Для этих целей вроде Espresso есть, причем со стороны приложения его команды обрабатывать не надо никак. А ваши получается надо обрабатывать в приложении, например для того что бы добавить товар в корзину, нужно обработать аргумент deeplink или я ошибаюсь?
В случае с UI тестами нет возможности запустить тест в произвольный момент работы с приложением и по его завершении продолжить работу с места завершения. Да, нужно обработать deeplink
Делюсь небольшим, но полезным плагином: Deeplink Helper для Android Studio