У вас какой-то не правильный способ расчёта объёма газа для заполнения оболочки. Есть, конечно, разные методики, но простая выглядит так:
1 кубометр гелия имеет подъёмную силу в 1 кг. Соответственно, чтобы зависнуть в пространстве вам нужно столько кубометров, сколько весит вся ваша нагрузка вместе с оболочкой. Если вы хотите уверенно лететь вверх добавьте ещё 20-30% в зависимости от желаемой вертикальной скорости. Ну или просто воспользуйтесь калькулятором http://nearspace.ru/?page_id=238

Датчики влажности плохо работают в стратосфере. Для особо точных измерений там используют оптические датчики влажности.

GPS может отваливаться сразу после разрыва оболочки, так как сначала вся конструкция падает чуть ли ни в «невесомости» и контейнер с электроникой и антенну может сильно крутить, что не даёт принять нормально данные со спутников. А ещё часто на больших высотах ловятся GPS глушилки, и современные GPS чипы это умеют определять и отключать выдачу координат.

Отверстие в контейнере это и не так уж плохо. Вы добрались до хорошей высоты и на ней гораздо страшнее перегрев техники в контейнере из-за сильного разрежения и соответственно уменьшенного теплоотвода.

Ну и да… барометрическая формула не работает выше 10 км. И другой температурный датчик это лишь часть решения.

Ваша конструкция с двумя парашютами в параллель имела очень большой шанс запутаться так как обрывки шара тоже имеют массу и размер и могут значительно воздействовать на парашют.

Бесстропные парашюты можно купить тут: http://spacejunk.ru/services