О программистском судить не буду, а вот с точки зрения пользовательского опыта история с яндекс-аддоном очевидным образом решается даже на Windows: каждому отдельный аккаунт, плюс понимание того, что вкладки браузера — это не замена закладкам браузера, они даже называются по-разному, хотя и похоже (по-русски).

Что касается объединения сканов в PDF, да тем более когда у вас есть убунту — convert image1.png image2.jpg image3.gif doc1.pdf