Вы можете использовать что-нибудь вроде TreeSize Free. Оно покажет настоящий размер файлов. Теперь можно заниматься оптимизацией.

Также полезно научиться переносить данные с одного диска (SSD) на другой (HDD) с помощью junction point. Например, в консоли mklink /J, есть плагин для totalcmd.

1. Вручную почистить c:\Program Files\WindowsApps\ от старых версий приложений (актуально для Win 8+)
2. Перенести из C:\ProgramData\ часто меняющиеся вещи на HDD, например БД MSSQL, Package Cache (БД MSSQL можно оставить, но не применять сжатие)
3. Применить NTFS сжатие для Program Files, Program Files (x86), ProgramData
4. Перенести C:\Windows\Installer на HDD
5. Применить NTFS сжатие для C:\Windows\WinSXS, assembly, Microsoft.NET (сначала надо взять owner-а себе, потом вернуть например SYSTEM)
6. Почистить видео драйвера например с помощью rapr (создать точку восстановления перед этим)
7. Точечно сжать проблемные места в C:\Users\..., часто меняющиеся вещи типа кешей браузеров лучше не трогать

Я так себе уменьшил размер своего системного диска с 90 ГБ (!!!) до более приемлемых 45 ГБ.