Так в том и проблема, что туда при обычной сборке всё складывается. Ах да, я же не написал про это. Ну щас дополню: поскольку архив не war, то ресурсы таким war-способом не грузятся. Если бы амазон не накосячил, то без проблем бы из корня читалось.
Выясняется — ресурсы BootJar запакованные не из библиотек (webjars), а из проекта, не включаются в перечисление, и это, оказывается, по дизайну! Подробности здесь.
Если у вас не работает Spring BootJar