Управляем кучей таймеров в JavaScript

В играх часто удобнее обходиться одним таймером с самым высоким разрешением для выбранного FPS (например, 60 тиков в секунду), который дёргает все модели _активной сцены_, которые внутри себя сами принимают решение о том, на какой тик и как реагировать. Так игровая логика получается более детерминированной (что особенно важно для игр «с физикой»). Т.е., лучше абстрагироваться не до «пространств таймеров», а до «сцен».

А зачем создавать таймеры для каждого объекта? Вижу в этом смысл, только при разном интервале обновления объектов, но мне кажется, что в этом мало смысла. Не проще ли текущей сцене (меню или уровень) при обновлении сцены запускать функции обновления своих объекты, если они активны, а обновление текущей сцены запускать из одного единственного таймера? Если объект или сцена удалены, он уже никак не обновится, до кучи можно добавить им свойство enable и проверку на него сделать.

Переключение гл. меню/настройки/игра/уровни легко реализовать самописным сценменеджером, в нем же хранить ссылку на текущую сцену, лучше на две сцены, текущую и предыдущую используемую (возможна ситуация, что они обе должны обновляться, например скролинг он уровня к меню, когда мы видим сперва кусочек уровня и меню, а только потом меню целиком). И тогда вместо

gameTimers.pauseAll();
menuTimers.resumeAll();

будет что-то типа

sceneManager.SetScene(menu);

где

SetScene = 
function(scene) {
this.OldScene = this.CurrentScene;
this.CurrentScene = scene;
}

А в таймере вызывать обновление sceneManager, который обновит нужные сцены.

Заметил у вас еще одну проблему: ваша функция setTimeout не является совместимой со стандартной.

То есть если захочется добавить возможность "заморозки" в существующий код — не получится просто пройтись по коду и заменить все setTimeout на какие-нибудь ts.setTimeout

Из отличий — ваша функция не умеет принимать параметры для функции обратного вызова и не умеет выполнять строку.

Хорошо, что конкретно для анимации можно использовать WebAnimations, где можно управлять всеми состояниями