Comments 18
Я в данной теме не спец, позвольте уточняющий вопрос. Копирование ДНК с помощью упомянутой полимеразы — это то, что называют «Полимеразной цепной реакцией»? Или этот термин применяется для обозначения какого-то другого процесса?
сборка человеческого генома может помочь определить наличие в организме раковых клеток еще на ранних этапах
это каким образом?
Вот пример использования другой технологии секвенирования единичной клетки (MALBAC) для диагностики циркулирующих в крови раковых клеток: bernstein.harvard.edu/research/MALBAC.html
Другой подход секвенирования некультивируемых бактерийЭтот способ применяли тут?
Всегда было бы интересно узнать, каким образом рибосома синтезирует белки по РНК. Теперь меня заинтересовали полимеразы. Можно ли ожидать какой-нибудь статьи, направленной именно на полимеразы?
Полимеразы и то, что с ними связано, относятся скорее к молекулярной биологии и биотехнологиям. Я занимаюсь биоинформатикой (даже больше информатикой), поэтому, к сожалению, не смогу написать про них подробную статью, во всяком случае сейчас.
Могли бы вы куда нибудь выложить сырые данные, из которых необходимо восстановить геном? Желательно с примером восстановленного генома. Хочу попробовать с чистого листа решить эту задачу как программист с большим опытом работы по нагруженным алгоритмам, структурам данных и много поточному программированию.
Публичных данных и собранных геномов очень много.
Исходные данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
Геномы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
Можно скачать примеры с сайта нашей лаборатории
Например, вот
http://spades.bioinf.spbau.ru/data/
http://spades.bioinf.spbau.ru/spades_test_datasets/
Тестовые (урезанные) данные
http://spades.bioinf.spbau.ru/~helsinki_course/data/
Сразу предупрежу что времени может занять много. Возможно, есть смысл почитать какие-то статьи на эту тему.
Исходные данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
Геномы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
Можно скачать примеры с сайта нашей лаборатории
Например, вот
http://spades.bioinf.spbau.ru/data/
http://spades.bioinf.spbau.ru/spades_test_datasets/
Тестовые (урезанные) данные
http://spades.bioinf.spbau.ru/~helsinki_course/data/
Сразу предупрежу что времени может занять много. Возможно, есть смысл почитать какие-то статьи на эту тему.
Спасибо, а инфа по формату файлов есть какая нибудь?
Я размышлял по поводу данных, полученных в результате MDA, возникли некоторые вопросы.
1. Прочитанные кусочки имеют случайную длину и случайную позицию чтения? Или же есть некоторый шаг и кратность?
2. И действительно ли чтение хаотичное, или же все же есть некая закономерность? Грубо говоря, сначала читается геном по младшим адресам потом по старшим. Хотя это наверно не важно, в файл эти данные все равно должны попадать хаотично.
Я размышлял по поводу данных, полученных в результате MDA, возникли некоторые вопросы.
1. Прочитанные кусочки имеют случайную длину и случайную позицию чтения? Или же есть некоторый шаг и кратность?
2. И действительно ли чтение хаотичное, или же все же есть некая закономерность? Грубо говоря, сначала читается геном по младшим адресам потом по старшим. Хотя это наверно не важно, в файл эти данные все равно должны попадать хаотично.
Ага
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
Нужно еще разобраться с реверс-комплиментарностью, с парными ридами итд. В общем, биологические аспекты есть. Тут, может быть лучше найти какой-нибудь он-лайн курс или методичку.
Можете посмотреть слайды к моему курсу тут http://bioinformaticsinstitute.ru/courses/ngs/09-2015-12-2015
1. Длина фиксированная, позиция при полногеномном секвенировании случайная всегда.
2. Да, действительно. Нет, младших и старших адресов нету :) Можете почитать про процесс секвернирования подробней
https://en.wikipedia.org/wiki/Shotgun_sequencing
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_sequencing#Next-generation_methods
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
Нужно еще разобраться с реверс-комплиментарностью, с парными ридами итд. В общем, биологические аспекты есть. Тут, может быть лучше найти какой-нибудь он-лайн курс или методичку.
Можете посмотреть слайды к моему курсу тут http://bioinformaticsinstitute.ru/courses/ngs/09-2015-12-2015
1. Длина фиксированная, позиция при полногеномном секвенировании случайная всегда.
2. Да, действительно. Нет, младших и старших адресов нету :) Можете почитать про процесс секвернирования подробней
https://en.wikipedia.org/wiki/Shotgun_sequencing
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_sequencing#Next-generation_methods
Тогда такой вопрос в продолжение к первому. Вопрос о покрытии чтения. Можно ли надеется, что чтение было выполнено на каждой позиции кратно 1(или 2) хотя бы 1 раз?
Я так понимаю наиболее интересен процесс полногеномного секвенирования?
Я так понимаю наиболее интересен процесс полногеномного секвенирования?
Sign up to leave a comment.
Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномов