Как-то очень сложно. Что реально хочется видеть в питоне, так это простые инструменты вроде github.com/yogthos/migratus для миграций. А получается какой-то трешак, лишь бы к SQL не прикасаться.
Всё правильно: SQL место в проектах и модулях, специфичных для работы с БД. А для Python проекта с функцией хранения данных предпочтительно не использовать дополнительные языки или диалекты (по мере возможности).
Автоматические миграции в Peewee