JUnit: тестирование методов, вызывающих System.exit()

[Neikist]

А не гораздо ли проще вынести завершение работы в отдельную абстракцию?

[aleksandy]

Не просто проще, но именно так и нужно сделать. А ещё код возврата приложения нужно проверять именно у приложения. Т.е. в тесте запустить процесс jvm и проверить, что он возвращает.