В Windows, согласно этой информации обновление корневых сертификатов производится с помощью Certificate Trust List — CTL. Хотя из статьи следует, что это какая то примочка для кеширования списка сертификатов на локальном сервере, поиск услужливо подсказывает, что существует authrootstl.cab, подписанный Microsoft, которому Windows, начиная с 7, доверяет безоговорочно, и обновляет его каждую неделю, а в случае установки обновления KB3004394 — каждый день.
В консоли (MMC) можно добавить сертификаты, к которым нет доверия, но вот удалить корневой сертификат не так то просто.