Pull to refresh

Comments 12

Доброго дня! Скажите, пожалуйста, я правильно понимаю, грубо говоря, цель сего мероприятия, чтобы сеть научилась получать соединения молекул, которые могут влиять на развитие раковых опухолей?
Добрый день!
Да, именно так. Причем побочно еще и предполагаемую концентрацию.
Не хило замахнулись =), спасибо за статью, было интересно. Вопрос лишь в том, если у вас получится реализовать и доказать, что сеть «справилась», поверят ли вам «специальные» люди… Сейчас же некоторые ученые не доверяют нейронным сетям, так как нельзя доказать правильность их работы
Insilico уже давно играется с сетями, были в Сколков, но ничего не вышло.

KuzmaKhrabrov, как получили соединение используете методы молекулярной динамики для проверки, всё ли норм?
эта конкретная статья — proof of concept, все эксперименты, простите за каламбур, in silico. но динамику в целом для других исследований считаем да, очень медленно и упорно. в данном случае не было цели получить драг, но еще пара статей и начнем воплощать.
проверки чего? это in silico исследование в результате которого мы получили, что половина сгенерированных этой сетью молекул имеет отношение к раку.
сейчас есть модели клеток. сгенерированное (у вас же есть формула или набор признаков?) вами вещество можно посмотреть в действии на клетку.

Есть модели раковых и здоровых.
можно, такой цели не было, чтобы получить действительно хороший результат недостаточно учесть только одну клеточную линию и препараты для нее. сейчас работаем над моделями которые позволят перейти к моделированию и к реальным испытаниям.
MACCS довольно странный выбор fingerprint-а, да и модель на основе fingerprint для машинного обучения не видится оптимальной, графы кажутся и логичней и перспективнее.
Из статьи не понял, есть ли какое-то преимущество перед банальной выборкой по similarity к известным активным веществам, хотелось бы видеть саму выборку, что бы понять, дал ли этот подход потенциальные хиты, которые традиционными методами не находятся.
В самой статье есть отчет о том к каким классам относятся сгенерированные вещества, я, к сожалению, в этом пока очень плохо разбираюсь, но ваш комментарий вполне уместен. Мы обучали модель только на одной клеточной линии и соответствующих препаратах, было бы очень неожиданно если бы модель сильно вышла за рамки этой выборки. Это одна из причин, почему это proof of concept, а не доведенное до испытаний исследование. Сейчас мы работаем над более совершенными моделями и планируем реальные испытания.
Only those users with full accounts are able to leave comments. Log in, please.