуть-чуть отличаются друг от друга уже с момента рождения, не говоря уже о дальнейшем развитии и росте когда факторы внешней среды для них могут начать существенно отличаться.
Насколько знаю никто не доказал/не показал именно наследование эпигенетики за рамками воздействия среды в широком плане. В широком — это включая родителей как факторов этой среды (диета, привычки, образ и место жизни, гормональный фон и т.д.) влияющих на то как имеющий генетический код будет «исполняться» превращаясь в живой организм.
P.S.
Насчет «говнокода» полностью согласен. Чем больше изучаешь и понимаешь механизмы, тем больше именно такое впечатление. Причем это не только к генетике относится, но во многом к биологическому функционированию сложных организмов как человек в целом — системы обмена веществ, регуляции и обратных связей, систем иммунитета и прочих.
Почти везде костыли на костылях и костылями погоняют и общая картина и «вот со всем этим дерьмом мы сейчас попытаемся взлететь».
По сравнению с тем что «наваяла»нам природа в процессе эволюции пресловутый «индусский код» это просто образец аккуратности, строгости и логичности.
Поэтому в т.ч. даже однояйцевые близнецы имеющие идентичный генетический код чуть-чуть отличаются друг от друга уже с момента рождения, не говоря уже о дальнейшем развитии и росте когда факторы внешней среды для них могут начать существенно отличаться.
Насколько знаю никто не доказал/не показал именно наследование эпигенетики за рамками воздействия среды в широком плане. В широком — это включая родителей как факторов этой среды (диета, привычки, образ и место жизни, гормональный фон и т.д.) влияющих на то как имеющий генетический код будет «исполняться» превращаясь в живой организм.
P.S.
Насчет «говнокода» полностью согласен. Чем больше изучаешь и понимаешь механизмы, тем больше именно такое впечатление. Причем это не только к генетике относится, но во многом к биологическому функционированию сложных организмов как человек в целом — системы обмена веществ, регуляции и обратных связей, систем иммунитета и прочих.
Почти везде костыли на костылях и костылями погоняют и общая картина и «вот со всем этим дерьмом мы сейчас попытаемся взлететь».
По сравнению с тем что «наваяла»нам природа в процессе эволюции пресловутый «индусский код» это просто образец аккуратности, строгости и логичности.
Уже не совсем так. Эпигенетическое наследование чётко доказано для растений и беспозвоночных, а для млекопитающих ещё некоторые учёные упираются, но против фактов не попрёшь. Эпигенетические метки по идее должны стираться после оплодотворения и такой механизм есть, но как всегда спешили к релизу и работает он только на 99%.
Тут хорошо описано: learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance
Тут хорошо описано: learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance
что стоило сделать абсолютно надёжный механизм контроля целостности ДНК?
Тогда не было бы случайных мутаций, и популяция "застыла" бы — изменчивость стала бы невозможной, происходил бы только обмен участками существующего кода, появление нового не происходило бы.
Да, эволюция — бессердечная су скотина, у неё нет других механизмов отбора, кроме как смерть плохо приспособленных.
Да, действительно, но это ведь касается мутаций в половых клетках (гаметах) или при их формировании (мейоз). Только такие мутации переходят к потомкам и являются причиной эволюционных изменений. А мутации в остальных (соматических) клетках просто приносят страдания владельцу и теоретически можно было бы их избежать. Хотя вполне возможно, чего-то не учитываю.
Кстати, с развитием методов редактирования генома, человек выходит на скользкую тропинку борьбы с эволюцией, мутациями. К чему это приведёт, пока никто не знает, но явно очень сильно изменит человечество. Скорее всего, станет распространено планирование будущего ребёнка в аналоге магазина приложений или как создание героев в играх. Цвет глаз такой, рост такой, защита от таких-то болезней. Наиболее удачные конфигурации будут идти под лицензиями, но что-то будет и открытым. Фактически, клонирование на аналитическом уровне будет происходить. С существующими темпами лет через 15-30 вполне можно ожидать.
Кстати, с развитием методов редактирования генома, человек выходит на скользкую тропинку борьбы с эволюцией, мутациями. К чему это приведёт, пока никто не знает, но явно очень сильно изменит человечество. Скорее всего, станет распространено планирование будущего ребёнка в аналоге магазина приложений или как создание героев в играх. Цвет глаз такой, рост такой, защита от таких-то болезней. Наиболее удачные конфигурации будут идти под лицензиями, но что-то будет и открытым. Фактически, клонирование на аналитическом уровне будет происходить. С существующими темпами лет через 15-30 вполне можно ожидать.
Да, действительно, но это ведь касается мутаций в половых клетках (гаметах) или при их формировании (мейоз).
Вы правы, но помните, что текущая система образовалась как результат случайного отбора, поэтому в ней грабли едут на велосипедах и костылями погоняют. "Это не есть хорошая работа. Если это лучшее, на что способен Бог, то я не впечатлён. Таким результатам не место в резюме наисовершеннейшего существа. Такой дряни можно ожидать от временного офисного работника с дурным характером." © Джордж Карлин Предложенный Вами вариант на порядки лучше — но образоваться в результате эволюции он не мог, потому что в нём сначала должна была возникнуть "система починки", а потом кто-то должен был вмешаться и сказать "пусть она будет работать везде, но не в этих клетках".
(Знаю, что повторяюсь, но поясню мою изначальную мысль: как правильно говорит Сьюзен Блекмор, "если имеют место изменчивость, отбор и наследование, то эволюция не может не возникнуть". Ваша оригинальная идея была — выбить отсюда первый столп: изменчивость.)
К сожалению, почти все вещи фенотипа не кодируются каким-то одним геном, а возникают при их комплексном взаимодействии, к которой еще добавляется среда. И я подозреваю, что моделирование такого взаимодействия не будет дешевле, чем запуск реальных генов, т.е. просчитать заранее его будет невозможно. Поэтому я бы на конфигурирование а ля РПГ не рассчитывал.
> что стоило сделать абсолютно надёжный механизм контроля целостности ДНК?
Если бы такой механизм был у простейших, то людей вообще бы сейчас не было, одни амебы.
Если бы такой механизм был у простейших, то людей вообще бы сейчас не было, одни амебы.
А вы только в Москве есть? У вас филиалы есть в других городах?
Мы отправляем тесты во все города России. Курьер привозит и забирает пробирку. В ней содержится специальный раствор, который сохраняет ДНК целой для проведения секвенирования. Данные автоматически появятся в личном кабинете.
Я заинтересован в услугах, подобных вашим. Однако приобретенная параноидальность заставляет меня спросить: как я могу быть уверен, что вы исследовали именно мой геном? Ну, допустим, какие-то ключевые точки генома относятся ко мне, но ведь остальные данные вполне могут быть случайными, не моими — вполне логично снижать производственные расходы таким образом. Проверить полученные данные, как обычный потребитель, я не могу. К тому же, вы в статье указываете на то, что между результатами разных лабораторий могут быть серьезные отличия ввиду использования разных чипов/реактивов/методов анализа. А ведь вопрос серьезный: выявление каких-либо генетически детерминированных особенностей может повлечь за собой недешевую смену образа жизни. Или, скажем, привести к формированию невроза, если в силу каких-то причин я не смогу поменять образ жизни. А если результаты анализа будут фальшивы, то последующие расходы бессмысленны.
Как мне понять, что полученные данные валидны? Какую ответственность вы, как юр. лицо, несёте за предоставляемую информацию?
1. Вы можете провести валидацию любого из найденных вариантов из предоставляемого VCF файла в лабораториях, предоставляющих соответствующие услуги (ПЦР, Сэнгер).
2. По запросу пользователя мы выдаем FASTQ файлы — сырые данные с секвенатора. Вы можете сами провести весь необходимый анализ и сравнить полученные результаты с предоставляемыми нами.
3. Вы можете сдать несколько ДНК тестов (как на чипах, так и с использованием NGS) в разных компаниях/лабораториях и сравнить полученные сырые данные на конкордантность. В статье мы не рекомендовали сверять результаты после интерпретации.
4. За много лет работы в России, Европе и Канаде мы не сталкивались с претензиями пользователей по поводу рандомности полученных ими данных.
5. Да, как юридическое лицо мы несем ответственность за результаты, предоставляемых данных.
2. По запросу пользователя мы выдаем FASTQ файлы — сырые данные с секвенатора. Вы можете сами провести весь необходимый анализ и сравнить полученные результаты с предоставляемыми нами.
3. Вы можете сдать несколько ДНК тестов (как на чипах, так и с использованием NGS) в разных компаниях/лабораториях и сравнить полученные сырые данные на конкордантность. В статье мы не рекомендовали сверять результаты после интерпретации.
4. За много лет работы в России, Европе и Канаде мы не сталкивались с претензиями пользователей по поводу рандомности полученных ими данных.
5. Да, как юридическое лицо мы несем ответственность за результаты, предоставляемых данных.
Уже выше в принципе ответили, но допишу.
Самое надежное, хоть и не самое дешевое если есть сомнения: просто провести тест еще в одном месте у другой компании, только уже в режиме только сырых данных, без интерпретации и анализа (что намного дешевле). И просто сравнить, если обе компании проводили тест добросовестно исходные данные должны совпадать с очень высокой точностью.
Самое надежное, хоть и не самое дешевое если есть сомнения: просто провести тест еще в одном месте у другой компании, только уже в режиме только сырых данных, без интерпретации и анализа (что намного дешевле). И просто сравнить, если обе компании проводили тест добросовестно исходные данные должны совпадать с очень высокой точностью.
Это вы молодцы, что пошли в полногеномное секвенирование. В связи с этим вы закрываете «медицинские предсказания» по генотипирующим чипам или продолжите рисковать? )
Ценник действительно хороший, если это с учетом интепретации. Расскажите подробнее, на чем будете секвенировать, Illumina, Pacbio? Интерпретацию сами будете делать? Или пока не понимаете объемов работы? Будете ли продвигать свои данные в сторону медицинских или останетесь популяризаторами генетики?
Где будете хранить данные по полногеномному?
Ценник действительно хороший, если это с учетом интепретации. Расскажите подробнее, на чем будете секвенировать, Illumina, Pacbio? Интерпретацию сами будете делать? Или пока не понимаете объемов работы? Будете ли продвигать свои данные в сторону медицинских или останетесь популяризаторами генетики?
Где будете хранить данные по полногеномному?
Интерпретация делается всегда нами и доступна в личном кабинете. Клиническая интерпретация от Лаборатории клинической биоинформатики, с которой работают многие генетики России, будет также доступна каждому пользователю гентеста. ДНК-микрочипы по-прежнему остаются в списке продуктов компании.
Секвенируем на BGI DNBSEQ-G400. Все данные российских пользователей хранятся в деперсонализированном виде на территории России, как того требует ФЗ №152 «О персональных данных».
Ну что уж вы так…, я не «оттуда». Просто 23иМе, получили «по шапке» за медицинские предсказания и прекратили этот вид деятельности.
У нас этот вопрос пока не столь под надзором, но скорее всего быстро придет к этому.
Вы хорошие ребята и вас любят, жалко будет, если вместо вас придет какой-нибудь «сберкоген».
В связи с этим и был вопрос. Двигаетесь ли вы в сторону сертификации исследований, как медицинского продукта. Я не в курсе, ЛКБ имеет медицинский сертификат на деятельность?
Что касается хранения — полный геном это реальная бигдата, к тому же наверняка, потребует медицинской сертификации в будущем, если будет являться частью медицинской услуги. В этом был вопрос.
У нас этот вопрос пока не столь под надзором, но скорее всего быстро придет к этому.
Вы хорошие ребята и вас любят, жалко будет, если вместо вас придет какой-нибудь «сберкоген».
В связи с этим и был вопрос. Двигаетесь ли вы в сторону сертификации исследований, как медицинского продукта. Я не в курсе, ЛКБ имеет медицинский сертификат на деятельность?
Что касается хранения — полный геном это реальная бигдата, к тому же наверняка, потребует медицинской сертификации в будущем, если будет являться частью медицинской услуги. В этом был вопрос.
Мы ведем работу по созданию законопроекта, который должен привести к возможности регистрации таких сложных технологий. Текущая законодательная база не позволяет это сделать — ни чипы, ни геномы. Мы транслируем рекомендации ведущих европейских и американских профессиональных сообществ, которые уже серьезно регламентируют работу с пользователями. Есть методические рекомендации, на основании которых мы строим контроль качества, выдачу признаков, работу с пациентами.
Сама по себе сертификация как медицинского продукта в России не дает никакой гарантии того, что, например, результаты предсказания рисков являются правдивыми. Что действительно важно для интерпретации генетических данных по здоровью — валидировать алгоритмы расчета рисков. Атлас проводил это на 350 000 европейцах из датасета UK Biobank, для которых известны генотипы, образ жизни и диагнозы. Многие риски предсказываются достаточно точно для скринингового теста, хотя по некоторым заболеваниям мы увидели, что нужно улучшать модель предсказания риска. Этим команда Атласа и занимается в настоящий момент. Обновление для всех пользователей гентеста и будущих пользователей Полного генома выйдет в конце декабря или начале января.
Сама по себе сертификация как медицинского продукта в России не дает никакой гарантии того, что, например, результаты предсказания рисков являются правдивыми. Что действительно важно для интерпретации генетических данных по здоровью — валидировать алгоритмы расчета рисков. Атлас проводил это на 350 000 европейцах из датасета UK Biobank, для которых известны генотипы, образ жизни и диагнозы. Многие риски предсказываются достаточно точно для скринингового теста, хотя по некоторым заболеваниям мы увидели, что нужно улучшать модель предсказания риска. Этим команда Атласа и занимается в настоящий момент. Обновление для всех пользователей гентеста и будущих пользователей Полного генома выйдет в конце декабря или начале января.
Расскажите плз, чем это отличается от услуг конкурентов — ancestry и т.д.?
Правильно ли я понимаю, что имея полную ДНК и расшифровку без оснований полагать какой-либо определенный диагноз, я получаю N поводов для паранойи? То есть вроде как не все гены работают, и наличие некоторых мутаций может быть необходимым, но далеко не достаточным условием болезни X. Таким образом, я как Анжела Джоли встану перед выбором — отрезать заранее на всякий случай или авось повезет?
По факту, у Анджелины Джоли было 2 варианта: 1) выполнить себе радикальную операцию и избавиться от риска заболеть раком и 2) умереть от рака молочной железы. Наследственная форма рака молочной железы встречается в 5–10% случаев и значительно повышает риск развития заболевания.
Результаты Полного генома вряд ли можно считать поводом для паранойи, скорее это повод либо успокоиться, либо занять активную позицию по управлению рисками заболеваний, либо взвешено подойти к планированию семьи.
Результаты Полного генома вряд ли можно считать поводом для паранойи, скорее это повод либо успокоиться, либо занять активную позицию по управлению рисками заболеваний, либо взвешено подойти к планированию семьи.
описанный вами здесь метод ngs секвенирования неточен. это больше похоже на классическое секвенирование по Сэнгеру. при сборке генома из ридов применяется термин assembly но никак не картирование. картирование это по сути определение роли «данного» фрагмента в геноме, т.е. к какой хромосоме или какому шену он относится. Да, процессы взаимосвязанные, но сначала идет «сборка» ридов. длина одного рида, если я правильно помню около 300 ар оснований (нуклеотидов), чтобы «увидеть» более длинную последовательность сначала ее надо собрать из ридов, что и называется «assembly»
Судя по описанию они используют метод секвенирования Illumina/Solexa
Вероятно закупили секвенатор из серии HiSeq 1500/2500
Длину одно рида можно посмотреть увеличив скриншоты из программы в статье выше — по 100 пар оснований.
Почему не точен? Ну вообще все существующие методы чтения генома не дают 100% точности и все включают нарезку ДНК на небольшие отрывки и последующую «сборку» из них исходной последовательности уже при цифровой обработке считанных данных.
Но при точности чтения «сырых» данных такими секвенаторами >99% и среднем покрытии генома ридами >30 раз ошибок в восстановленной последовательности должно быть очень мало — почти все ошибки исходного считывания будут исправлены при сравнении многократно прочитанных копий одного и того же участка уже в программной обработке на компьютере.
Вероятно закупили секвенатор из серии HiSeq 1500/2500
Длину одно рида можно посмотреть увеличив скриншоты из программы в статье выше — по 100 пар оснований.
Почему не точен? Ну вообще все существующие методы чтения генома не дают 100% точности и все включают нарезку ДНК на небольшие отрывки и последующую «сборку» из них исходной последовательности уже при цифровой обработке считанных данных.
Но при точности чтения «сырых» данных такими секвенаторами >99% и среднем покрытии генома ридами >30 раз ошибок в восстановленной последовательности должно быть очень мало — почти все ошибки исходного считывания будут исправлены при сравнении многократно прочитанных копий одного и того же участка уже в программной обработке на компьютере.
Для коллинга вариантов не нужно заниматься genome assembly и собирать контиги, которые никак не помогают достоверно определить наличие варианта с учетом LOD и постериорных вероятностей. Для коллинга как раз необходимо картирование ридов (100-150 bp обычно) и их стэкинг в бам/сам файл. Дальше с набором ридов, содержащих альтернативный аллель (или только референсный аллель, или как референсный, так и альтернативный аллель) работают ML и более сложные программные решения. Кстати, совсем не похоже на Сэнгер, если вдаваться в детали. Единственное, чем похоже, так это использованием флуоресцентных зондов. И да, они используются как в Сэнгере, так и в нескольких нгсных технологиях.
А теперь вопрос — насколько это предложение будет конкурентноспособно с аналогичным от https://www.fullgenomes.com/
Речь не только про интерпретацию (она не всем нужна и ее всегда можно дозаказать при наличии BAM), а ещё и секвенирование отдельно.
Конечно, круто, что в России есть лаборатория практически мирового уровня. Но экономическую подоплеку никто не отменял. И сделать цены доступными можно только при массовости продукта
По сравнению с указанным по ссылке — в принципе вполне конкурентноспособно.
По ссылке заявлена стоимость полногемного сканирования при глубине(качестве) прочтения 30х как у Атласа — 1150$ или 75.5 тыс. руб по текущему курсу. Как понимаю это без анализа вообще, только «сырые данные».
А такое же 30х сканирование с развернутым анализом данных — 1800$ (113 т.р.)
Ну а по меркам рынка РФ это вообще хорошо. Они и так подвинут местный рынок неплохо своим предложением. Около 2 лет назад таким вопросом интересовался и аналогичные услуги полногеномного сканирования + анализа у нас стоили начиная от 250-300к, на этом фоне выйти с предложением в 95к вполне адекватно.
Глядишь через пару лет и совсем доступные цены будут.
По ссылке заявлена стоимость полногемного сканирования при глубине(качестве) прочтения 30х как у Атласа — 1150$ или 75.5 тыс. руб по текущему курсу. Как понимаю это без анализа вообще, только «сырые данные».
А такое же 30х сканирование с развернутым анализом данных — 1800$ (113 т.р.)
Ну а по меркам рынка РФ это вообще хорошо. Они и так подвинут местный рынок неплохо своим предложением. Около 2 лет назад таким вопросом интересовался и аналогичные услуги полногеномного сканирования + анализа у нас стоили начиная от 250-300к, на этом фоне выйти с предложением в 95к вполне адекватно.
Глядишь через пару лет и совсем доступные цены будут.
P.S.
Сильно дешевым такие тесты все-равно пока не могут быть, массовость не особо поможет, т.к. есть большие расходы.
стоимость необходимого оборудования — порядка несколько сотен тыс. $ за комплект + расходники на каждый тест
длительность одного теста — несколько дней по времени
+ весьма ресурсоемкие обработка и хранение данных на мощных компах после считывания: на каждый проведенный тест получаем больше 100 ГБ сырых данных, которые нужно хранить и обсчитывать при анализе
+ работа нескольких задействованных в процессе человек разных профессий
Сильно дешевым такие тесты все-равно пока не могут быть, массовость не особо поможет, т.к. есть большие расходы.
стоимость необходимого оборудования — порядка несколько сотен тыс. $ за комплект + расходники на каждый тест
длительность одного теста — несколько дней по времени
+ весьма ресурсоемкие обработка и хранение данных на мощных компах после считывания: на каждый проведенный тест получаем больше 100 ГБ сырых данных, которые нужно хранить и обсчитывать при анализе
+ работа нескольких задействованных в процессе человек разных профессий
Большие расходы на оборудование, это потому что их делают большими, те кто его продает. У Иллюмины сколько сейчас доля? около 80% рынка…, это с покупкой Кайген или еще больше? Ждем китайцев, они наше все) Только на них надежда, что просадят ценник на сиквенс.
СОгласен, от интерпретации никуда не деться, это сейчас самое главное «бутылочное горло»… и в будущем видимо это и будет основной составляющей цены.
СОгласен, от интерпретации никуда не деться, это сейчас самое главное «бутылочное горло»… и в будущем видимо это и будет основной составляющей цены.
Ну, как сказать. Dante Labs — 152 евро с купоном и по скидке. Доставка туда и обратно включена, правда, с DHL возникли проблемы, пришлось обычной почтой назад слать. Но посмотрим на качество. Натыкался недавно на статью, где пишут, что качество данных, предоставляемых сервисами по секвенированию полных геномов, крайне низкое. Чуть ли не четверти данных по генам доверять нельзя. Не знаю к какому уровню покрытия это относится. У Dante заявляют 30x. Так что большой вопрос, не является ли это больше игрушкой и способом подзаработать.
Возможно, кому-то будет интересно. Пришли результаты с Dante Labs. Сравнить особо не с чем. Покрытие чуть меньше ожидаемого 30x, но в целом неплохое. Считаю, за свою цену — идеальный вариант. Проблемы со скоростью обработки они порешали, мне менее чем за 2 месяца пришло. Данные можно качать (40 ГБ BAM файл, либо чуть больше FASTQ файлы, более низкоуровневые, без выравнивания), можно подключиться к Sequencing, те сами скачают и кое-что по ним покажут. Что-то бесплатно, что-то за небольшую плату. Есть множество сервисов, куда можно заливать VCF-файлы и выдаёт довольно много медицинской инфы. Например, убедился, что чувствительность к горькому у меня имеется, поэтому пиво и брокколи не нравятся. С генеалогическими сайтами сложнее. Пришлось сконвертировать полный геном в урезанный формат 23AndMe. Раскидал по сайтам, пока чётких совпадений нет, но поковыряться интересно со всем этим.
а сколько x было покрытие если не 30?
Что-то в районе 24x. Как я понял, 30x это среднее число считываний каждой позиции. Но из-за того, что не все прочтения можно сопоставить со справочным человеческим геномом, итоговое покрытие оказывается ниже. Мне из Dante Labs сообщили, что всего 80% сопоставлено, видимо, загрязнение образца прочей живностью. Слюна это не кровь всё-таки. Читал совет при сборе слюны чуть раскровить десну, но это, конечно, не всем подойдёт.
А что у вас на слайде сравнивающем новый тест с анализом Снипов на чипах за число в 590 млн. «позиций генома» фигурирует?
Если заявлено полное сканирование всего генома, ну кроме небольших трудночитаемых участков типа упомянутых теломер и центромер, то это должно быть порядка 3 миллиардов пар оснований (bp). 3.3 млрд. всего в ДНК минус нечитаемые по данной технологии отрезки.
Что за 590 млн позиций тогда?
Если заявлено полное сканирование всего генома, ну кроме небольших трудночитаемых участков типа упомянутых теломер и центромер, то это должно быть порядка 3 миллиардов пар оснований (bp). 3.3 млрд. всего в ДНК минус нечитаемые по данной технологии отрезки.
Что за 590 млн позиций тогда?
Прошу прощение, за нубство. 3.3 млрд — это с экзомом или без?
И 590 млн — я так понимаю — речь идёт о тех, для которых есть понимание за что они отвечают.
В геноме человека уникальных нуклеотидов более 3 млрд. Из них >70% не меняется никогда ни у одного человека. Остальное, что в человеческой популяции хоть когда-нибудь было зафиксировано в нескольких состояниях, называется генетическая вариация и содержится в базе данных dbSNP. Это более 600 млн известных вариаций.
В процессе анализа Полного генома читается >95% ДНК (исключение — центромеры, теломеры и некоторые другие сложные участки ДНК с множеством повторов). В худшем случае — на минимально допустимом среднем покрытии в 30Х — мы дадим результат о ~590 млн вариаций.
Это в формате VCF. Также при первом запросе мы дадим данные и в самом сыром формате FASTQ — все прочтения напрямую с секвенатора, — и в формате SAM, где эти прочтения выровнены нами на GRCh38
В процессе анализа Полного генома читается >95% ДНК (исключение — центромеры, теломеры и некоторые другие сложные участки ДНК с множеством повторов). В худшем случае — на минимально допустимом среднем покрытии в 30Х — мы дадим результат о ~590 млн вариаций.
Это в формате VCF. Также при первом запросе мы дадим данные и в самом сыром формате FASTQ — все прочтения напрямую с секвенатора, — и в формате SAM, где эти прочтения выровнены нами на GRCh38
Да, вспоминается история, что ДНК банана и человека на 99% совпадают )
в геноме человека около 1,5% кодирующих последовательностей. остальное регуляторные и прочие служебные последовательности, в т.ч. теломеры и центромеры
так что, именно эти 1,5% уникальные нуклеотиды). а если включить режим зануды, то уникальных нуклеотидов нет, их всего 4 (5 если считать урацил в составе РНК) есть уникальные последовательности.
Т.е. по умолчанию даете VCF с картой различий по SNP и 590 млн. относится к этому для прямого сравнения с тестами на чипах.
А по запросу клиента даете загрузить исходные FASTQ и SAM?
А по запросу клиента даете загрузить исходные FASTQ и SAM?
Спасибо за новость о WGS в России.
В Геномед это стоит 99 тыс. руб. (без интерпретации данных):
price.genomed.ru/?testid=856
В Генетико — столько же, но с интерпретаций (только для клинических целей):
genetico.ru/prices?id=57
Атлас со стоимостью генома 94,5 тыс. руб. заметно вырвался в лидеры. Особенно если стоимость интерпретации и часовой консультации входят в эту сумму.
В Геномед это стоит 99 тыс. руб. (без интерпретации данных):
price.genomed.ru/?testid=856
В Генетико — столько же, но с интерпретаций (только для клинических целей):
genetico.ru/prices?id=57
Атлас со стоимостью генома 94,5 тыс. руб. заметно вырвался в лидеры. Особенно если стоимость интерпретации и часовой консультации входят в эту сумму.
Sign up to leave a comment.
Что такое Полный геном и зачем он нужен