Comments 6
Отличный обзор! Сам думал, как подойти к вопросу эпигинетики (epigenetic). Надеюсь, появятся комментарии с вопросами. Я лично всегда рад вопросам, надеюсь и автор тоже. По мне только со стороны видно, понятна тематика или нет.
Вспоминается анекдот про экзамен по матану: «Мат. анализ он большой что-нибудь да не знает. Три ставлю и отпускаю». Так и тут, огромное количество информации, которое переварить любому человеку, подготовленному или нет, думаю сложно. Пока читал, появились вопросы.
Я правильно понимаю, что этим способом можно померить, только уровень метиляции, т.е. один два три, а дальше много. Без привязки к месту метилирования, или биологи стараются «подсветить» конкретные участки. Как я помню, метилирование ДНК работает как, вывод из строя участка ДНК(silence). Т.е. если на участке ДНК присутствует метиляция, и этот участок в обычном состоянии активно экспрессировался, то он более не экспрессируется?
Выбор шкалы значений. Можно добавить пару слов на русском. К чему привязана шкала, т.е. что такое Бета и М?
Вспоминается анекдот про экзамен по матану: «Мат. анализ он большой что-нибудь да не знает. Три ставлю и отпускаю». Так и тут, огромное количество информации, которое переварить любому человеку, подготовленному или нет, думаю сложно. Пока читал, появились вопросы.
Я правильно понимаю, что этим способом можно померить, только уровень метиляции, т.е. один два три, а дальше много. Без привязки к месту метилирования, или биологи стараются «подсветить» конкретные участки. Как я помню, метилирование ДНК работает как, вывод из строя участка ДНК(silence). Т.е. если на участке ДНК присутствует метиляция, и этот участок в обычном состоянии активно экспрессировался, то он более не экспрессируется?
Выбор шкалы значений. Можно добавить пару слов на русском. К чему привязана шкала, т.е. что такое Бета и М?
По-поводу выбора шкалы значений — Бета-значение — это процент метилирования, значение от 0 до 1. Скажем если сигнал одной пробы пропорционален количеству метилированных молекул в образце (M), а сигнал другой — количеству неметилированных (U), то процент метилирования будет очевидно M / (M + U). Проблема с этой шкалой одна — это линейная шкала. Для микрочипов вообще давно уже принята логарифмическая шкала. Почему — вопрос отдельной статьи. Поэтому обычно вместо процента метилирования используется значение log2(M/U), которое не несет никакого биологического смысла. Оно и называется M — значением (увы, тут фигурируют две буквы M, но это вопрос не ко мне — так исторически сложилось). Можно показать что это значение в определенном смысле точнее.
Спасибо. Согласен, когда долго работаешь над чем-то одним, глаз замыливается — кажется, что все просто и понятно.
Нет, измеряется уровень метилирования каждого конкретного CpG сайта. Для каждого из них известна позиция в каждом геном-билде. Описанный мной чип покрывает около 450000 сайтов, это где-то около 1 — 1.5 процента всех CpG динуклеотидов в геноме.
Во-первых CpG сайты обладают свойством «скапливаться» на определенных участках генома — так называемые CpG острова. Википедия говорит, что около 40 процентов генов имеют CpG острова в районе промотера. Поэтому часто играет роль насколько метилирован весь остров.
Во-вторых метилированные сайты очень редко полностью глушат экспрессию генов. Обычно они затрудняют работу механизмов экспрессии — чем сильнее метилированы сайты в районе промотера или TSS, тем меньше транскрибируется, например мРНК. Есть кстати и обратные примеры — увеличивается метилирование сайтов в районе промотера — увеличивается экспрессия. Правда, это случается довольно редко.
Нет, измеряется уровень метилирования каждого конкретного CpG сайта. Для каждого из них известна позиция в каждом геном-билде. Описанный мной чип покрывает около 450000 сайтов, это где-то около 1 — 1.5 процента всех CpG динуклеотидов в геноме.
Во-первых CpG сайты обладают свойством «скапливаться» на определенных участках генома — так называемые CpG острова. Википедия говорит, что около 40 процентов генов имеют CpG острова в районе промотера. Поэтому часто играет роль насколько метилирован весь остров.
Во-вторых метилированные сайты очень редко полностью глушат экспрессию генов. Обычно они затрудняют работу механизмов экспрессии — чем сильнее метилированы сайты в районе промотера или TSS, тем меньше транскрибируется, например мРНК. Есть кстати и обратные примеры — увеличивается метилирование сайтов в районе промотера — увеличивается экспрессия. Правда, это случается довольно редко.
Я поэтому и попытался извильнутся «вывод из строя». Метилирование может попадать на части ДНК, которые относят к активным и к репрессивным. Если метилируется репрессивный участок, то экспрессия может расти.
UFO just landed and posted this here
Пожалуйста. Например тут, или тут.
А вот как это происходит, и что является первопричиной, я не знаю. Знаю только, что это неочевидно не только сходу, но и многим людям, много лет профессионально занимающимся метилированием ДНК (пришлось пообщаться с людьми по этому поводу). Поэтому не могу точно сказать какие исследования сейчас на эту тему ведутся — местные эпигенетики не в курсе.
А вот как это происходит, и что является первопричиной, я не знаю. Знаю только, что это неочевидно не только сходу, но и многим людям, много лет профессионально занимающимся метилированием ДНК (пришлось пообщаться с людьми по этому поводу). Поэтому не могу точно сказать какие исследования сейчас на эту тему ведутся — местные эпигенетики не в курсе.
Sign up to leave a comment.
Метилирование ДНК и биоинформатика