Запускаем и эмулируем Windows на Raspberry Pi с помощью QEMU

А какую цель Вы преследовали, пытаясь запустить Win98 на Raspberry Pi, смысл в чём? Или чисто спортивный интерес?

Брр. А почему Вы компиляцию называете — отладкой, а исходный код — конфигом.

Что за ерунда? Чем отличается запуск qemu на Raspberry Pi от запуска qemu на любой другой плате или архитектуре? Почему вы не установили его из репозитория?

Насколько я знаю, эмулятор поддерживает данные форматы образов:

.img — Образ системы.
.vhd — Виртуальный «хард»
.iso — Образ диска.

>>qemu-img --help | grep Supported
Supported formats: blkdebug blkverify bochs cloop cow dmg file ftp ftps host_cdrom host_device host_floppy http https iscsi nbd parallels qcow qcow2 qed quorum raw rbd sheepdog ssh tftp vdi vhdx vmdk vpc vvfat

Поиграйтесь с настройками QEMU, сам ещё не до конца разобрался с ним. Стоит учесть, что я запускал систему, используя ресурсы только одного ядра «малинки», при этом компьютер нагружался на 25-26% (запускал Win98). Я читал на форумах о многопоточной работе QEMU с образом системы, но так и не понял как заставить эмулятор использовать ресурсы больше, чем одного ядра.

Если интересует многоядерность внутри ВМ, то:

-smp [cpus=]n[,cores=cores][,threads=threads][,sockets=sockets][,maxcpus=maxcpus]
           Simulate an SMP system with n CPUs. On the PC target, up to 255 CPUs are supported. On Sparc32 target, Linux limits the number of usable CPUs to 4.  For the PC target, the number of cores per socket, the number of threads per cores and the total number of sockets can be specified. Missing values will be computed. If any on the three values is given, the total number of CPUs n can be omitted. maxcpus specifies the maximum number of hotpluggable CPUs.

правда Win98 не поддерживает многоядерность, но можно попробоватьWinNT.

Что касается архитектуры QEMU, то она вполне многопоточная на дисковый ввод-вывод, если использовать dataplane: www.linux-kvm.org/images/1/17/Kvm-forum-2013-Effective-multithreading-in-QEMU.pdf

Я бы рекомендовал для старых игр не qemu, а dosbox, он намного менее требователен к ресурсам: dosonthepi.blogspot.ru/2015/01/run-dos-games-in-retropie_15.html
а QEMU, как уже писали выше, даже при запуске x86->x86, но с выключенной аппаратной виртуализацией, очень нетороплив.

Хороший туториал на тему «Как бесполезно потратить время».