Якутские ученые задействовали технологии искусственного интеллекта для диагностики поражения легких в связи с коронавирусом. Они получают результат всего за 15 секунд.
Мониторинг ИИ-систем. Часть 2
В жизни ИИ‑системы, медицинской или любой другой, случаются неудачные моменты.
Часть таких ситуаций — непредвиденные ошибки. Да, все разработчики понимают, что рано или поздно что‑то пойдёт не так, но случается это всегда по‑разному и иногда в самые неподходящие моменты.
К примеру, неправильно заполненный тег части тела в DICOM‑файле и некорректная работа модели по фильтрации снимков может привести к возникновению пневмоторакса в стопе:
ИИ научили помогать стоматологам выявлять проблемы по КТ-снимкам
В её основе — алгоритмы анализа обработки изображений для интерпретации конусно-лучевой томографии. Она работает с помощью сверхточных нейросетей и машинного зрения, а также глубокого машинного обучения, не только на большом количестве данных, но и благодаря исправлениям и примечаниям, которые вносит стоматолог. Технология предоставляет врачу более подробную трёхмерную информацию о зубочелюстной системе человека, чем стандартные КТ и рентгенограммы, а также снижает стоимость их описания.
Елена Фадеева, проектный менеджер кластера биомедицинских технологий Фонда «Сколково»: «Цифровизация в медицине и в стоматологии в частности является приоритетным направлением развития отрасли. Регистрационное удостоверение позволяет нашему резиденту выпустить на рынок новый продукт на основе ИИ стоматологической рентгенологии. Технология DENTOMO позволяет значительно сократить время для расшифровки конусно-лучевой томографии. Что очень ценно, технология поможет врачу-стоматологу вести с пациентом более прозрачный и понятный диалог с опорой на “визуальную карту”. Перспектива развития технологии DENTOMO — в создании виртуальных 3D-моделей, оптимизирующих реконструкцию элементов зубочелюстной системы для проведения челюстно-лицевых операций и для применения в ортодонтии».
Не все КТ масленица, или КТ не гуляет сама по себе
Категорирование информации в РФ на сегодняшний день довольно обширное. Одних только тайн по видам более 50. Сегодня мы рассмотрим одну из них, но, на наш взгляд, очень важную в контексте корпоративной защиты от внутренних угроз информационной безопасности – коммерческую тайну (далее КТ).
Опираясь на Федеральный закон (далее ФЗ), проанализируем и логически разложим цели, задачи и особенности введения режима КТ, а также связку закона о КТ с другими нормативно-правовыми актами. Анализ будем проводить в контексте корпоративной защиты от внутренних угроз информационной безопасности. Для удобства восприятия информации всё это мы «замариновали» в инфографике, полная версия которой представлена в конце статьи.
В мозге пожилого мужчины обнаружили большую полость с воздухом
Поразительная живучесть головного мозга, способность перераспределять функции и перенастраивать нейронные связи между разными отделами до сих пор остаётся необъяснимым феноменом. Некоторые клинические случаи действительно поражают воображение. Один из самых известных случаев — история 55-летнего французского мужчины, который более десяти лет живёт относительно нормальной и здоровой жизнью, несмотря на отсутствие 90% мозга. Научную статью впервые опубликовал журнал Lancet в 2007 году. Она породила серьёзную дискуссию и даже пересмотр теорий о биологической сущности сознания.
Та история оказалась не единичной. 27 февраля 2018 года в журнале BMJ Case Reports описан ещё один феноменальный случай.
Автоматическая сегментация дыхательных органов
Ручная сегментация легких занимает около 10 минут и требуется определенная сноровка, чтобы получить такой же качественный результат, как при автоматической сегментации. Автоматическая сегментация занимает около 15 секунд.
Я предполагал, что без нейронной сети удастся получить точность не выше 70%. Также я предполагал, что морфологические операции – это только подготовка изображения к более сложным алгоритмам. Но в результате обработки тех, хоть и немногочисленных 40 образцов томографических данных, что есть на руках, алгоритм выделил легкие без ошибок, причём после теста на первых пяти случаях алгоритм уже не претерпевал значительных изменений и с первого применения правильно отработал на остальных 35 исследованиях без изменения настроек.
Также нейронные сети имеют минус – для их обучения нужны сотни обучающих образцов лёгких, которые придётся размечать вручную.
Модель для распознавания степени поражения лёгких на КТ: мы резко увеличили точность сортировки больных
Срез КТ с зонами «матового стекла»
Пациентам с подтверждённым COVID-19 делают компьютерную томографию лёгких. Если повезёт — один раз, если нет — несколько. В первый раз нужно оценить уровень поражения в процентах. В зависимости от квартиля степени поражения определяется дальнейшая схема лечения, и они разительно отличаются. В апреле 2020 мы узнали, что есть две сложности:
- КТ — трёхмерное изображение, каждый слой такого изображения называется срезом. При 300–800 срезах лёгких на КТ врачи тратят от 1 до 15 минут на поиск характерных зон, чтобы определить степень поражения. Одна минута — это «на глаз», 30 минут — это среднее при ручном выделении и подсчёте зон повреждённой ткани. В сложных случаях результат может обрабатываться до часа.
- Точность диагностики уровня поражения коронавирусом экспертами «на глаз» высока на границах 0–30 % и 70–100 %. В диапазоне 30–70 погрешность очень высока, и мы обратили внимание, что кто-то из рентгенологов, как правило, системно завышает процент поражения на глаз, а кто-то занижает.
Задача сводится к определению повреждённой ткани лёгких и подсчёту доли их объёма к общему лёгких.
В конце апреля в кооперации с клиниками мы подготовили датасет обезличенных исследований пациентов с подтверждённым ПЦР-анализом COVID-19, отдали комиссии из десяти отличных экспертов-рентгенологов и разметили выборку для обучения с учителем.
Разработка и тестирование на платформах Эльбрус программы для томографической реконструкции Smart Tomo Engine (+2 видео)
Сегодняшняя статья будет посвящена сразу двум нашим любимым темам: компьютерной томографии (КТ) и отечественному процессору Эльбрус. Мы расскажем, чем отличается рентгенограмма от результатов КТ и объясним, зачем такой большой и серьезной машине, как томограф, был бы кстати специализированный вычислитель. Несмотря на то, что томографы используются уже почти 50 лет (создание первого томографа было анонсировано в 1972 году [1]), это не означает, что все проблемы KT сегодня решены. Наоборот, существует острая потребность в новых томографических алгоритмах, которые были бы быстрее и точнее используемых, позволили бы уменьшить лучевую нагрузку на объект, что, в свою очередь, существенно расширило бы и сферу применения метода КТ. Понимая все это, мы создали такое программное обеспечение Smart Tomo Engine. О нем речь пойдет ниже. Рассказав ранее о борьбе с ортотропными артефактами и об оценке “эффекта чаши”, в данной статье мы опишем несколько тестов, проведенных с использованием синтетических и собранных на отечественном томографе реальных томографических датасетах и покажем работу нашей программы на процессоре Эльбрус нового поколения (видео прилагается ниже). Результат работы программы приоткроет внутренний мир майского жука, причем значение слова “внутренний” здесь следует понимать буквально.
Здоровых людей нет, есть недообследованные: ранняя диагностика ишемической болезни сердца
Современная диагностика заболеваний путем визуализации насчитывает множество методов: МРТ, КТ, ФА, УЗД и т.д. Каждый из них по-своему уникален и предоставляет определенный спектр информации про здоровье пациента. Однако у всего есть свои недостатки, и вышеперечисленные методы не исключение. Ученые из Стэнфордского университета решили разработать новый метод визуализации, который будет объединять в себе сильные стороны сразу нескольких классических методов, но при этом будет лишен их недостатков. Основой изобретения стал разработанные ими контрастный агент, с помощью которого можно проводить раннюю диагностику ишемической болезни сердца пациентов, у которых пока еще нет видимых симптомов. Что лежит в основе нового метода и как он работает? Об этом мы узнаем из доклада ученых. Поехали.
«Научите меня читать компьютерную томограмму» — а давайте научу
До ведения блога на Хабре у нас очень редко спрашивали, что же именно на томограмме. Предполагалось, что пациенту для большинства ситуаций достаточно словесного описания, увиденного врачом, а в крайнем случае он без проблем возьмёт исходные файлы и отнесёт съёмку в другую клинику.
Но вы не такие. Вы очень часто спрашиваете, как же именно читать томограмму и что там нарисовано. Это укладывается в психологию визита ИТ-пациента, поэтому мы объясняем, но объяснять мы можем только на примере вашего снимка и недолго.
В целом, врачу никогда не придёт в голову учить пациента читать КТ, потому что это бессмысленно. Но я подумал: а почему бы и нет? Конечно, вы не наработаете 20-летний опыт определения разных сложных случаев по рентгеновской тени тканей, но, по крайней мере, сможете определить 40–50% базовых картин.
Видно отражение от металла, его дают множественные снимки
Я покажу, как выглядит воспалённая пазуха, металл, запломбированные и незапломбированные каналы, очаги.
История очень терпеливого пациента, который чуть не умер прямо у нас в кабинете
Понятно, что хорошего — ничего. Но хотелось бы конкретики.
Сегодня будет история про человека, который пришёл с обычной, казалось бы, проблемой, а уехал от нас в больницу на очень неприятную операцию.
На момент поступления к нам в клинику не было видно ничего подозрительного — просто запущенный зуб под коронкой, в котором по какой-то причине погиб нерв. Судя по всему, мужчина уже пару месяцев мужественно терпел боль и вот наконец добрался до стоматологии. Всё содержимое пульпарной камеры, включая сосудисто-нервный пучок, начало гнить.
Терапевт сделал снимок, не увидел на нём ничего предосудительного и провёл стандартное лечение: вскрыл причинный зуб, обработал канал и установил лекарство, чтобы купировать начавшееся воспаление. Словом, поначалу всё выглядело совершенно обычно. Но дальше началось самое интересное.
Снимок того пациента и причинный зуб
Пациенты, которым удаляли зубы, а боль не проходила
У него болели зубы. По очереди. Он был доведён до отчаяния, буквально просил об удалении сам — но проблему боли это никак не решало. Точнее, каждый новый зуб решал на пару дней, он высыпался кое-как, а затем снова начинал страдать. «Коновалы» не провели дифференциальную диагностику пульпита, невралгии и неврита. В пользу врачей скажу только, что такие случаи очень и очень редки, и это знание статистически не пригодится стоматологу почти никогда.
Этот случай про то, что спустя примерно 30 лет дифдиагностика всё же пригодилась. Дважды.
Но чтобы вы поняли дальнейший ход рассказа, сначала скажу, что любой врач лечит людей статистическими методами. Диагностика всегда делается примерно, до первого похожего на правду результата, а не перебирает все возможные варианты развития событий. Условно, мы, врачи, считаем вероятность в районе 80% и выше хорошей, чтобы начать лечить, даже если у вас в итоге окажется не это.
Компьютерная томография: диагностика на контрасте
Медицина всегда шла рука об руку с диагностикой. Прежде чем заниматься лечением болезни, следует выяснить, что происходит с организмом пациента, каков характер этого процесса и где он протекает.
Smart Engines представляет новую версию ПО Smart Tomo Engine для компьютерного томографа
Компания Smart Engines представила новую версию российского программного продукта для томографической реконструкции Smart Tomo Engine 2.2. Система искусственного интеллекта позволяет получить восстановленное трехмерное изображение объекта в высоком разрешении, сравнить с идеальной моделью на предмет соответствия состава, размеров, наличия трещин и других скрытых дефектов. Программа предназначена для использования в области промышленной томографии при исследовании и контроле качества внутренней структуры объектов разного размера: от микросхем до индустриальных двигателей внутреннего сгорания.
В обновленной версии программного продукта появилась уникальная функция — теперь можно воссоздавать изображение не всего исследуемого объекта, помещенного в томограф, а только интересующей области. Это важно, так как зачастую рабочая область детектора превосходит сам объект и образуется много неинформативного пространства, которое нет необходимости восстанавливать. Кроме того, часто стоит задача исследовать только часть объекта — например, отремонтированный фрагмент изделия, будь то сварной шов или часть микросхемы. В зависимости от размера объекта время реконструкции можно сократить до 50–70%. Применение томографических комплексов с новой версией Smart Tomo Engine поможет ускорить производственные процессы в машиностроении, ракетно‑космической, нефтегазовой отраслях, микроэлектронике и других сферах.
Понижающая радиационную нагрузку российская технология КТ получила патент США
Сотрудники компании Smart Engines запатентовали в США новую экспериментальную технологию в компьютерной томографии. Разработка позволяет снизить дозу облучения при диагностике пациентов с COVID и другими заболеваниями, и ускоряет исследования. Smart Engines намерена интегрировать технологию в свои продукты и продвигать их как в России, так и за рубежом.
В России создали томограф для промышленности
На российском рынке появился первый полностью отечественный томограф, с помощью которого можно проверить качество деталей, напечатанных на 3D-принтере.
Аппаратную часть разработал петербургский производитель рентгеновской техники ЭЛТЕХ-Мед. Программное обеспечение Smart Tomo Engine 2.0 поставила московская ИТ-компания Smart Engines.
В Москве появился второй ИИ-сервис поиска заболеваний по КТ
В Москве появился второй комплексный сервис искусственного интеллекта, который может выявить семь заболеваний одновременно на компьютерной томограмме. На одном исследовании грудной клетки нейросеть способна распознать признаки рака легкого, COVID-19, остеопороза позвоночника, аневризмы аорты, легочной гипертензии, гидроторакса, ишемической болезни сердца по степени кальцификации коронарных артерий.
Самодельный рентгеновский компьютерный томограф
Пример работы томографа показан ниже. Сможете угадать, что (или кто) это?
Машинное зрение и медицина
Есть области где всё хуже, но сейчас идёт большой прогресс — речь/распознавание текстов, переводы.
Но есть области загадочные. Вроде как и прогресс есть. И статьи регулярно выходят. Только вот до практического применения как-то особо и не доходит.
Давайте разберём то, как нейронные сеточки и машинное зрение работает в медицине.