Изменения из вашего примера займет 2 минуты времени переделки скрипта.
Я о том что уже к готовому графику (сделаному в pylab или gnuplot) можно дорисовать усы дополнительную иллюстрацию, например рядом с разными потенциальными ямами прилепить красивую картинку системы в этом потенциальном минимуме. Например часть этой картинки была сделана с примитивным скриптом, а часть уже допилена в инкскейпе.
Не будьте так категоричны. Иногда иллюстрация в журнале это не только график\схема. Бывают случаи когда можно оставить однотипный скучный график, а можно сделать из него красивую и понятную иллюстрацию (график+картинка), что облегчит понимание результатов читателем.
Можно даже просто в VMD покрасивее раскрасить селекции. Вместо шариков выбрать другой тип визуализации. Вообще в VMD можно очень крутые скрипты для визуализации писать, которые даже тривиальную коробку с аланином сделают конфеткой.
Основная идея паралельно менять конформации белков на базе марковской модели, полученной из классической молекулярной динамики. Так как процессы происходящие в клетках медленне ( интеграционный шаг порядка наносекунды), тогда как в МД это фемтосекунды. А в остальном приблизительно то же самое.
Вроде это называется реактивно-брауновская динамика. То есть каждый белок или составляющую клетки моделируют как частицу с определенным потенциалом. И далее вводят условия для реакций, которые грубо говоря соответствуют клеточным процессам или изменениям конформаций белка. Поскольку это модель, то числовые параметры стараются подогнать под реальность, но получается так себе. В основном стараются подогнать коэффициент диффузии зеленого флуоресцентного белка (GFP). Это в общих чертах.
С кристаллографическими структурами белков есть одна проблема. Кристаллографическая картинка снимается не при естественных условиях и при естественных условиях белок может принимать немного другие конформации.
Если же мы будем рассматривать поведение волновой функции в том же процессе, используя уравнение Шрёдингера, то мы увидим зависимость от числа измерений. Более того, при устремлении числа измерений к бесконечности (непрерывном измерении) частица не будет распадаться.
Если я правильно понял, то вы ссылаетесь на рассчет волновой функции радиоактивной частицы? Не могли бы вы дать ссылку на данный эксперимент или теоретические вычисления?
С каких пор Nature начал платить ревьюверам? Или он посчитал то время, которое люди тратят на оценку статьи не получая ничего взамен?
Я о том что уже к готовому графику (сделаному в pylab или gnuplot) можно дорисовать
усыдополнительную иллюстрацию, например рядом с разными потенциальными ямами прилепить красивую картинку системы в этом потенциальном минимуме. Например часть этой картинки была сделана с примитивным скриптом, а часть уже допилена в инкскейпе.Если я правильно понял, то вы ссылаетесь на рассчет волновой функции радиоактивной частицы? Не могли бы вы дать ссылку на данный эксперимент или теоретические вычисления?