Pull to refresh
  • by relevance
  • by date
  • by rating

МТИ: редактирование гена эмбрионов в Китае могло вызвать новые мутации и не развило устойчивость к ВИЧ

Popular science Biotechnologies Health
image

Сотрудник Южного университета науки и технологий Шэньчжэня Хэ Цзянькуй в ноябре 2018 года заявил о рождении в Китае первых девочек-близнецов с отредактированным геном. Целью эксперимента было добиться способности противостоять ВИЧ. Однако ученые из MIT в своем исследовании пришли к выводу, что данная цель не была достигнута, а редактирование гена могло вызвать дополнительные мутации.
Читать дальше →
Total votes 13: ↑13 and ↓0 +13
Views 7.9K
Comments 57

Исследователи научили нейросеть генерировать фальшивый ДНК человека

Artificial Intelligence

Команда исследователей из Эстонии разработала нейросеть, способную генерировать искусственную ДНК. Созданные компьютером геномы в будущем могут использоваться для исследований вместо настоящих.

Читать далее
Total votes 3: ↑3 and ↓0 +3
Views 1.7K
Comments 4

Необычная структура генома одного из видов планктона удивила учёных

Popular science Biotechnologies
image

У одноклеточного планктона из группы динофлагеллятов оказался очень необычно организованный геном. Результаты научной работы, в которой принимали участие учёные из Саудовской Аравии, США и Германии, расширяет наше представление о том, как может выглядеть геном эукариотов.

Исследователи изучали строение генома кораллового симбионта Symbiodinium microadriaticum. Этот геном уже был секвенирован и собран в сегменты, т.н. скаффолды, но на уровне хромосом сборка ещё не проводилась.

Учёные использовали технику Hi-C, чтобы определить взаимодействие частей хроматина – комбинации ДНК и белков, составляющих хромосом. Таким образом они хотели понять, как скаффолды соединялись в хромосомы (определить их конформацию) как в пространственном, так и в структурном смысле.
Читать дальше →
Total votes 16: ↑16 and ↓0 +16
Views 5.4K
Comments 5

Биологи полностью расшифровали геном енотовидной собаки

Popular science Biotechnologies

Исследователи из Политехнического университета Валенсии и Университета страны басков смогли аннотировать полный геном енотовидной собаки. Известно, что этот вид является переносчиком многих заболеваний, которые могут поражать человека, включая Covid-19.

Читать далее
Total votes 13: ↑13 and ↓0 +13
Views 4.9K
Comments 4

Исследователи заявили о первой полной расшифровке генома человека

Popular science Biotechnologies Health

Два десятка лет назад геном человека впервые секвенировали. В недавнем исследовании международный консорциум учёных заявил, что теперь человеческий геном расшифровали полностью, включая восстановление пропущенных в прошлых исследованиях фрагментов. 

Читать далее
Total votes 21: ↑21 and ↓0 +21
Views 4.7K
Comments 10

Ученые выявили механизм формирования узоров кошачьей шерсти

Popular science Biotechnologies Biology

Американские генетики выяснили, что ген Dkk4 отвечает за формирование у домашних кошек на раннем этапе развития плода уникальных узоров шерсти, а если его повредить, то котята вырастают с окрасом, который сильно отличается от масти их родителей, сообщает журнал Nature Communications.

В середине прошлого века Алан Тьюринг выдвинул гипотезу, что полоски и пятна на шкуре животных формируются в результате взаимодействий двух сигнальных молекул, которые с разной скоростью распространяются по всему эмбриону. Похожим принципом формируются такие структуры, как пальцы на руках и ногах человека. Несмотря на кажущуюся простоту этого процесса, генетики подтвердили эту гипотезу относительно недавно. 

В 2012 году молекулярные биологи Стэнфордского университета определили, что мутации в гене Taqpep отвечают за то, какой тип узоров на шкуре леопардов и обычных домашних кошек.

Читать далее
Total votes 19: ↑19 and ↓0 +19
Views 6.5K
Comments 5

Доктор Вентер пытается запатентовать синтетическую бактерию

Biotechnologies
Знаменитый генетик Крейг Вентер, который уже много лет работает над проблемой синтеза жизни, решился-таки запатентовать метод и набор ключевых генов, которые можно использовать для получения синтетических микроорганизмов, способных самостоятельно расти и размножаться.

Заслуга доктора в том, что он провёл изыскания и определил минимальный набор генов, необходимый для размножения бактерии. Именно этот набор Вентер пытается запатентовать, что вызвало шквал критики со стороны коллег по цеху. Они говорят, что коммерциализация генетики может привести к приватизации живых существ.
Читать дальше →
Total votes 19: ↑14 and ↓5 +9
Views 669
Comments 24

Экосистема одного организма

Popular science
image

В горячей и грязной воде южно-африканской золотой шахты учеными был найден уникальный организм, практически сразу окрещенный «самым одиноким существом на планете». И далеко неспроста: целая экосистема, существующая на огромной глубине, состоит из всего лишь одного типа бактерий.

Как мы знаем, для существования любой элементарной формы жизни необходимо выполнение нескольких ключевых требований: возможность выработки энергии из внешних источников, наличие углерода и азота в окружающей среде; эти факторы являются общими для большинства различных колоний микроорганизмов. То, что нашли исследователи в шахте Мпоненг, на глубине более 3 км, это Desulforudis audaxviator, которая сама способна выполнять все механизмы по поддержанию жизни колонии и нормального функционирования экосистемы. Другими словами, это самая плотная «упаковка жизни» на нашей планете.
Читать дальше →
Total votes 58: ↑54 and ↓4 +50
Views 457
Comments 30

Парень выложил свой геном на Github под открытой лицензией

Git *
Программист Ману Спорни (Manu Sporny) секвенировал свой геном с помощью инструментов 23andme и выложил его в репозиторий под лицензией Creative Commons Public Domain.

Конечно, опубликован не весь геном, а только 966 977 маркеров SNP, то есть тех участков генома, которые отвечают за индивидуальные особенности каждого человека.
Читать дальше →
Total votes 149: ↑136 and ↓13 +123
Views 3.4K
Comments 110

Как стартаперу быстро все узнать

Self Promo
После недавней статьи о стартап-мероприятиях России мы решили не останавливаться на достигнутом и сделать этот мир еще лучше. Для этого мы решили копнуть чуть поглубже и подумать для чего же вообще проводятся все эти мероприятия? Конечно для того чтобы поднять общий уровень проектов. А что самое главное в проекте? Ну разумеется команда! А как можно поднять уровень команды? Естественно обучаться!
Поэтому в следующем посте мы решили сделать небольшой гайд, чему и где стоит учиться стартаперу. Статья разделена на четыре части, по способам потребления информации. Вначале мы немного говорим о книгах и блогах, он самый объемный, потому что в нем говорится о конкретных книгах. Потом немного информации об образовательном видео и подкастах и в конце пара слов о тренингах и образовательных курсах. Разделы так и озаглавлены:
Читать, Смотреть, Слушать и Ходить.
Читать дальше →
Total votes 69: ↑51 and ↓18 +33
Views 2.1K
Comments 22

Биоинформатика: взгляд изнутри

Образовательные проекты JetBrains corporate blog
Из всех известных мне технических и естественных наук, пожалуй, именно о биоинформатике представление у людей самое плохое. Оно либо в той или иной степени неверное, либо его нет совсем. Когда два года назад я начал заниматься бионформатикой, знаний об этой науке у меня самого не было ровным счетом никаких. Со временем я лучше стал представлять, какие задачи стоят перед биоинформатиками, чем они пользуются, и что может являться результатом их работы.

У биоинформатиков нет никаких пробирок, реагентов, бактерий, белых халатов. Главные инструменты у них – ноутбук, ручка с бумагой или белая доска с маркером – в общем, всё как у программистов. Да и сама работа очень сильно похожа на работу в IT компании, а лаборатория – на небольшой отдел разработки. А в чем же тогда отличия? Что ж, попробую ответить.

Читать дальше →
Total votes 59: ↑59 and ↓0 +59
Views 37K
Comments 43

Браузеры генома

Biotechnologies Software
Не последнюю роль в биоинформатике занимает визуализация. Учёные в этой области работают с огромными объёмами информации, которую хорошо бы как-то охватить взглядом и представить в голове. Ярким примером средства визуализации являются браузеры геномов (genome browser), о которых я и хочу рассказать.

Читать дальше →
Total votes 93: ↑91 and ↓2 +89
Views 29K
Comments 81

Найдены мутации генома, отвечающие за уровень образования

Biotechnologies
На прошлой неделе в Science: международная команда исследователей сообщила о нахождении генетических вариаций, ассоциированных с количеством образования, получаемого людьми с европейскими корнями.

Учёные провели полногеномный поиск ассоциаций (genome-wide association study) и обнаружили мутации в специфичных участках генома, появление которых коррелирует с образовательными достижениями. Найденные мутации отвечают лишь за два процента вариаций уровня образования и когнитивных способностей, но включают «перспективные» для дальнейших исследований однонуклеотидные полиморфизмы (single-nucleotide polymorphisms, SNPs). В частности, три независимые мутации (rs9320913, rs11584700, rs4851266) отвечают, приблизительно, за 1 дополнительный месяц обучения каждая.
Читать дальше →
Total votes 33: ↑23 and ↓10 +13
Views 19K
Comments 17

Деанонимизация через генетическую информацию

Biotechnologies
Краткая суть:
В Сети в открытом доступе некоторое время назад появились базы данных с генетической информацией людей (информацией разного уровня детализации — от полных последовательностей (сиквенса) всего генома до ограниченной информации по коротким тандемным повторам Y-хромосомы (Y-STRs). Например, энтузиасты делятся информацией о своих Y-STRs (гаплотип) на генеалогических сайтах для выяснения родственных связей и поиска дальних родственников, эти данные не анонимны. Так же в свободном доступе находится анонимная медицинская генетическая информация, например из научного проекта "1000 геномов человека" (проект по полной расшифровке геномов тысячи разных людей), где анонимность доноров ДНК поддерживается по этическим причинам.

Здесь начинается самое интересное. Генеалогические базы данных (даже весьма плохо заполненные, но тем не менее) позволяют деанонимизировать людей. Например, показано, что в случае искусственного оплодотворения спермой от анонимного донора, использование генеалогических баз данных позволяет узнать по крайней мере фамилию настоящего биологического отца ребенка (то есть через очень дальних родственников, засветившихся в базе, узнать, из какой семьи был донор), а при наличии дополнительной информации, такой, как место проживания и т.п., позволяет однозначно идентифицировать биологического отца. Недавно было показано, что находящиеся в свободном доступе анонимные генетические данные, плюс дополнительная информация о возрасте и т.п., позволяют точно установить личности примерно 50 анонимных доноров ДНК из проекта «1000 геномов человека». Это весьма настораживающее достижение, так как полная генетическая информация этих людей, находящаяся в открытом доступе, содержит данные об их предрасположенности к тем или иным заболеваниям и т.д., она может быть корыстно использована страховыми компаниями и подобными организациями.



Если Вам интересны детали и подробности, добро пожаловать под кат.
Читать дальше →
Total votes 66: ↑66 and ↓0 +66
Views 27K
Comments 133

Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномов

Образовательные проекты JetBrains corporate blog
C тех пор, как я опубликовал первую обзорную статью о биоинформатике, прошел уже почти год. Хотелось бы писать чаще, но как раз биоинформатика отвлекаться и не дает. В предыдущей статье была упомянута задача сборки генома, а также Лаборатория алгоритмической биологии (СПбАУ РАН), в которой ей занимаются. Как уже было сказано, над этой задачей работают во многих университетах мира давно и достаточно успешно. Однако для сборки генома биологи получают огромное количество различных типов данных, каждый из которых имеет свои особенности. Около пяти лет назад появилась технология MDA, открывшая большие возможности в области изучения бактерий. В результате появился тип данных, для которого потребовался новый геномный сборщик. Через несколько лет он был разработан, и не в Стэнфорде или Массачусетсе, а в Санкт-Петербурге, в молодом Академическом университете. Но обо всем по порядку.
Читать дальше →
Total votes 34: ↑34 and ↓0 +34
Views 28K
Comments 18

Sony создает компанию, занимающуюся исследованиями генома человека

Biotechnologies


Многие технологические корпорации, кроме основного бизнеса, ведут еще и побочную деятельность, которая, порой, кажется весьма далекой от их главного направления. Так, Google занимается, к примеру, вопросами исследования Луны, а также изучением основных вопросов геронтологии. А компания Sony сейчас собирается заняться изучением генотипа человека, для формирования в дальнейшем направлений деятельности, связанных с персонализированной медициной и здравоохранением.

Читать дальше →
Total votes 30: ↑30 and ↓0 +30
Views 9.5K
Comments 7

CTOcast #2: Игнатий Колесниченко (iBinom — анализ генома человека)

Caspowa corporate blog
Представляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom.
Читать дальше →
Total votes 11: ↑9 and ↓2 +7
Views 5.9K
Comments 2

Игнатий Колесниченко: «У бактерии денег не попросишь»

Caspowa corporate blog
Представляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom (анализ генома человека).
Читать дальше →
Total votes 22: ↑20 and ↓2 +18
Views 5.9K
Comments 0

RNAInSpace и фолдинг тРНК — закрытие сезона, новый сезон — Структурное выравнивание

Programming *
И вот не прошло и полтора года как я добрался собрать третичную структуру тРНК. Напомню, что ранее писал статью на эту тему на хабре «Развитие RNAInSpace, алгоритм CRA, проблемы кода на Linux и прочие». Надо сказать, что около года я этим не занимался, но за это время вышла вторая моя научная статья на эту тему «Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот» (это для тех, кто захочет поговорить об этом профессионально). Но вот недавно я можно сказать получил третичную структуру тРНК и сверил её с образцом, имеющимся в базе данных (PDB), который получен биологическими методами (кристалография).

Под катом рисунки 3D-структуры тРНК, пояснения и планы на будущее.
Читать дальше →
Total votes 18: ↑18 and ↓0 +18
Views 2.6K
Comments 12

О планах Гугла застрелить Луну

Biotechnologies
image


По Гуглу, который еще три недели назад заявил о начале своего «Moon Shot project», уже проехались некоторые авторитетные издания. Но я пока что не авторитетное издание, поэтому могу позволить себе прокомментировать новость со значительным опозданием. Комментарий же назрел потому, что ни в одном издании я не увидел того, что кажется мне наиболее важным в этой истории.

Для начала, продублирую новость, т.к. возможно, вы о ней еще не слышали. Гугл заявил, что начинает «самый амбициозный и сложный научный проект за всю историю». Проект состоит в том, чтобы исследовать 175 здоровых людей и, на основе этого исследования, установить «уровень здорового человека» (что бы это ни значило). Т.е. Гугл хочет выяснить, как должен выглядеть здоровый человек, какой должна быть «норма». Я понимаю, что все это звучит очень расплывчато. Нужно привести формулировку каких-то измеримых целей. Но у меня ее нет, т.к. Гугл ничего подобного не предоставил.

Далее...
Total votes 72: ↑50 and ↓22 +28
Views 45K
Comments 64