ДНК глазами программиста

    От переводчика: Так как я не являюсь биологом, возможны неточности в переводе терминов (и не только :). Оригинал находится здесь.

    Если ты – молоток, то во всём увидишь гвоздь


    Это всего лишь размышления программиста о ДНК. Я не являюсь молекулярным генетиком.

    Исходный код


    Находится здесь. Это не шутка. Исходники можно просмотреть с использованием замечательного набора скриптов Perl под названием "Ensembl". Геном человека занимает приблизительно 3 гигабайта, которые можно сократить до 750 мегабайт, если отбросить шелуху. Немного печалит, что это всего лишь 2.8 браузеров Mozilla Firefox.

    ДНК похожа скорее не на исходники на языке C, а на байт-код для виртуальной машины под названием «ядро клетки». Крайне сомнительно, что существуют исходники, которые можно скомпилировать в этот байт-код: то, что мы видим, – это всё, что у нас есть.

    ДНК Язык ДНК является цифровым, но не двоичным. Двоичный код использует 0 и 1 (поэтому его и называют бинарным), ДНК же использует 4 значения: T, C, G и A.

    В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр, ДНК-«байт» (именуемый кодо́ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.

    Типичный пример кодона ДНК — это «GCC», который кодирует аминокислоту Аланин. Соединение большого числа этих аминокислот называется полипептидом или белком, и является химически активной составляющей всего живого. Подробнее о кодонах.

    Позиционно-независимый код


    Код динамически подключаемых библиотек (.so в системах Unix, .dll в Windows) не может внутри себя использовать статические адреса, так как этот код может быть расположен в разных частях памяти в разных ситуациях. ДНК так же имеет подобную функцию, называемую «транспозирование кода»:
    Почти половина генома человека состоит из транспозируемых (или «подвижных») генетических элементов. Эти элементы впервые были обнаружены в 1940-х годах доктором Барбарой МакКлинток (Barbara McClintock) при изучении своеобразных схем наследования, найденых в цветах индийской кукурузы. Идея подвижного ДНК заключается в том, что некоторые участки являются нестабильными и «транспозируемыми», то есть они могут перемещаться – внутри и между хромосомами.

    Условная компиляция


    Большинство клеток используют только крайне малую долю из предполагаемых 20000-30000 генов человеческого генома, – что является разумным, ведь клетка печени не нуждается в ДНК-коде, составляющем нейроны.

    Но ввиду того, что все клетки содержат в себе полную копию («дистрибутив») генома, необходима система, которая позволит пометить #ifdef ненужные вещи. И именно так всё и работает. Генетический код кишит директивами #if/#endif.

    Именно поэтому "стволовые клетки" сейчас так популярны – этот вид клеток обладает способностью превращаться во что угодно. Код ещё не за#ifdefен, так сказать.

    Выражаясь более точно, в стволовых клетках не включено всё подряд – они не являются одновременно и клетками печени, и нейронами. Клетки могут быть представлены в виде конечного автомата, начинающегося из состояния стволовой клетки. В ходе жизненного цикла клетки, во время которого она может делиться (fork()) множество раз, она специализируется. Каждая специализация может рассматриваться как выбор ветки в дереве.

    Каждая клетка может принять (или быть побуждённой к принятию) решение о своём будущем, каждое из таких решений делают её более специализированной. Эти решения сохраняются при делении с использованием факторов транскрипции и модификации пространственного способа хранения ДНК (стерические эффекты).

    Клетка печени в общем случае не может функционировать в качестве клетки кожного покрова, несмотря на то, что она содержит в себе все необходимые генетические инструкции для этого. Тем не менее, существуют признаки того, что клетки можно «вывести» вверх по иерархии, сделав их плюрипотентными.

    Эпигенетика и импринтинг: патчи во время выполнения


    Несмотря на то, что полноценные изменения ДНК в организме крайне редко происходят в пределах одного поколения, существенные поправки вносятся путём активации или деактивации частей нашего генома без изменения самого кода.

    Если проводить аналогию, это подобно ядру Linux, которое во время загрузки обнаруживает процессор, на котором оно запущено, и отключает части своего двоичного кода в случае (к примеру), если оно запущено на однопроцессорной системе. Это не просто что-то вроде if (numcpus > 1), этот код по-настоящему заменяется nop-ами. Крайне важно, что nop-ирование происходит в памяти, а не в образе на диске.

    Похожим образом, по мере развития эмбриона в утробе матери, его ДНК существенно редактируется для снижения скорости его роста и размера плаценты. Таким способом балансируются противоположные интересы отца («большой сильный ребёнок») и матери («пережить беременность»). Подобный «импринтинг» может происходить только внутри матери, так как геном отца не имеет представления о размерах матери.

    С недавних пор также стало ясно, что метаболический статус родителей влияет на вероятность продолжительной жизни, возникновения рака и диабета у их внуков, что достаточно логично, ведь выживание в бедном пищей климате может потребовать совершенно иной метаболической стратегии в сравнении с жизнью в среде еды предостаточно.

    Механизмы, стоящие за эпигенетикой и импринтингом, – «метилирование» – присоединяют группы метила к ДНК для переключения статуса активации отдельных участков, а также модификация гистонов, которая может свернуть участки ДНК, что приводит к деактивации этих участков.

    Некоторые из этих правок ДНК являются наследуемыми и передаются потомству, другие формы воздействуют только на отдельное животное.

    Эта область науки всё ещё быстро развивается, и может так оказаться, что наши ДНК гораздо более динамичны, чем мы думали.

    «Мёртвый» код, раздутый код, комментарии (мусор в ДНК)


    ИнтроныГеном засорён старыми копиями генов и неудачных экспериментов в в недалёком прошлом (около полумиллиона лет назад). Этот код всё ещё в ДНК, но неактивен. Его называют «псевдогенами».

    Более того, 97% вашего ДНК закомментировано. ДНК линейна и читается от начала до конца. Те участки, которые не нужно декодировать, отчётливо помечены, совсем как комментарии в C. Остальные 3%, которые используются по прямому предназначению, образуют так называемые «экзоны». Комментарии, которые расположены «между» называются «интронами».

    Эти комментарии очаровательны по-своему. Как и комментарии C, они имеют маркеры начала (наподобие /*) и маркеры окончания (*/). Но они имеют более сложную структуру. Ведь, как вы помните, ДНК похожа на ленту, соответственно, комментарии нужно вырезать физически! Начало комментария практически всегда указывается буквами «GT», что можно сопоставить с /*, окончание обозначается символами «AG», которые, соответственно, аналогичны */.

    Однако, из-за последующего разрезания, требуется некий клей, которым будут соединены код перед комментарием с кодом после комментария, что делает эти комментарии больше похожими на комментарии в HTML, которые несколько длиннее: – конец.

    Так что, на самом деле промежуток ДНК с экзонами и интронами может выглядеть примерно так:

    настоящий код<!-- бла бла бла бла ---- бла -->настоящий код
         |        |          |          |       |         |
    экзон 1     донор*    интрон 1    ветвь  акцептор**  экзон 2
    
    *  начало комментария
    ** окончание комментария
    

    С началом комментария всё просто, за ним следует огромный объём некодирущей ДНК. Где-нибудь недалеко от окончания комментария находится участок ветвления, который означает, что комментарий скоро закончится. После него идёт ещё немного комментария, и затем настоящий ограничитель комментария.

    Непосредственно вырезание комментариев происходит после того, как ДНК транскрибируется в РНК и выполняется путём скручивания комментариев в петлю и совмещения таким образом кусков настоящего кода. После этого РНК обрезается на участках ветвления около окончания комментария, затем «донор» (начало комментария) и «акцептор» (окончание) связываются друг с другом.

    Так для чего же нужны эти комментарии? Эта тема для холивара силы сопоставимой с противостоянием vim/emacs. При сравнении разных видов, мы узнаём, что некоторые интроны содержат меньше различий в коде, чем соседствующие экзоны. Это наталкивает на мысль, что комментарии выполняют некую важную функцию.

    Существует множество вероятных объяснений существования огромного количества некодирующей ДНК – одно из которых, наиболее привлекательное (для программиста), затрагивает «сворачивание» (folding propensity). ДНК должно храниться в сильно свёрнутой форме, но не все коды в ДНК справляются с этим в полной мере.

    Отчасти это может напоминать RLL- или MFM-кодирование. На жёстком диске биты кодируются наличием или отсутствием инверсии полярности. При наивном способе кодирования мы записали бы 0 как «нет инверсии» и 1 как «инверсия».

    Закодировать последовательность 000000 при таком способе крайне легко — достаточно оставить магнитную фазу неизменной на протяжении нескольких микрометров. Однако, при декодировании мы столкнёмся с неоднозначностью — сколько микрометров мы прочитали? Соответствует ли это 6 нулям или 5? Чтобы предотвратить эти проблему, данные записываются таким образом, что подобные непрерывные участки без инверсии не будут встречаться.

    Если мы видим последовательность «нет инверсии, нет инверсии, инверсия, инверсия» на диске, мы можем быть уверены, что она соответствует «0011» – крайне маловероятно, что наш процесс чтения настолько неточен, чтобы мы могли трактовать её как «00011» или «00111». Таким образом, нам нужно вставить разделители, чтобы предотвратить недостаточное количество переходов. Такой подход называется «ограничением длины хода» (Run Length Limiting, RLL) на магнитных носителях.

    Подчеркнём ещё раз, что порой необходимо вставить переходы (инверсии) для того, чтобы хранение данных было надёжным. Возможно, интроны выполняют подобную функцию, позволяя конечному коду сворачиваться подобающим образом.

    Как бы там ни было, молекулярная биология – это минное поле! Бушуют споры и критика вокруг вариантов с волнующими названиями наподобие «ранних интронов» или «поздних интронов», а также таких солидных слов, как «сворачивание» и «потенциал образования шпилек» (stem-loop potential). Полагаю, лучше дать этим дебатам бушевать и дальше.

    Апдейт от автора: десять лет спустя, эти дебаты всё ещё не утихли. Теперь совершенно очевидно, что «мусорная ДНК» является некорректным названием, но что касается её непосредственной функции консенсус так и не достигнут.

    fork() и fork-бомбы (опухоли)


    Как и в случае unix-а, клетки не «порождаются» – они делятся. Все клетки в вашем организме имеют начало в виде яйцеклетки, которая с тех пор делилась несметное количество раз. Подобно процессам, обе половины, возникающие в результате fork() поначалу (почти) идентичны, но в дальнейшем они решают заняться разными делами.

    Как и в unix, существенные проблемы возникают, когда клетки продолжают forkаться. Достаточно скоро они исчерпают ресурсы, что может привести к смерти. Это называется опухолью. Клетки нашпигованы ulimit и сторожевыми таймерами (watchdogs) для предотвращения развития подобного сценария. К примеру, количество делений ограничивается укорачиванием теломер.

    Клетка не может клонировать себя до тех пор, пока не будут выполнены крайне строгие условия – настройки "безопасность по умолчанию". И только если все эти защитные механизмы дадут сбой, возможно развитие опухоли. Так же как и в компьютерной безопасности, сложно найти баланс между безопасностью («ни одна клетка не может делиться») и удобством использования.

    Можно сравнить это с известной проблемой с остановкой, впервые описанной основоположником информатики Аланом Тьюрингом. Похоже, что предсказать, завершится ли программа когда-либо, ничуть не легче, чем создать функциональный геном, который никогда не приведёт к раку?

    Зеркалирование, отказоустойчивость


    Спираль ДНККаждая спираль ДНК избыточна сама по себе – она похожа на скрученную лестницу, в которой каждая ступенька содержит два основания – отсюда слово «пара оснований». Если одно из этих оснований отсутствует, его можно вывести из основания с другой стороны «ступеньки». T всегда связано с A, C – всегда с G. Так что мы можем утверждать, что геном зеркалируется внутри спирали, подобно RAID-1.

    Более того, хромосомы всегда представлены в двух экземплярах – по одной от каждого родителя, за одним примечательным исплючением – Y-хромосомы, которая бывает только у самцов. Хоть детали и несколько сложнее, можно считать, что мы имеем по две копии большинства генов. В случае если один повредится или мутирует в бесполезное состояние, у нас остаётся вторая, независимая копия. Обычно мы такое называем отказоустойчивостью.

    Нагромождение API, ад зависимостей


    В ходе взаимодействия внутри клетки, белки́ полагаются на характеристики друг-друга. В 2001-2002 годах были опубликованы исследования, что протеины, взаимодействующие с большим числом других протеинов, не способны эволюционировать или, по крайней мере, делают это крайне медленно (журнал Nature от 28 июня 2001, а также M. Kimura, T. Ohta в журнале Science от 26 апреля 2002).

    Авторы исследований предполагают, что это связано с огромным количеством внутренних зависимостей, которые препятствуют изменению «контракта» белка́. Также было отмечено, что эволюция всё же происходит, но очень медленно, так как обе стороны зависимости должны одновременно эволюционировать совместимым образом.

    Вирусы, черви


    Недавно, в ходе беседы, кто-то предположил, что было бы действительно круто взломать геном и скомпрометировать путём вставки кода, который копировал бы себя в другие геномы, используя тело-носитель в качестве транспорта. «Совсем как червь Nimda!»

    Вскоре он осознал, что именно это делают биологические вирусы на протяжении миллионов лет. И они весьма хороши в этом.

    Большое число подобных вирусов стали неотъемлимой частью нашего генома и катаются вместе со всеми нами. Для этого им приходится прятаться от вирусного сканера, который стремится обнаружить чужой, вредоносный код и не допустить его проникновение в ДНК.

    Центральная догма: .c -> .o -> a.out/.exe


    На заре открытий основ генетики, учёным приходилось сталкиваться со множеством химикалий, взаимосвязь которых была неочевидной. Момент, когда стало ясно, из чего что получается, был провозглашён великим триумфом и получил название «Центральная догма».

    Эта догма говорит нам, что ДНК нужен для получения РНК, а РНК необходим для получения белков, подобно тому, как из .c-файл превращается в объектный файл .o, который затем может быть скомпилирован в исполняемый файл (a.out/exe). Кроме того, она сообщает нам, что это единственный порядок, в котором следует информационный поток.

    И всё же, Центральная догма недавно слегка поблекла. Как и при любой миллиардлетней разработке проекта, происходило множество хаков, из-за которых информация иногда течёт в обратном направлении. Иногда РНК патчит ДНК, а бывает, что ДНК модифицируется белка́ми, созданными ранее.

    Но, в целом, зависимости ясны, так что Центральная догма всё ещё остаётся важной.

    Бинарные патчи, aka «генная терапия»


    Проделывать махинации с ДНК довольно просто. Существуют фирмы, которым вы можете отправить файл с ДНК, записанным ASCII-символами, и они синтезируют вам соответствующие материалы. Мы даже можем составить ДНК зародышей животных или растений.

    Гораздо сложнее «пропатчить» «исполняемый файл» прямо во время выполнения, и это подтвердит любой программист. Так же дела обстоят и с геномом. Чтобы изменить запущенную копию (человека, например), необходимо отредактировать каждый экземпляр гена, который вы хотите «пропатчить», в организме.

    На протяжении многих лет медицинская наука пыталась патчить людей, страдающих тяжёлым комбинированным иммунодефицитом (SCID, Severe Combined Immunodefeciency) – крайне неприятным заболеванием, которое, по сути, отключает иммунную систему, что делает пациента тяжелобольным. Достаточно давно стало понятно, какие именно буквы в ДНК необходимо исправить для исцеления этих людей.

    Было осуществлено много попыток пропатчить «работающих» людей при помощи вирусов, которые вставляли бы новую ДНК в живых организмах, но этот подход оказался слишком сложным. Геном крайне хорошо защищён, чтобы такой простой подход сработал, – клетки хранят свой код надёжнее, чем Microsoft!

    Тем не менее, недавно был найден подходящий вирус, который способен прорваться сквозь защиту и исправить поломки в ДНК, что, вроде бы, исцеляет больного.

    Регрессия кода


    По мере исправления багов в компьютерных программах, мы зачастую привносим новые баги. Геном изобилует подобными багами. Афроамериканцы обладают иммунитетом к малярии, но взамен подвержены серповидноклеточной анемии:
    В тропических регионах мира, где распространена малярия, разносимая паразитами, люди, обладающие одной копией конкретной генетической мутации, имеют преимущество в выживании.

    В то время как унаследование одной копии этой мутации приносит пользу, унаследование двух копий приводит к трагедии. Ребёнок, рождённый с двумя копиями генетической мутации, обладает серповидноклеточной анемией, болезненным заболеванием, которое влияет на красные клетки крови.
    Источник

    И это не единственный пример подобной регрессии.

    Коды Рида-Соломона: Прямая коррекция ошибок


    Как и компьютерный накопитель, ДНК (и его промежуточная форма – РНК) может быть повреждена. Для предотвращения распространённых «однобитных ошибок» кодирование протеина в символах ДНК избыточно. Существует 4 символа РНК: U, C, G и A – другими словами, «байт» имеет длину в 2 бита. Три символа соответствуют аминокислоте.

    Теоретически, 6 бит могли бы соответствовать 64 аминокислотам, однако существует только 20 стандартных аминокислот. К примеру, UCU, UCC, UCA и UCG – кодируют один и тот же серин, тогда как только UGG соответствует триптофану.

    Тогда, выходит, что некоторые наиболее вероятные «опечатки» (UCU -> UCC) в коде приведут к синтезу одной и той же аминокислоты. Подробнее об этом явлении можно прочитать в книге "Metamagical Themas" за авторством Дугласа Хофстадтера (Douglas Hofstadter).

    Священный код: /* от вас не требуется понимание этого кода */


    Некоторые участки кода священны. Мы можем не помнить, кто или зачем написал его, мы просто знаем, что он работает. Парень, который его написал, возможно, уже давно покинул компанию. С таким кодом лучше не связываться.

    В ДНК известна концепция «молекулярных часов». Некоторые части генома активно меняются, а некоторые – неприкосновенны. Отличным примером последнего являются гистоновые гены H3 и H4.

    Эти гены лежат в основе того, как геном хранится, а потому имеют первостепенную важность. Любой сбой в их коде ведёт к нежизнеспособному организму.

    Поэтому можно предположить, что этот код не меняется на скорую руку, и, судя по всему, так оно и есть. Гены H3 и H4 обладают нулевым эффективным темпом мутации у людей. Но всё заходит ещё дальше. Этот код является общим для всех, начиная с человека, заканчивая травой или плесенью.
    Темп замены нуклеотидов в пересчёте на сайт на 1 миллиард лет между различными протеин-кодирующими генами человека и грызуна с разбросом в 80 миллионов лет, на основании ископаемых доказательств:

    Ген                 Кол-во кодонов      Эффективный темп
    Гистон 3            135                 0.00
    Гистон 4            101                 0.00
    Инсулин             51                  0.13
    Гамма-интерферон    136                 2.79
    

    Источник

    Судя по всему, существуют два способа, с помощью которых геном может удостовериться в отсутствии мутации кода. Первый способ был описан ранее: использовать аминокислоты, кодировка которых очень избыточна, что позволит получать один и тот же результат даже в случае «опечаток».

    Второй способ заключается в том, что гены могут быть скопированы в начале или конце процесса репродукции клетки, что обеспечивает более или менее благоприятные условия копирования. Помимо этого, используются огромное количество подобных условий.

    Похоже, что H3 и H4 были весьма тщательно проработаны, так как в них допустимо множество «синонимичных» изменений, которые благодаря вышеописанным хитрым техникам не приводят к изменению результата.

    Ошибки кадрирования: стартовые и стоповые биты


    ...0 0000 0001 0000 0010 0000 0011 0...

    Эта последовательность, очевидно, описывает 8-битные значения 1, 2 и 3. Я добавил пробелы, чтобы было видно, где байт начинается и заканчивается. Множество последовательных устройств используют стоповые и стартовые биты для обозначения, откуда вам нужно начинать чтение. Если мы немного сдвинем эту последовательность:

    ...00 0000 0010 0000 0100 0000 0110 ...

    она внезапно начнёт обозначать 2, 4, 6! Во избежание подобного, в ДНК применяются выработаны сигналы, которые сообщают клетке, где начинать чтение. Любопытно, что существуют участки генома, которые можно начинать читать с нескольких стартовых точек, и каждый раз получать полезный (но разный) результат. Вот что я называю крутым хаком!

    Каждый способ прочтения подобного участка ДНК называется открытой рамкой считывания и их обычно 6, по 3 в каждую сторону.

    Массовая многопроцессорность: каждая клетка – это вселенная


    И всё-таки, ДНК не похожа на язык программирования. Она действительно им не является. Тем не менее, есть несколько больших схожестей. Можно рассматривать каждую клетку в качестве центрального процессора, на каждом из которых запущено своё ядро ОС. Каждая клетка обладает полной копией ядра, но активирует только соответствующие части – свои модули и драйвера, так сказать.

    Когда клетке требуется выполнить что-либо («вызвать функцию»), она находит необходимую часть генома и транскрибирует её в РНК. РНК затем переводится в последовательность аминокислот, которые в совокупности дадут белок, который был закодирован в ДНК. А теперь самая крутая часть!

    Этот белок будет помечен адресом доставки. Он представлен в виде маркера, состоящего из нескольких аминокислот, который сообщает клетке, куда именно нужно доставить этот белок. Внутри клетки есть целый механизм, который выполняет эти инструкции и способен доставить белок по адресу, который может оказаться даже снаружи самой клетки.

    После доставки эта инструкция отрывается и осуществляются несколько этапов пост-обработки, которые могут, например, активировать белок, ведь транспортировать активный белок через места, для которых он не предназначен, – не лучшая затея.

    Makefile


    Организмы обычно начинают своё существование с одной клетки, которая, как было сказано ранее, содержит две полноценные копии генома. Своеобразный tar-файл, в котором все файлы уже распакованы, готовые к употреблению. Что же дальше?

    Встречайте гомеобокс. Клетки должны быть скопированы и каждой нужно назначить её цель существования. Гены, которые содержат гомеобокс, начинают выстраивать цепочку зависимостей «сверху вниз», которая означает «начинать с головы». Для того, чтобы это сработало, образуется химический градиент, благодаря которому клетки могут почувствовать, где они находятся, и определить свои дальнейшие действия, требуемые для образования головы или для образования нотохорда.

    Впервые обнаруженные в 1983, на данный момент гены гомеобокса являются одной из самых захватывающих областей для изучения. Отметим любопытный факт, что как и makefile, гены «HOX» только отвечают за включение разных вещей в других генах и сами по себе ничего не образуют.

    Похоже, что «синтаксис» гомеобокса является «священным» в смысле, описанном выше. Что случится, если вы скопируете часть «HOX» мышинного гена, являющийся «селектором ноги» в гомеообокс дрозофилы?

    По факту, в случае вставки гена мыши HOX-B6 в геном дрозофилы, она может заменить гены antennapedia и вырастить ноги на месте антенн.
    Источник

    Геномы дрозофилы и человека разветвились не миллионы, а сотни миллионов лет назад. И всё же вы можете скопировать участки («селекторы» на языке генетики) makefile-а и они будут работать. Прошу отметить, что процедура «выращивание ноги» у фруктовой мушки совершенно иная, нежели у мыши, но «селектор» способен корректно запустить необходимые инструкции.

    Плагины: Плазмиды


    Все живые организмы имеют ДНК, иногда организованные в несколько хромосом («библиотеки»), иногда только одну (как правило, закольцованную в таких случаях). Это касается и большинства бактерий. И по соседству с этим большим основным геномом такие бактерии зачастую содержат «плазмиды» – крохотные кольца ДНК с определёнными функциями.

    Эти плазмиды отчасти совместимы с разными видами и при помощи разнообразных механизмов они передаются по горизонтали. Таким способом, например, даже неидентичные бактерии могут «учиться» резистентности к антибиотику друг у друга.

    Если сравнивать с миром программирования, плазмиды не являются добровольным приобретением, и подобны загрузке .so при помощи LD_PRELOAD или её аналогом на других платформах. И в самом деле, плазмиды зачастую инъектируются с целью исследования. Их можно ввести в любой вид бактерии и сразу же приступать к работе.

    Плазмиды копируют себя независимо от главной хромосомы, поэтому становятся постоянной составляющей бактерии. Для достижения этого, плазмида обладает геном с великолепным названием «точка начала репликации», который срабатывает, когда клетка собирается делиться.
    Поделиться публикацией
    Ой, у вас баннер убежал!

    Ну. И что?
    Реклама
    Комментарии 295
    • +4
      В дополнение: «ГЕДЕЛЬ, ЭШЕР, БАХ: эта бесконечная гирлянда». «Глава XVI: Авто-реф и Авто-реп».
      • +2
        увлекательно
        • +1
          Не то слово, откровенно говоря я бы сказал доходчиво и понятно. Сразу возник вопрос, а что если избавиться от хлама в 97% в ДНК? Получиться супер человек, без вирусных вставок?
          • +1
            В лучшем случае получится такой же человек, поскольку этот код и так не участвует в построении организма. В худшем (если этот код не мусорный, а всё-таки полезный) — нежизнеспособный организм.
            • 0
              Делали такие опыты. В частности вырезали часть древнего вируса встроеного в ДНК мышей.
              Мыши родились нормальными но более чувствительными к одной из болезней.
              Саму статью по этому опыты сходу не нашел так что точных деталей не скажу.
            • 0
              А что если это НЕ хлам, а архив предыдущих поколений?
              • +2
                Культура разработки в фирме, проектировавшей ДНК, не была высокой, поэтому вместо использования системы контроля версий и выпиливания ненужного кода, устаревшие фрагменты просто комментировались.
                • 0
                  А может среди вирусного хлама и прочего ненужного содержится «закомментированный» геном еще какого то вида? ;) Или послание от создателей (создававших набор способных к жизни на конкретной планете видов на базе собственного генома) далеким потомкам?
                  • +2
                    Удивительно, почему многих людей так и тянет верить в создателей/создателя. Разве есть что-то приятное в том, чтобы быть результатом чьего-то труда?
                    • 0
                      Разве плохо быть созданием природы?))
                      • 0
                        Ну считать себя результатом броуновского движения так уж точно ничего приятного. ;) А тут хоть думаешь — неплохо кто то потрудился… Но вот почему [подставить свою личную проблему] сделал так фигово, двоешник!??? ;)
                        • 0
                          > Ну считать себя результатом броуновского движения

                          Ах, если бы броуновского…
                          • 0
                            Вначале было броуновское движение. И только потом — возвратно-поступательное. ;)
                          • +1
                            Ну очевидно потому что этот создатель — продукт броуновского движения…
                            Собственно и в rtfm написано — «носился над водами»
                            • 0

                              Видите ли… этих RTFM столько… и столько разных вариантов. Какому верить? С эволюцией как-то проще.

                          • 0
                            Ну, конкретно ДНК и вся эта биология выглядит слишком сложной, чтобы появится в результате какого то естественного отбора. Мне кажется, что жизнь появилась «сама», но вот ДНК это штука искусственная. Если вдруг в закомментированном ДНК коде найдут тетрис, то вопросы отпадут.
                            • 0
                              geektimes.ru/post/298091/#comment_10617097

                              Нашли(последния ссылка). Молчат или вякают про нумерологию.
                              Дальше что?
                              • 0
                                Десятичная система — признак человеков. Видимо кто то когда то успел нахачить что то в ДНК. Но тетрис всё же не помешал бы. Одно дело когда в ДНК находят какие то десятичные цифры, а совсем другое когда там логотип в виде ascii графики.
                                • 0
                                  Десятичная система — признак человеков.

                                  Представители многих народов смотрят на вас с негодованием.

                                • 0
                                  Один из вариантов как такая ДНК могла появится. Жили были люди которые разобрались с ДНК и ещё много чем, но поняли, что естесвенным путём они ещё долго будут эволюционировать. Тогда они нахачили что то в ДНК и получили скачок в развитии на несколько миллионов лет. Но новую версию людей выпускать в то же общество нельзя — ксенофобия будет такая, что проблемы чёрных и белых покажутся мелочью. Тогда эту новую версию зафигачили на подходящую планету и забыли про них.
                    • +4
                      Просто круто!
                      Возможно в будущем будут созданы мощные экспертные системы, которые позволят по заданным требованиям к организму на основе огромной базы данных и специального компилятора спроектировать и оптимизировать нужную ДНК.
                      • +1
                        Теоретически, мы уже вполне можем создать симулятор. То есть (почти) можно «попробовать» что будет, если изменить «байт-код» (ДНК). Это фактически компилятор. Компьютеры почти успешно способны симулировать целую клетку, одна проблема — симулятор очень очень медленный. Причем чем точнее симуляция — тем она медленнее. На сегодняшний момент за месяц на кластере можно с паршивенькой точностью просимулировать примерно микросекунду жизни недо-клетки(вируса в оболочке). Для сравнения, митоз занимает минуты и десятки минут.
                        Тем не менее, нам не обязательно симулировать всю клетку, что бы понять, на что повлияет конкретная мутация. Часто достаточно симулировать лишь затронутый мутацией белок/рнк и посмотреть как меняется его поведение в сравнении с «обычным» не мутированным. Этим активно пользуются в современной молекулярной биологии и фармакологии.
                        • 0
                          Просто из любопытства, какова сейчас глубина этой симуляции? В ней прописано поведение отделюных молекул? Или атомов? Атомы симулируются функционально или возможна полная симуляция с нуклонами, электронами, формой орбиталей и т.п.?
                          Сделать бы такую максимально полную симуляцию на распределённых вычислениях, чтобы миллионы компьютеров смогли, например, сэмулировать, пусть и сильно замедленно, жизнь какой-нибудь бактерии, но только чтоб с атомарной детализацией.
                          • 0
                            Ищите статьи по теме Molecular Dynamics.
                            Вот один из примеров: www.ks.uiuc.edu/Research/STMV
                            • 0
                              В основном т.н. atomistic, то есть на атомном уровне симулируют, хотя отдельные части системы могут даже на уровне электронов симулироваться (QM/MM). Естественно, симуляции большого числа атомов идут на распределенных системах. Проблема в том, что «в лоб» эта задача не очень хорошо масштабируется и одну симуляцию нет смысла запускать более чем на 4-8 нодах — быстрее не будет. Более того, на сегодняшний день GPU дают гораздо большую скорость, чем CPU, но ещё хуже масштабируются. Так что за счёт количества компьютеров не выйдет ускорить симуляцию, а даже для маленькой бактерии теоретически хватило бы не слишком огромного кластера. Проблема в том, что для бактерии не пока существует «скриншота» атомистического уровня. Т.е. не с чего начать такую симуляцию. Для вирусов — «скриншот» есть и симуляции уже делали.
                              Но вообще, не обязательно заспускать одну непрерывную симуляцию, и тем самым связывать себя ограничениями масштабируемости. Можно запускать много параллельных независимых «коротких» симуляций одной и той же системы из разных точек, и потом их «склеивать», например при помощи Markov State Models.
                              • 0

                                В чем смысл замедленной симуляции, если можно вместо этого запустить реальный процесс и наблюдать за развитием?
                                Ну разве что такая симуляция должна быть значительно дешевле..

                                • 0
                                  Запустить процесс не дорого, а наблюдать — очень дорого и, в основном, просто невозможно. В симуляции же мы «видим» все детали. Возникает проблема, правда, достоверности симуляции, но она как раз в основном может быть решена экспериментальной верификацией.
                                  • 0
                                    Поменять что-то в геноме и посмотреть на результат в симуляции должно быть намного проще, чем в живой клетке.
                              • –2
                                Можно, но не нужно. Любой 20-летний здоровый человек — пример изначально хорошего проектирования человеческого организма. Проблема не в генах. В 60 они такие же как и в 20. ;-) А старение больше физическое, чем биологическое явление. Более того — пока мы не поймём функции всех генов и их взаимные зависимости — любое вмешательство опасно. Конечно, иной раз мы знаем, что нам нужно поправить, например, в случае генетических заболеваний. Или в целях устранения 'отходов' — например, липофусцина или окисленных ЛПНП, мы можем снабдить клетки организма нужными генами и лизосомальными энзимами. Но вновь, мы обычно воздействуем на конечное звено в цепи — на сами повреждения.

                                Старение можно определить как процесс накопления молекулярных и клеточных повреждений, являющихся следствием нормального метаболизма. Здесь очень важно подчеркнуть слово «нормального», ибо приняв его во внимание, сразу становится ясно, что ни серьёзно замедлить процесс старения, ни, тем более, остановить его невозможно. Для этого нужно целиком перепроектировать метаболизм человека, заново переписав его геном. Ибо процессы, вызывающие повреждения, являются одновременно и процессами, дающими нам жизнь. Накопление повреждений выше критического уровня приводит к образованию возрастных патологий. Но раз мы не можем повлиять на сами процессы накопления повреждений (по крайней мере на нынешнем уровне науки), что же мы можем? А можем мы, не вмешиваясь в процессы метаболизма, всего лишь время от времени убирать накопившиеся повреждения, вызванные ими, возвращая организм в более раннее, неповреждённое и, как следствие, более юное состояние.

                                На первый взгляд идея, что обращение старения (омоложение) – не просто самый лёгкий, но и единственно возможный способ борьбы с ним, – кажется парадоксальной. Но задумайтесь, что легче: построить никогда не ломающуюся машину – или вовремя её ремонтировать? Никогда не мусорить в комнате – или вовремя убирать в ней? Так устроен наш мир – устранить структурные различия (мусор и повреждения) намного проще, чем контролировать сложное переплетение различных процессов, ведущее к их образованию.

                                Более того, нам даже не нужно знать устройство машины и предназначение вещей в комнате! Всё, что нам нужно – это ещё одна рабочая машина и убранная комната. Сравнивая поломанную машину с рабочей, а грязную комнату с убранной, мы сможем узнать, какие детали и вещи нам нужны, какие необходимо заменить, а какие выбросить. Ещё одна хорошая новость в том, что нам не обязательно устранять все повреждения, например, нам не нужно лакировать каждую царапину на машине и искать каждую пылинку в комнате. Нам лишь нужно поддерживать их уровень ниже критического, чтобы машина могла нормально ездить, а в комнате было комфортно жить.
                                • 0
                                  Несмотря на то, что накопление повреждений безусловно имеет место — старение организма является таким же запрограммированным этапом функционирования организма, как и его рост.
                                  Потому как накопление повреждений случайно — соответственно и продолжительность жизни была бы не менее случайной, примерно как распад атомов.
                                  • +2
                                    Любой 20-летний здоровый человек — пример изначально хорошего проектирования человеческого организма

                                    Это вы об этом ru.wikipedia.org/wiki/Возвратный_гортанный_нерв?
                                    Или о вывернутой наизнанку сетчатке? Или о колене которое имеет всего одну степень свободы? Еще женщины могут многое рассказать о слишком узком тазе.
                                    habrahabr.ru/post/254473 Собственно это не только у людей такие проблемы.
                                    theoryandpractice.ru/posts/9525-cognitive-2 И я уж не говорю о подобных вещах.
                                    • +4
                                      Вот именно. Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте. Избавиться от старых костылей практически невозможно, а поверх всегда приходится городить новые, направленные исключительно на решение одной единственной сиюминутной проблемы.

                                      Позвоночник приспособлен в горизонтальному положению и диски сплющиваются с возрастом? Не беда, главное, что организм дожил до репродуктивного возраста и оставил потомство, которое точно также будет страдать от сплющивания межпозвоночных дисков. Примеров можно привести миллион.
                                      • 0
                                        Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.


                                        Все попытки удалить «ненужные» органы(аппендикс, аденомы, миндалины и тд) провались с треском.
                                        А об эффективности по Парето вы видимо и вовсе не слышали.
                                        Таким образом это ваша вера. Не более.
                                        • 0
                                          В совершенно не разбираетесь в теме.
                                          • –1
                                            Потрясающий уровень аргументации
                                            image

                                            • +2
                                              Вопщем да, на таком уровне даже лень возражать.
                                          • 0
                                            Совсем ненужных органов нет, ставшие ненужными атрофируются даже в процессе жизни.
                                            Но вот работают они все через одно место.
                                            • 0
                                              Про «ненужные» органы" — это уже личная фантазия levckin_danil и спорить бесполезно.
                                              • –1
                                                Это личная фантазия эволюционистов и спорить бесполезно.
                                                The lowly appendix, long-regarded as a useless evolutionary artifact, won newfound respect two years ago when researchers proposed that it actually serves a critical function.
                                                (Выделения мое)

                                                В совершенно не разбираетесь в теме.

                                                • 0
                                                  Вы хоть один мой пост до конца прочитать можете? Где я говорил о «ненужных» или «лишних» органах? Найдите это в моих постах, дайте ссылку и цитату.

                                                  Я сказал, что эволюция не занимается планированием, она решает только одну текущую проблему, без всяких расчетов на будущее. Какое из слов вам непонятно?
                                                  • 0
                                                    Еще раз. Вы пишете:
                                                    Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.

                                                    Я намекаю вам, что эти утверждения основаны только на вашей вере в ТЭ.
                                                    Попытки обосновать их в реальности с треском провалились.
                                                    Как пример привожу список «ненужных» органов.

                                                    Но, зная, что эволюционисты всегда найдут еще что-то ненужное, нерабочее, я заранее говорю об том, что существует эффективность по Парето. Которая мешает(и не только она) им объявить о том, что если функция плохо разработана значит дизайна нет.
                                                    • +2
                                                      Но, зная, что эволюционисты всегда найдут еще что-то ненужное, нерабочее
                                                      Еще раз, русским по белому: найдите в моих постах хоть слово про «ненужные» или «лишние» органы, дайте ссылку на пост и цитату из него. Не будет ссылки — значит вы спорите с вашими мозговыми тараканами, а не с моими словами.

                                                      И, судя по всему, вы из воинствующих креационистов — значит нормальный диалог в вами невозможен.
                                                      • –3
                                                        Еще раз, русским по белому: найдите в моих постах хоть слово про «ненужные» или «лишние» органы, дайте ссылку на пост и цитату из него. Не будет ссылки — значит вы спорите с вашими мозговыми тараканами, а не с моими словами.


                                                        Я пытаюсь оспорить ваше общее размытое утверждения, которое подкреплено 0(нулем) примеров.
                                                        Вот его
                                                        Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.


                                                        Только и всего. Начал с «ненужных» органов. Нужно ведь с чего-то начинать, если вы не обосновывайте ваши слова?

                                                        И, судя по всему, вы из воинствующих креационистов — значит нормальный диалог в вами невозможен.

                                                        Больше переходов на личности
                                                        • 0
                                                          Я намекаю вам, что эти утверждения основаны только на вашей вере в ТЭ.
                                                          Попытки обосновать их в реальности с треском провалились.
                                                          Как пример привожу список «ненужных» органов.
                                                          Современная синтетическая теория эволюции, имеет доказательств и обоснований, полученных научным методом, куда больше — чем любая другая теория происхождения и развития жизни.

                                                          Что до «подкреплено 0(нулем) примеров» — то вы или сознательно игнорируете неудобные для вас слова, или просто не понимаете о чем идет речь (скорее второе). Потому что таких доказательств тут было достаточно.

                                                          Попытки использовать по отношении к научным теориям слова-маркеры типа «вера» — практически однозначно характеризуют неграмотного человека, который не имеет понятия о научном методе. Что кстати, очевидно из незнания вами таких основ научного метода — как «аксиомы», которые вы по невежественности считаете принимаемыми без доказательств, хотя примерно десять веков прошло, как от этого отказались.

                                                          Больше переходов на личности
                                                          Кажется, я угадал, чей вы клон ;)
                                                          И да, если вы неграмотны, не разбираетесь в теории эволюции в частности и научном методе в общем, но пытаетесь спорить на эти темы — то назвать вам неграмотным, это не есть оскорбление, это констатация факта.
                                                          • –1
                                                            Современная синтетическая теория эволюции, имеет доказательств и обоснований, полученных научным методом, куда больше — чем любая другая теория происхождения и развития жизни.

                                                            И снова ноль доказательств. Чтоб начать дискуссию нужно хотя бы одно. А не пустые слова.

                                                            Что до «подкреплено 0(нулем) примеров» — то вы или сознательно игнорируете неудобные для вас слова, или просто не понимаете о чем идет речь (скорее второе). Потому что таких доказательств тут было достаточно.

                                                            У вас их там не было. Брать из других источников я не имею права.
                                                            Попытки использовать по отношении к научным теориям слова-маркеры типа «вера» — практически однозначно характеризуют неграмотного человека, который не имеет понятия о научном методе. Что кстати, очевидно из незнания вами таких основ научного метода — как «аксиомы», которые вы по невежественности считаете принимаемыми без доказательств, хотя примерно десять веков прошло, как от этого отказались.

                                                            Кажется, я угадал, чей вы клон ;)
                                                            И да, если вы неграмотны, не разбираетесь в теории эволюции в частности и научном методе в общем, но пытаетесь спорить на эти темы — то назвать вам неграмотным, это не есть оскорбление, это констатация факта.

                                                            Больше переходов на личности. Не успели обосновать свою позиции, а уже празднуйте.
                                                            • 0
                                                              //зевает от скуки
                                                              И снова ноль доказательств
                                                              И не говорите, будто вы раньше этого не заметили, все цитаты из этой ветки, в пределах одного-двух скроллов:

                                                              Раз
                                                              Это вы об этом ru.wikipedia.org/wiki/Возвратный_гортанный_нерв?
                                                              Или о вывернутой наизнанку сетчатке? Или о колене которое имеет всего одну степень свободы? Еще женщины могут многое рассказать о слишком узком тазе.
                                                              habrahabr.ru/post/254473 Собственно это не только у людей такие проблемы.
                                                              theoryandpractice.ru/posts/9525-cognitive-2 И я уж не говорю о подобных вещах.


                                                              Два
                                                              Позвоночник приспособлен в горизонтальному положению и диски сплющиваются с возрастом? Не беда, главное, что организм дожил до репродуктивного возраста и оставил потомство, которое точно также будет страдать от сплющивания межпозвоночных дисков. Примеров можно привести миллион


                                                              Больше переходов на личности
                                                              Теперь я уже не сомневаюсь в том, какой у вас основной аккаунт.
                                                              Удачи, дальше вы соло.
                                                              • –1
                                                                Раз

                                                                Вы его не приводили. А сам я его тащить в ветку не могу.
                                                                Два

                                                                Как износ механизма оспаривает дизайн? Или доказывает ТЭ?

                                                                Удачи, дальше вы соло.

                                                                Когда не перейти на личности не вышло, слив был делом времени
                                                                • 0
                                                                  Про возвратный гортанный нерв можете даже не пытаться упоминать. Вам ответят: «Воля, Господня, для людей непостижима». Как, собственно, и на все другие приводимые вами доказательства, которые не получается опровергнуть.
                                                                  • 0
                                                                    Ну да, все это из серии: «Разве можно представить, что за 7 дней пройдет вся эволюция? Нет!».
                                                                    • –1
                                                                      Я посмотрю вам не нужны собеседники, что одержать победу в дискуссии.
                                                                      Но так как громить чужые аргументы слооожнооо, вы придумывайте свои соломенные чучела и громите их.
                                                                      Лол.
                                                                      Квазирелигия во всей красе.
                                                                    • –1
                                                                      У вас отличный аргумент.
                                                                      «Бог, если бы он существовал, не сделал бы этого таким образом (потому что), если бы я был Богом, я бы не стал (так поступать)»

                                                                      А собственные обьяснения еще лучше:
                                                                      the nerve used to line up with a blood vessel, both servicing the gills of our fishy ancestors. When the vessel moved backwards during evoution, the RLN was constrained to remain behind it, still retaining its connection to the larynx, which evolved from a gill arch. The nerve could not “break” to attain the shortest route, for that would not be possible by natural selection: it would interrupt the nerve transmission and be maladaptive
                                                                      whyevolutionistrue.wordpress.com/2011/05/28/the-longest-cell-in-the-history-of-life
                                                                      • +1

                                                                        Дружище, мы, сторонники эволюции, прежде всего считаем, что логика Творца, если уж допустить его существование, подобна нашей (<|[Д]|>). Поэтому мы предполагаем, что он не стал бы делать бессмысленные (с нашей точки зрения) вещи.
                                                                        Наличие этого пресловутого нерва совершенно логично объясняется с точки зрения эволюции, но не находит никакого разумного объяснения, если мы предполагаем стоящего за процессом Творца. Поэтому остается либо признать, что все получилось само собой, либо — что Творец идиот. Отбросив последнюю гипотезу, как нарузающую закон о защите чувств верующих, мы получаем неоспоримое свидетельство в пользу эволюции.
                                                                        Теперь, если отвергнуть допущение (<|[Д]|>), которое мы сделали в начале, то остается признать, что логика Творца для нас непостижима, на чем можно смоло заканчивать дискуссию и расходится, ибо дорожка эта ведет к голимому агностицизму. Одним словом, куда ни кинь — везде 42!

                                                                        • –1
                                                                          Дружище, я понимаю, что для существ чей мозг эволюционировал для размножения, а не для познания истины и чей разум является иллюзией, понять что:
                                                                          • подобные слова являются аргумент к недоверию
                                                                          • что не найдено функций != функций нет

                                                                          понять сложно. Но ты постарайся дружище.

                                                                          Ах да. Выше есть сказка ТЭ, где твой коммент на счет этой сказки? Есть ли научные пруфы? Утверждения, что нерв не мог «сломаться» выглядит не очень научным. Может у нас есть ломаные и не функционирующиенервы?
                                                                          • +2
                                                                            не найдено функций != функций нет

                                                                            ээээ… мне кажется тут есть некоторое нодопонимание. Функции возвратного гортанного нерва вполне ясны: он иннервирует гортань, включая голосовые связки. Штука в том, что он расположен довольно странно. Сначала он в составе блюждающего нерва спускается от мозга в грудную клетку, потом отделяется от него, проходит под дугой аорты и далее как отдельный нерв снова поднимается к гортани. Он присутствует у всех млекопитающих и особенно доставляет это конструктивное решение у жирафа. У него он точно так же проходит через всю шею вниз, а затем поднимается обратно. Его длина составляет около 4 метров, при том, что от мозга до гортани всего несколько сантиметров. С точки зрения эволюци все объясняется очень просто: у рыб, за неимением шеи, он идет по оптимальной траектории. Я бы с удовольствием послушал хоть какие-то разумные объяснений, зачем Творцу потребовалась эта "пасхалка", но увы… Креационисты категорически не хотят доставить мне этого удовольствия :-(
                                                                            В прочем некоторые начинают загадочно улыбаться и подмигивать. Возможно, это тайное знание, доступное лишь посвященным непосредственно от Творца через каналы в космос? Не могу сказать с уверенностью. Мне предлагали купить, но во-первых, мы не сошлись в цене (я предложил бутылку пива, но продавец настаивал на 5 тыс. долларов и готов был только на 25% скидку), во-вторых мне не пред.явили никаких документов от Творца. А вдруг продавец был шарлатан? Мене тяжело пачкать подозрением этого приятного во всех отношениях человека, но знаете, бутылка пива все же денег стоит, и я не готов разбрасываться ими налево и направо. В-третьих мне никак не хотели предоставить тест-драйв, а без этого совсем тоскливо! А вдруг мы не поймем друг друга? А вдруг я не смогу понять ответ? В общем, внутренне скорбя, я вынужден был отказаться. От чего до сих пор пребываю в великой печали.

                                                                              • +1
                                                                                Ой, вот только давайте не будем сюда г-на Лённинга тащить, коего, если память мне не изменяет, еще в начале 2000-х из Института Макса Планка поперли, чтобы он свои иеговистские бредни за казенный счет не популяризировал. Около науки всегда вьется много фриков. То вечный двигатель изобретают, то доказательства креационизма…
                                                                                В его же, с позволения сказать работе, на которую вы ссылаетесь, первая логическая ошибка содержится в четвертом абзаце.
                                                • 0
                                                  Все попытки удалить «ненужные» органы(аппендикс, аденомы, миндалины и тд) провались с треском.

                                                  Что вы имеете в виду? У меня в детстве были удалены и миндалины, и аппендикс — жив-здоров, скоро сорок лет стукнет. И знаете, с миндалинами вопрос конечно спорный, а вот с аппендиксом однозначный — с ним я не дожил бы и до совершеннолетия.
                                                  • –1
                                                    Про миндалины есть много ссылок на вики en.wikipedia.org/wiki/Tonsillectomy в разделе Impact on immune system
                                                    Где-то тоже видел и про аппендикс, но лень искать.
                                                    Вы бы не дожили до этого дня с аппендицитом, а не с аппендиксом. Немного разные вещи.
                                                    • 0
                                                      И что там в вики такого «страшного» написано? Я увидел лишь
                                                      Although tonsillectomy is nowadays performed much less frequently than in the 1950s, it remains a common surgical procedure in children in the United States and many other western countries…
                                                      The scientific evidence indicates that tonsillectomy is on average only modestly effective at reducing the frequency and severity of sore throats, and does not get rid of sore throats altogether.

                                                      Вы бы не дожили до этого дня с аппендицитом, а не с аппендиксом.

                                                      Словоблудием занимаетесь. Как раз, когда случился аппендицит, с аппендиксом мне дальше жить было бы не суждено с высокой вероятностью. И ещё раз спрашиваю — что значат ваши слова
                                                      Все попытки удалить «ненужные» органы(аппендикс, аденомы, миндалины и тд) провались с треском.

                                                      Мне удалили указанные органы. Почему во-первых, «попытки» (удалили реально, без попыток), и во-вторых, «провалились»? Операции прошли успешно, без какого-либо треска (кроме как моей руки по лбу во время чтения вашего бреда).
                                                      • 0
                                                        И что там в вики такого «страшного» написано? Я увидел лишь

                                                        Про миндалины есть много ссылок на вики en.wikipedia.org/wiki/Tonsillectomy в разделе Impact on immune system

                                                        Читайте, что вам пишут.

                                                        Словоблудием занимаетесь. Как раз, когда случился аппендицит, с аппендиксом мне дальше жить было бы не суждено с высокой вероятностью. И ещё раз спрашиваю — что значат ваши слова

                                                        Словоблудием занимаетесь вы.
                                                        Аппендицит и аппендикс это разные слова по смыслу и значению.

                                                        Дальше общаться смысла нет.
                                                        Вы не умеете читать что вам пишут и не различаете аппендикс от аппендицита(возможность построить причинно-следственную связь вам не подвластна?)
                                                    • 0
                                                      Возможно имеют ввиду возможность «вырезать из кода» компилирование этих органов. Чтобы организм появлялся сразу без них. Всё таки тут речь про генную инженерию, а не хирургию.
                                                    • 0
                                                      Ой… а у меня вот удален аппендикс. Что же теперь? Я умру??
                                                      • 0
                                                        К сожалению да, вечно жить вы не сможете.
                                                        • +1

                                                          То есть до того, как вырезали аппендикс шанс был? Черт… наверно доктор себе вшил и сейчас проживет две вечности. Я просил после операции, чтобы мне его отдали, но они зажали. Я уже тогда подумал, что здесь что-то не так. Надо было писать в прокуратуру.

                                            • +6
                                              Классный пост! В «золотой фонд» ГТ
                                              • 0
                                                Не так давно я изучал психологию, и в частности курс физиологии ЦНС, где в том числе рассказывали и о строении ДНК. Для программистов все оказывается очень близко с computer science. Кстати сказать ДНК кодируется одной стороной известной нам спирали. Вторая сторона — резервная копия. (если я не путаю)…
                                                • 0

                                                  Простите, но это не так. Обе цепи содержат протеин-кодирующие гены. Более того, иногда одна сторона содержит кодирующий ген, а вторая — некодирующий, управляющий ген (часто обозначают antisense). Считывание первого дает возможность считаться второму.

                                                  • +1
                                                    Все верно, резервная копия. Если, например радиация рвет одну цепь, то она восстанавливается по второй. Поскольку напротив одного нуклеотида всегда находится строго определенный другой. Это давным-давно еще выяснили.
                                                    • 0
                                                      продолжая аналогию в статье, RAID array with parity?
                                                      • 0
                                                        Нет, именно чистое зеркало.
                                                        Просто полезный файл то в одной половинке, то в другой. И опознаётся по сигнатуре.
                                                        • 0
                                                          Что-то я не могу до конца понять: в ДНК двоичная или 4-ичная система?
                                                          Язык ДНК является цифровым, но не двоичным. Двоичный код использует 0 и 1 (поэтому его и называют бинарным), ДНК же использует 4 значения: T, C, G и A.
                                                          В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр, ДНК-«байт» (именуемый кодо́ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.

                                                          при этом:
                                                          Если одно из этих оснований отсутствует, его можно вывести из основания с другой стороны «ступеньки». T всегда связано с A, C – всегда с G. Так что мы можем утверждать, что геном зеркалируется внутри спирали, подобно RAID-1.

                                                          те получается что-то типо такого:
                                                          T=A
                                                          A=T
                                                          C=G
                                                          G=C
                                                          как отличить что закодировано: TACG или ATGC?
                                                          Начало комментария практически всегда указывается буквами «GT», что можно сопоставить с /*, окончание обозначается символами «AG», которые, соответственно, аналогичны */.

                                                          Если в одном основании будет закомментирован GT, то в другом его не будет, а будет CA, и как «процессор» клетки понимает рабочий код или коментарий?

                                                          • 0
                                                            как отличить что закодировано: TACG или ATGC?

                                                            После транскрипции остаётся только одна половинка кода, вот тогда уже и определяется что именно закодировано и там явно 4 разных числа — система четверичная.


                                                            Мне кажется не стоит вообще считать интроны(начинающиеся с GT) комментарием, это такой-же код, в некоторых условиях он выкидывается слайсингом, а в некоторых наоборот может выкидываться основной код и оставляться "закомментированный".

                                                            • 0

                                                              Забавно, что весь GT — это оказывается всего лишь комментарий неизвестного нам наблюдателя к истории эволюции ;-)

                                                  • 0
                                                    Спасибо!
                                                    • +1
                                                      Хорошая публикация, но перевод лучше маркировать как перевод по правилам.
                                                      • 0
                                                        Это моя первая публикация и, вероятно, я не сильно знаком с редактором, так как не обнаружил способа пометить её как перевод.
                                                        • +1
                                                          Хм, проглядел, что можно переключать между режимами «публикация <-> перевод». Не стану заявлять, что это UX-промашка сайта :)
                                                      • +1
                                                        Спасибо! Очень интересно! Занимательно и чрезвычайно познавательно!
                                                        • +2
                                                          Я в восторге! Это потрясающе! Спасибо!
                                                          • 0
                                                            Ещё про специфику своего кода у митохондрий было бы интересно почитать.
                                                            • +3
                                                              Отличная статья! Жалко только, что при переводе выпали некоторые картинки. Например:
                                                              image
                                                              image
                                                              image
                                                              • 0
                                                                Нужно ещё вспомнить, то клеточные структуры, например, митохондрии, тоже могут иметь свою ДНК с собственным кодом.
                                                                • 0
                                                                  Это как вспомогательный контроллер внутри процессора, например, подсистема управления питанием (опять же двойная аналогия). Там своя система команд, свой программный код, свое исполняющее ядро. Маленький процессор внутри большого, выполняющий свою задачу независимо от «хозяина».
                                                                • 0
                                                                  Геном засорён старыми копиями генов и неудачных экспериментов в в недалёком прошлом (около полумиллиона лет назад). Этот код всё ещё в ДНК, но неактивен. Его называют «псевдогенами».


                                                                  Последние исследования показывают, что это не совсем так. Многие части ДНК, которые считают «мусорными», на самом деле используются в кратковременных, но ключевых этапах формирования организма.
                                                                  • 0

                                                                    Если сейчас генерация цепочки ДНК не является проблемой, то почему-бы не провести эксперимент — вырезать все мусорные участки ДНК мухи и попытаться запустить процесс деления. Если получится такая же муха, что и с мусорным ДНК, то этот кусок не нужен. Можно вырезать не сразу всё, а постепенно.

                                                                  • 0
                                                                    Однако птицы радикально свой геном подсократили. Захочешь летать и не так оптимизируешься. У них геном (относительно естественно) короче чем у наземных аналогов в 2-3 раза.
                                                                    • –1
                                                                      Телеологичные и интенционально нагруженые слова не должны стоять близко рядом с ТЭ.
                                                                      Это абсурд.
                                                                    • +2
                                                                      Справедливости ради, оригинальная статья была написана, если не ошибаюсь, в 2003 году. Учитывая, что молекулярная генетика активно развивается, не мудрено, что в ней (статье) накопилось немало неточностей.
                                                                      • 0
                                                                        Огромное количество «мусорной ДНК» — является большим массивом директив компилятора для включения / выключения генов и для нормальной работы редупликации и считывания генов. Информация в статье сильно устарела.
                                                                      • 0
                                                                        Меня всегда волновал назойливый вопрос, почему программистов часто обучают ненужным технологиям, но далеко не всегда приводят аналогии процессов в жизни, будь то клеточный уровень и тд.
                                                                        • +1
                                                                          Очень интересная статья. Давай ещё!
                                                                          • 0
                                                                            Жаль, что проблемы реализации такого подъода на практике в статье не постулируются =(
                                                                            • 0
                                                                              По поводу «псевдогенов».
                                                                              Тут автор видимо немного не в курсе.
                                                                              Проект ENCODE напал на священную корову теории эволюции, на мусорную ДНК(junk DNA) заявляя:
                                                                              что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «мусорной».

                                                                              В итоге в болоте возникло очередное бурления говен. Например PZ Myers
                                                                              Подробнее о драме стоит начать читать с plato.stanford.edu. Там вкусненькое «and that the ENCODE researchers ventured into ‘small science’ territory by trying to deliver an interpretation of that data.»(выделения мое)

                                                                              Небольшое предостережения переводчику(потому как автор не прочтет).
                                                                              Нельзя говорить, что ДНК код является кодом.
                                                                              Политкорретко говорить, что это иллюзия кода, что это «больше шифр».
                                                                              Иначе вас быстро обзовут ИДиотом и креационистом.

                                                                              • 0
                                                                                Биологические активные и имеющие значение — разные вещи. Например, многие транспозоны и ретротранспозоны несоменно биологически активны, но большая их часть не несёт никакой полезной инфы, являясь не более чем фрагментами вирусов или эндогенными вирусами.
                                                                                • –1
                                                                                  большая их часть не несёт никакой полезной инфы

                                                                                  Сильное утверждения.
                                                                                  Есть подтверждения в виде опытов?
                                                                                  Или это просто глупое ожидание, проистекающее из ТЭ?
                                                                                • 0
                                                                                  Нельзя говорить, что ДНК код является кодом
                                                                                  ДНК — это скорее язык разметки, чем программа. Что-то вроде HTML и CSSв одном флаконе, с редкими вставками JS прямо в тексте сайта.

                                                                                  При том, эта аналогия и аналогия в статье слишком натянуты, как и любые аналогии из кардинально разных областей.
                                                                                  • 0
                                                                                    Когда это «мусорная ДНК» успела стать священной коровой теории эволюции и которой именно? Чёт я пропустил походу. Геномы живых организмов в самом деле избыточны, но даже если бы они были целесообразны на 100%, я всё равно не понимаю, в чём тут драма.

                                                                                    Возвращаясь к теме «мусорной ДНК» (хотя уже решили, что это некорректный термин). Если бы она и правда ничего не делала, функция у неё всё равно бы была: приём на себя основного удара мутаций.
                                                                                    Псевдогены со счетов никто не списывал. У нас, людишек, есть гены, формирующие цепочку биосинтеза витамина C, но она не работает (сломана), в отличие от других млекопитающих. Есть лишние копии генов, есть мобильные генетические элементы, катающиеся по геному и вносящие мутации. Организм с ними борется, как может, но с возрастом их активность только нарастает.
                                                                                    Кстати, можно вырезать из генома некоторые участки и посмотреть, что будет. Вырезали, посмотрели. Мышки ничем принципиально не отличаются от тех, у кого был «полноценный» геном.
                                                                                    Наконец, можно сравнить геномы разных существ и поглядеть на картину. Геном небезызвестной рыбы фугу на 80% меньше, чем у большинства позвоночных, но она обладает всеми типичными для позвоночных органами и не выделяется примитивным строением, её ДНК вполне достаточно для кодирования организма позвоночного.
                                                                                    • –1
                                                                                      Когда это «мусорная ДНК» успела стать священной коровой теории эволюции и которой именно?

                                                                                      Давно. Вам нужен порядковый номер коровы или что?

                                                                                      Когда люди:

                                                                                      Это именно защита священной коровы. Такое уже было с теорией большого взрыва

                                                                                      Возвращаясь к теме «мусорной ДНК» (хотя уже решили, что это некорректный термин).

                                                                                      Не буду придираться к мелочам.
                                                                                      Хотя мог бы
                                                                                      каким видимым (фенотипическим) изменениям

                                                                                      Единственная патология, которую удалось обнаружить, состояла в том, что 2 из 102 обследованных мышей с удаленным ультраконсервативным элементом uc329 родились с одной почкой. «Нормальная» частота этой аномалии составляет 0,1%.


                                                                                      Перейдем к сути.
                                                                                      1. Вы будете отрицать, что очередное предсказания в рамках ТЭ не сбылось?
                                                                                      2. Как поломки механизма подтверждают ТЭ или нивелируют скулеж стороников ТЭ?
                                                                                        Любой человек с IQ >75 вам скажет, что все вещи ломаются рано или поздно.

                                                                                      • +1
                                                                                        Очень интересная статья. Жаль только, в ней нет ни слова про то, что «наличие junk DNA предсказывается какой-либо из ныне существующих теорий эволюции». Я бы сказал, что эта статья про принцип Арнольда в биологии.

                                                                                        Клятых креационистов вспоминают, потому что они не упускают возможности вставить свои пять копеек, хотя их никто не спрашивал.

                                                                                        Единственная патология, которую удалось обнаружить, состояла в том, что 2 из 102 обследованных мышей с удаленным ультраконсервативным элементом uc329 родились с одной почкой. «Нормальная» частота этой аномалии составляет 0,1%

                                                                                        2/102 ≈ 0,02% против 0,1% нормальной частоты. Учитывая, что вырезан был ультраконсервативный участок. Забавно.

                                                                                        1. Вы будете отрицать, что очередное предсказания в рамках ТЭ не сбылось?

                                                                                        Я не увидел доказательств того, что наличие «мусорной ДНК» предсказывалось какой-либо из ныне существующих ТЭ, поэтому и отрицать пока нечего. Это во-первых. Во-вторых, опровержения мусорности многих участков генома по-прежнему не вижу.
                                                                                        Лишние копии генов и сломанные гены всё ещё существуют, ретротранспозоны, загрязняющие геном копиями самих себя, всё ещё существуют, отсуствие корреляции между размером генома и сложностью и полноценностью организма всё ещё есть, и т.д.

                                                                                        2. Как поломки механизма подтверждают ТЭ или нивелируют скулеж стороников ТЭ?

                                                                                        Скулят обычно креационисты и лица, к ним приравненные; скулят о том, что их гениальных доводов не поняли ангажированные узколобые невежды от «официальной науки» и выгнали непризнанных гениев из универов на просторы личных дневничков. Это так, лирическое отступление.
                                                                                        А роль поломок в эволюции и адаптации трудно переоценить.
                                                                                        Точечная мутация в гене гемоглобина (приводящая к появлению Val вместо Glu в позиции 6 бета-цепи) приводит к серповидноклеточной анемии, которая, несмотря на все предоставляемые неудобства, защищает своих гетерозиготных носителей от малярии, и потому дефектный аллель поддерживается отбором в человеческих популяциях в странах, эндемичных по малярии. То же самое делает дефицит глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы, приводящий к фавизму у любителей фалафеля (в дефектных эритроцитах замедляется рост малярийного плазмодия). И опять таки дефектный аллель распространён в странах с высоким распространением малярии (тропическая Африка, Ближний Восток, Юго-Восточная Азия...). То же самое делает бета-талассемия.
                                                                                        Помню, читал где-то про живущих за полярным кругом рыб с белой кровью. С функцией переноса кислорода такая кровь справляется отвратно, но мутация закрепилась, т.к. позволила рыбе затрачивать меньше энергии.
                                                                                        Делеция фрагмента гена CCR5 делает гомозиготных носителей невосприимчивыми к ВИЧ. Впрочем, это тема для целой лекции, так что пока хватит.
                                                                                        Природу вообще не волнуют наши оценочные суждения о «вредности» и «полезности» тех или иных изменений. Есть лишь среда и организмы, задача которых к этой среде приспособиться. Но за приспособление надо платить (чтобы построить новое — надо поломать старое). Палеоэнтомолог Расницын назвал это адаптивным компромиссом.
                                                                                        • +1
                                                                                          >2/102 ≈ 0,02% против 0,1% нормальной частоты.
                                                                                          2 от 102 это чуть меньше двух процентов. Целых процентов, не сотых долей. рано вам еще креационистов гонять, засмеют они Вас.
                                                                                          • 0
                                                                                            Благодарю за указание. Надо прекращать вести дискуссии на сонную голову.
                                                                                  • –9
                                                                                    И некоторые программисты на Хабре до сих пор верят что всё это произошло само из ничего.
                                                                                    То есть мир такой волшебный что вещи которые сложнее Си и Линукс в тыщу раз теоретически могут возникнуть сами. Это мракобесие и слабоумие.

                                                                                    Кто выглядит смешнее — те кто верят в чудесное самовозникновение всего из ничего, или те кто верят в чудесных внеземных программистов?

                                                                                    • +7
                                                                                      В чём практическая ценность того, чтобы верить в Чудесного Программиста, который якобы создал всё живое? Какой толк от этого конкретно Вам?

                                                                                      А вообще от любой веры больше вреда чем пользы. Будь то вера в высшие силы творения или в случайное самосоздание. Вера переводит мозг из открытого состояния поиска в закрытое состояние «всё понятно». В итоге мы получаем массу людей, понимание, которых основано ни на чём.
                                                                                      • –3
                                                                                        Я не Верю, я уВерен что жизнь спроектирована некими высшими инженерами.

                                                                                        Когда адекватный человек видит программу или механизм — он уверен что его создал разум. А слабоумные и психически больные люди живут в параллельной реальности, в сказке, в бреду.
                                                                                        Вопрос о том кто именно создал и зачем и какова его природа — вторичен, и это не важно.

                                                                                        Любой адекватный программист и инженер знает что код сам не пишется, и программы себя сами не улучшают, и кто не понимает этого тот слабоумный дебил, но это норма в нашей культуре. Везде, и на Хабре и в правительстве побеждает слабоумие и мракобесие. И только у силовиков порядок и они умеют работать и развивать настоящую подлинную науку.
                                                                                        • 0
                                                                                          Любой адекватный программист и инженер знает что код сам не пишется, и программы себя сами не улучшают
                                                                                          Я просто оставлю это здесь:
                                                                                          ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BC
                                                                                          • –3
                                                                                            Да, там написано:

                                                                                            Имеется много скептиков относительно целесообразности применения генетических алгоритмов. Например, Стивен С. Скиена, профессор кафедры вычислительной техники университета Стоуни—Брук, известный исследователь алгоритмов, лауреат премии института IEEE, пишет:

                                                                                            « Я лично никогда не сталкивался ни с одной задачей, для решения которой генетические алгоритмы оказались бы самым подходящим средством. Более того, я никогда не встречал никаких результатов вычислений, полученных посредством генетических алгоритмов, которые производили бы на меня положительное впечатление.


                                                                                            Ты тоже неадекватный программист, догматик-фанатик, тоже веришь в сказки, в бред псевдонаучный. Увы, на Хабре и в России полно таких и они у руля и определяют правила жизни сообщества — это результат десятилетий дебилизации населения. Но разум когда-нибудь победит!
                                                                                            • +3
                                                                                              Кто бы ты ни был, разлогинься!
                                                                                        • 0
                                                                                          А ну с такими «железными» детсадовскими аргументами конечно спорить невозможно. Вам прямая дорога в правительство ;) Там тоже всегда уверенны во всём и считают всех остальных идиотами, которые не понимают очевидного.
                                                                                          • 0
                                                                                            жизнь спроектирована некими высшими инженерами

                                                                                            Ну допустим. А кто спроектировал высших инженеров?
                                                                                            • –3
                                                                                              Ты тоже слабоумный?
                                                                                              Зачем их проектировать?

                                                                                              Они не роботы и не программы как мы.
                                                                                              Нет ни каких оснований думать что они такие же как мы.
                                                                                              Мы это видимая материя — они это может быть темная энергия… гепотезы можно любые напридумывать, это не важно. Важно не быть дебилом.

                                                                                              Главное что должен понимать настоящий программст™ — программы и механизмы никогда сами не создаются из ничего, и кто этого не понимает тот недоразвитый дебил, вредный и даже опасный для общества. Но в нашем обществе давно глупость победила.
                                                                                              • 0
                                                                                                Полагаю, что исключительно на основании теории вероятности можно считать ненулевой вероятность возникновения работоспособной программы (способной себя реплицировать) из бинарного шума, если он будет генерироваться в гигантских объёмах (сравните масштабы Земли и Вселенной) и на протяжении 12-13 миллиардов лет. Смотрите теорему о бесконечных обезьянах, только в данном случае не требуется написание Гамлета, а «всего лишь» первоначального одноклеточного (которое, вполне вероятно, работало не с ДНК, а РНК), способного делиться и эволюционировать.
                                                                                                • –3
                                                                                                  — это псевдонаучная квазирелигиозная вера и мракобесие.

                                                                                                  Я не религиозный фанатик и не псевдонаучный догматик, я вне этих двух противоборствующих сторон. Я занимаюсь реальной наукой и если читаю св.писания то делаю это читая оригинал со словариком, а не слушаю толкования попов-мракобесов.

                                                                                                  Программист который верит что код может случайно появится сам — это реально безумный слабоумный человек, такие люди в идеале должны быть изолированы от нормальных людей, чтобы жизнь людей не стала тем чем она стала в западной христианской цивилизации.

                                                                                                  В нашей культуре наоборот — психбольница в руках пациентов.

                                                                                                  Аналогично в темные средние века религиозные фанатики сжигали людей занимающихся реальной наукой — сегодня те же фанатики минусуют на Хабре.
                                                                                                  Причем так же эти люди склонны кучковаться и действовать синхронно, потому что они пассионарии, бешенные мракобесы борющиеся за чистоту веры и чистоту кода, а нормальным людям пофик, что у руля веками мракобесы…

                                                                                                  На Хабре как бы есть священный догамат о самовозникновении жизни — всех кто против этого минусуют и изгоняют. Хабр это секта тоталитарная )) аналогичная например РПЦ

                                                                                                  Короче, разумным людям надо активно бороться с идиотизмом и маразмом, и не быть пофигистами. Разум когда-нибудь победит, и на Хабре и в России ))
                                                                                                  Я верю и надеюсь!
                                                                                                  • 0
                                                                                                    и если читаю св.писания то делаю это читая оригинал со словариком

                                                                                                    Что, вот так запросто вы читаете на древнееврейском или койне, просто со словариком? Сильно!
                                                                                                    • +2
                                                                                                      такие люди в идеале должны быть изолированы от нормальных людей

                                                                                                      Думаю это сейчас произойдёт с вами. Прощайте.

                                                                                                      • 0
                                                                                                        Так, вот не надо. В кои то веки можно похоливарить. А то все такие противно вежливые тут, что не подкопаешься.
                                                                                                        • 0

                                                                                                          Согласен, холиварить полезно. Вообще нет смысла писать комментарий, если ты согласен, комментарии пишутся, если ты хотя бы чуть чуть не согласен.


                                                                                                          Можно аргументированно спорить, описывать свою точку зрения, а можно обзывать всех дебилами и говорить об изоляции инакомыслящих. Думаю такие тут не выживут и будут отсеяны быстро, но не как отличающиеся(ведущие к разнообразию), а как нежизнеспособные особи, не приносящие потомства.

                                                                                                      • 0
                                                                                                        Знаете что самое интересное?
                                                                                                        Что Вы — типичный креационист, просто основой ваших воззрений является не вера в божество, а вера во «вторичность кода».
                                                                                                        При этом Вы совершенно типично ругаетесь и отрицаете любые аргументы потому что они противоречат Вашей вере.
                                                                                                        • –2
                                                                                                          Внимательно перечитайте мои слова.
                                                                                                          Повторяю еще раз для невнимательных и слабоумных:

                                                                                                          Я не Верю, я уВерен — почувствуй разницу, если есть мозги.
                                                                                                          аналогично ученные уверены что есть темная материя и темная энергия, но они не могут их понять и обьяснить.

                                                                                                          Наоборот, я о вас слепых фанатиках говорю что вы Верите в то что не видели, верите в чудеса самозарождения и самонаписания кода.

                                                                                                          Секта свидетелей самонаписания кода ))
                                                                                                          это действительно ржака.

                                                                                                          Люди осознали что есть темная материя и темная энергия которые составляют 96% вселенной, это невидимая часть, образно говоря Небо. Люди осознали что есть бесконечное количество галактик и планет вроде нашей. Люди осознали что они есть программы+механизмы.

                                                                                                          И нормальные адекватные программисты знают что программы+механизмы сами не возникают. А тот кто верит в бред самовозникновения тот слабоумный дебил. Это факт. Стыдно должно быть таким слабоумным.

                                                                                                          Нет смысла спорить с дебилами — но дебилы благодаря охлократии везде и у руля и определяют правила жизни сообщества. Увы.
                                                                                                          На Хабре дебилы насаждают веру в самонаписание кода, в правительстве дебилы насаждают веру в невидимую руку рынка.

                                                                                                          Создание и самозарождение — это не две конкурирующие гипотезы.
                                                                                                          Первая из них очень похожа на правду, потому что мы видим следы деятельности высших инженеров, а вторая это высшая степень безумия, потому что никогда так не бывает чтобы что-то сложное типа механизмов и программ появлялось само собой чудесным образом.
                                                                                                          • +1

                                                                                                            Да посмотрите же вокруг! Все живое самозародилось, а вы говорите "не бывает" :-)

                                                                                                            • 0
                                                                                                              Ваши слова это это что-то типа молитвы «Отче наш» или наука уже доказала абиогенез?

                                                                                                              P.S. Является ли Джеймс Тур ученым?
                                                                                                              • +2

                                                                                                                Доказательст вагон и маленькая тележка. Проблема в том, что вы не хотите признавать это доказательствами. А вот есть ли хоть одно доказательство существования творца? Вся критика ТЭ сводится к опровержению аргументов эволюционистов. Ну предъявите хотя бы уже волос из бороды бога, что ли. Ну хотя бы для разнообразия. Ну или текст LGPL в генетическом коде.

                                                                                                                • 0
                                                                                                                  Тут вся проблема в том, что считать «ненужной» организованной структурой в ДНК. Это как с пульсарами было в своё время. Учёные не могли объяснить структуру их «сигналов» и пошли гипотезы о разумном происхождении. Так и тут: достаточно найти какую-то непонятную (с точки зрения теории эволюции в понимания автора «открытия») структуру в ДНК и можно выдвигать гипотезы о креационизме.
                                                                                                                  • 0
                                                                                                                    непонятную (с точки зрения теории эволюции в понимания автора «открытия») структуру в ДНК

                                                                                                                    Я вот как раз этого аргумента не понимаю. Эволюционизм базируется на выборе из случайно возникающих комбинаций. Случайно может возникнуть все, что угодно. Маловероятно != невозможно. Более того, в случае с эволюцией живых организмов мы имеем дело с таким количеством экспериментов (количество живых существ количество поколений), что говорить о малой* вероятности становится как-то неудобно.


                                                                                                                    Более того, эволюция не запрещает закрепляться признакам, которые нейтральны по отношению к фактору отбора. В том числе тем, которые стали нейтральными при изменении этих фактором.

                                                                                                                    • 0
                                                                                                                      Маловероятно != невозможно
                                                                                                                      Ну есть статистический анализ, p-value и прочие оценки вероятностей. Проблема с ними в том, что их очень часто неверно рассчитывают (сложно это) и неверно интерпретируют.
                                                                                                                      Более того, эволюция не запрещает закрепляться признакам, которые нейтральны по отношению к фактору отбора
                                                                                                                      Совершенно верно. Но креационист скажет Вам, что Вы притягиваете аргумент за уши. И оценить p-value тут, что бы определить кто прав — задача невыполнимая, видимо.
                                                                                                                  • 0
                                                                                                                    Доказательст вагон и маленькая тележка. Проблема в том, что вы не хотите признавать это доказательствами.
                                                                                                                    Ваши слова это это что-то типа молитвы «Отче наш» или будут примеры? Про прием доказательств смешно. Это эволюционисты жалуются и прячутся от доказательств. geektimes.ru/post/298091/#comment_10623363
                                                                                                                    А вот есть ли хоть одно доказательство существования творца?
                                                                                                                    Не переводите стрелки. Я не думаю, что вы читали ДАЖЕ педивикию по этому поводу. Не говоря об чем-то наподобие www.reasonablefaith.org/writings/popular-writings/existence-nature-of-god/the-new-atheism-and-five-arguments-for-god
                                                                                                                    Вся критика ТЭ сводится к опровержению аргументов эволюционистов
                                                                                                                    Т.е. нельзя критиковать ТЭ? Это ваша догма?
                                                                                                                    Вы явно хотели тут дописать про «критикуеш — предлагай» и «научный креационизм сводится к опровержению аргументов эволюционистов».
                                                                                                                    Что пошло не так?
                                                                                                                    Ну предъявите хотя бы уже волос из бороды бога, что ли.

                                                                                                                    Как называется та религия против которой вы выступаете?
                                                                                                                    Ну или текст LGPL в генетическом коде.

                                                                                                                    Было уже geektimes.ru/post/298091/#comment_10617097
                                                                                                                    • 0
                                                                                                                      Не говоря об чем-то наподобие

                                                                                                                      это не попытка доказательства, а банальная схоластика на уровне "сколько ангелов поместится на кончике иглы". Эксперимент предложите. Не надо даже проводить, для начала. Просто предложите эксперимент, который мог бы доказать.


                                                                                                                      Т.е. нельзя критиковать ТЭ? Это ваша догма?

                                                                                                                      Можно. И даже полезно. Чем больше критики, тем лучше. Проблема креационистов в том, что у них нет никакой позитивной программы. Теория эволюции дает практические инструменты, которые работают.
                                                                                                                      Ну хорошо, предположим, что найдены неопровержимые доказательства, что Вселенная — продукт творения. Что конструктивного могут предложить креационисты? Я вообще не понимаю, к чему тратить такие огромные усилия на то, чтобы опровергнуть "глупые сказки о самозарождении кода"? Не лучше ли господам креационистам используя свою теорию взять да сделать что-нибудь полезное. Найти, например, способ связи с Творцом. Предложить варианты построения коммуникаций, изучить его метод, разработать принципы творения, сотворить что-нибудь простенькое. Работы — море! Энтузиастов — не счесть. Нет, тратят жизнь на то, чтобы спорить с тем, что считают глупой выдумкой.


                                                                                                                      Как называется та религия против которой вы выступаете?

                                                                                                                      "Научный креационизм". Хотя это оксюморон. Вроде "божественной теории эволюции".


                                                                                                                      Было уже

                                                                                                                      Там дан список ссылок на резюме статей опубликованных в платных журналах. Давайте вы мне будете платить по 30 евро за аргумент? Можете даже не мне, а какому-нибыдь детскому дому перечислить, меня устроит :-)

                                                                                                                      • 0
                                                                                                                        — это вранье и подмена понятий, и слабоумие.

                                                                                                                        В этом-то и проблема, что гипотеза самозарождения вредна.
                                                                                                                        Нет никакой пользы. Это в медицине называется «наведенный бред», это например когда детей учат псевдонаучному мракобесию. Потом эти люди верят в неивидимую руку… Это идиотизация населения.

                                                                                                                        Я не «крецианист» — я не «думаю о связи с творцом...» чо за бред.

                                                                                                                        Просто когда я вижу программу и ОС и нано-робота — я ЗНАЮ что его создал создатель — вот и вся логика железобетонная. Можно любые безумные теории напридумывать в этом направлении, это неважно, нет смысла думать о том чего не видишь и не можешь увидеть, но очевидны следы их разумной деятельности.

                                                                                                                        А те кто верят что такие чудеса техники появляются сами — это дебылы недоразвитые, секта свидетелей самонаписания кода.

                                                                                                                        Нет никаких причин думать что написание кода и одновременно создание биомеханизма могут произойти сами — так не бывает в жизни, это сказки для дебилов уровня детсада. Ничто в мире не намекает на то что так бывает. Глупо веровать что такие чудеса возможны. Это как верить в деда мороза.
                                                                                                                        • +1
                                                                                                                          «Этого не может быть, потому, что этого не может быть никогда». А.П. Чехов, «Письмо к ученому соседу».