• Летняя школа по биоинформатике: научные проекты

      Привет, уважаемые участники сообщества!

      В Санкт-Петербурге на днях снова выпал снег, и для летнего вдохновения расскажем о мероприятии, проходившем в июле 2014 года. А именно – летней школе по биоинформатике, организованной Институтом биоинформатики и СПбАУ РАН при поддержке СПбГУ. Про первую школу на Хабре писали тут и тут.

      В этой статье речь пойдет об интересном эксперименте — учебно-научных проектах в рамках школы: начиная от идеи и заканчивая тем, что же получилось в итоге.


      Читать дальше →
    • Основы статистики: просто о сложных формулах

      Статистика вокруг нас


      Статистика и анализ данных пронизывают практически любую современную область знаний. Все сложнее становится провести границу между современной биологией, математикой и информатикой. Экономические исследования и регрессионный анализ уже практически неотделимы друг от друга. Один из известных методов проверки распределения на нормальность — критерий Колмогорова-Смирнова. А вы знали, что именно Колмогоров внес огромный вклад в развитие математической лингвистики?

      Еще будучи студентом психологического факультета СПбГУ, я заинтересовался когнитивной психологией. Кстати, Иммануил Кант не считал психологию наукой, так как не видел возможности применять в ней математические методы. Мои текущие исследования посвящены моделированию психических процессов, и я надеюсь, что такие направления в современной когнитивной психологии, как вычислительные и коннективисткие модели, смягчили бы его отношение!
      Читать дальше →
    • Должны ли все изучать программирование?

      • Translation
      Предлагаю вашему вниманию перевод статьи «Should Everybody Learn to Code?», которая показалась мне интересной.

      imageЧтобы проверить, смогут ли профессиональные графические дизайнеры написать простейшую компьютерную программу, Брайан Дорн, в то время студент магистратуры в Технологическом институте Джорджии (Georgia Tech), попросил их прочесть и изменить фрагмент программного кода. Дорн хотел понять, смогут ли они сами разобраться – как автоматизировать работу в Adobe Photoshop. Дизайнеры стали искать информацию в Интернете и, к сожалению, во многих случаях вводили неверные поисковые запросы: например, пытались разобраться с Java, когда на самом деле им был нужен JavaScript для этого конкретного проекта.

      Это могло быть связано с «отсутствием общего базового понимания компьютерных и программных структур», писал Дорн в журнале Communications в мае 2011 года.
      Читать дальше →
    • Выборочное подключение USB-флешек в Windows XP

        По роду своей деятельности (системное администрирование), приходится мне постоянно решать различные интересные задачи по управлению компьютерами и сетями.

        Вот одна из них.

        Дано:
        • Компьютер операторов производства (Windows XP SP2)
        • Одобренная начальством USB-флешка для переноса данных с промышленных компьютеров на компьютер операторов

        Требуется:
        Обеспечить подключение только одной, одобренной начальством USB-флешки, запретив при этом подключение других, неодобренных (смайл).

        Ход решения:
        Читать дальше →
      • qweqwe вместо регистрации

          Довольно-таки часто вы ищите вашу любимую музыку или ещё что-то в поисковике. По запросу заходите на сайт, где для скачивания интересующего вас контента просят зарегистрироваться. Вы прекрасно понимаете, что сам сайт вам не интересен и вы вряд ли захотите зайти на него вновь. Регистрироваться лень. E-mail светить нет желания.
          Читать дальше →
        • Puppet, система управления конфигурациями. Часть II

            R2-D2 и C-3PO
            В первой части я рассказал об основных особенностях системы управления конфигурациями Puppet. Во второй части мы настроим две машины для того, чтобы попробовать базовые вещи.

            Для имён хостов я решил использовать имена роботов из эпопеи Джорджа Лукаса «Звёздные войны»: R2D2 и C-3PO. Так как R2 умнее, то он будет управлять C-3PO.
            Читать дальше →
          • Повышаем безопасность стека web-приложений (виртуализация LAMP)

            • Translation
            Под стеком web-приложений мы будем подразумевать множество программных продуктов с открытым исходным кодом: операционная система, web -сервер, сервер БД и среду исполняемого кода. Наиболее известным и обыденным стеком является LAMP. Это акроним для стека web-приложений на базе бесплатных решений с открытым исходным кодом. Название составлено из первых букв входящего в его состав продуктов: Linux (операционная система), web -сервер Apache, база данных MySQL, и PHP (иногда Perl или Python). Опубликованные нами ранее материалы, посвященные вопросам безопасности, рекомендуют держать различные сетевые службы на выделенных под эти цели серверах или виртуальных машинах. Это позволит изолировать скомпрометированные и взломанные злоумышленником элементы системы, в случае если последний получит возможность эксплуатации ошибок в одном из звеньев сети обслуживания. Статья также является ответом на наиболее часто задаваемые нашими читателями вопросы, присланными нам по электронной почте. В руководстве я объясню, как построить решение на базе физических или виртуальных серверов, одинаково подходящих для раздачи статического и динамического контента, для приложений, требующих наличие БД и кэширования.
            Читать дальше →
          • Повышаем безопасность стека web-приложений (виртуализация LAMP, шаг 1/6)

              Настройка доступа web-сервера Apache/Lighttpd/Nginx к файлам сетевой файловой системы (NFS)


              Мы продолжаем переводить серию уроков о виртуализации и настройке LAMP сервера с сайта www.cyberciti.biz и переходим к первому практическому шагу — созданию сетевого хранилища файлов

              Создание хранилищ общего сетевого доступа NFSv4.0 (Network File System) в ОС Linux и Unix не сильно отличается от создания иных общих сетевых ресурсов Apache/Lighttpd/Nginx. Для этого произведем следующие настройки нашего файлового сервера/VM vm05 с IP-адресом 192.168.1.14.
              Читать дальше →
              • +16
              • 8.5k
              • 8
            • Chef или как управлять тысячей серверов

                Suck on my chocolate salty balls (c) ChefДавайте каждый попробует ответить на вопрос: как установить apache на сервер? Этот вопрос порождает ещё десяток: какая ОС стоит на сервере, какую версию ставить, где лежат конфиги по-умолчанию и т.д. и т.п.

                А теперь давайте попробуем ответить на вопрос: как установить apache на 1000 серверов? Тут, при стандартном подходе, вопросов возникнет ровно в 1000 раз больше. Часть из вас наверняка подумали, что можно написать скрипт на shell/perl/python/ruby, который будет обходить все сервера и устанавливать apache, другая часть подумала о distributed shell'ах (PDsh, dsh, etc), кто-то же подумал монтировать rootfs серверов по NFS.

                В ряде случаев выше предложенные варианты решений удовлетворительны, но на практике я нигде не видел полностью гомогенных систем (зачастую, внутри компании можно встретить не только разные версии ОС, но и различные дистрибутивы. Также в России/СНГ очень распространена каша из FreeBSD/Linux в ядре проектов), так что вряд ли за адекватное время будет возможно написать скрипт, который установит и настроит apache на зоопарке в 1000 машин под CentOS, Debian, Ubuntu, FreeBSD всевозможных версий.

                По моим наблюдениям, очень мало IT подразделений, даже очень крупных компаниий, используют в своей работе SCM (Software Configuration Management). В этом посте я постараюсь описать все преимущества использования Chef в IT инфраструктуре на простых примерах и больших масштабах.

                Если же, после столь короткого вступления, вы не прониклись идеей Chef, да и времени читать длинный технический пост у вас нет, то рекомендую вам пролистать до конца и посмотреть как используем Chef мы, Engine Yard, 37signals и подумать, можете ли вы переложить на него часть своей работы.
                Читать дальше →
              • Архитектура и платформа проекта Одноклассники

                  Архитектура и платформа проекта Одноклассники


                  В этом посте расскажем о накопленном за 5 лет опыте по поддержанию высоконагруженного проекта. Надеемся, что коллегам-разработчикам будет интересно узнать, что и как мы делаем, какие проблемы и трудности у нас возникают и как мы справляемся с ними.

                  Читать дальше →
                • Обзор ОС МСВС 3.0 r14 от 07.2009 в картинках

                    В статье описана установка МСВС и мои впечатления от того, что установилось.
                    Желающие всегда могут найти дистрибутив где надо, а именно — на торрентах.

                    image

                    Осторожно, под катом мегабайты скриншотов
                    Читать дальше →
                  • Учебник по языку программирования Python (хабраиндекс)

                      Серия статей «Основы Python»


                      I, Начало
                      II, Строки
                      III, Списки, кортежи, файлы
                      IV, Генераторы списков
                      V, Определение функций, основы
                      VI, Расширенное определение функций

                      Об основах языка Python в сжатой форме

                      Продвинутый уровень


                      Сила и красота декораторов Короткий экскурс в метапрограммирование.
                      Итерируем все и вся Специфика циклов в Питоне.
                      Как я учился работать с XML
                      Консервация объектов в Python Использование модуля Pickle.
                      Memoization в Python Оптимизация работы программ.
                      Простейшее рисование с помощью PIL
                      Regexp и Python: извлечение токенов из текста
                      Как писать маленькие приложения на python с графическим интерфейсом (библиотека Qt).

                      http://netsago.org/ru/docs/1/12/
                      Одеваем скрипты Python с помощью EasyGui (добавляем простой диалоговый интерфейс)

                      http://djbook.ru/
                      Учебник по Django (Python-фреймворк для веб-приложений)

                      Читать дальше →
                    • Syntax Highlighter — подсветка синтаксиса кода на вашей вебстранице

                      • Translation
                      Syntax Highlighter позволяет легко и красиво подсвечивать синтаксис кода на вашей странице. Написан на Javascript, соответственно работает на клиенте.

                      Поддерживает много языков, в сжатом виде занимает 11 килобайтов. Из минусов — не позволяет клиенту редактировать код на странице, readonly.

                      Вот как оно выглядет в действии

                      Демо: http://code.google.com/p/syntaxhighlighter/
                      Лицензия: LGPL