Как стать автором
Обновить

Комментарии 16

Супер. Классная работа.

Спасибо!

Формат файла pdb хранит информацию о каждом атоме.

А как получен этот pdb? Это реальный результат сканирования атомно-силовым микроскопом вируса SARS-CoV-2? Или это тоже результат чего-то моделирования?

Для каждого белка в формате pdb указан метод, которым он был получен. Например, для E-протеина это - Method: SOLUTION NMR. Дальше можно загуглить про сам метод. Если я не ошибаюсь, то в pdb представлены белки только "из пробирки". Ещё есть ресурсы, где можно получить белок полученный предсказанием (например, через AlphaFold) или скожий по свойствам (гомологичный).

Возможно для специалиста звучит наивно, но почему нельзя сканировать сам вирус SARS-CoV-2, на самом современном оборудовании, в оригинале так сказать ) и выложить скан для изучения? Заморозить его, и быстро под микроскоп, или как это делают с другими вирусами? А то, для не специалиста выглядит как "моделирование на основе предсказания". Возможно отсюда и всякие теории заговора, вроде "этот ваш вирус -- пока только модель, вот когда его выделят, тогда и поговорим" )

Я переадресовал ваш вопрос Валерии Архиповой (молекулярный биолог). А пока вот статья про использование cryo-EM в исследовании SARS-CoV-2.

https://www.nature.com/articles/s41467-020-19619-7

Моё предположение (не компетентное), что отсканировать и изучить не получится т.к. не хватает разрешающей способности самого метода.

но почему нельзя сканировать сам вирус SARS-CoV-2

Я не специалист, но судя по тому, что пишет выше автор
Для каждого белка в формате pdb указан метод, которым он был получен. Например, для E-протеина это — Method: SOLUTION NMR.
То тут речь про отдельные белки, что очень круто, а не просто сканирование всего вируса (что тоже делают). А ЯМР метод использовался возможно потому что ЯМР дает больше информации о структуре белка в растворе, что скорее более релевантно. Повторюсь, что я не специалист и буду ждать ответа Валерии Архиповой.

Возможно отсюда и всякие теории заговора
Вряд-ли теории заговора так легко обьясняются, часто люди пишут, что любые цветные картинки — это компьютерная симуляция.

Вот ответ от нашего молекулярного биолога.

Мы предполагаем, что такое исследование еще не опубликовано по ряду причин:

1 криоЭМ это очень перспективный, самый лучший сейчас для расшифровки структур в «нативном» окружении. Однако, это достаточно свежий метод, и людей, умеющих работать с этим методом, тоже совсем немного.

2 По миру эта технология активно развивается и используется для расшифровки структур белков, однако есть препятствие в виде пробоподготовки. Получить адекватный препарат для микроскопии можно не для каждого образца и ученые мира активно работают в этом направлении.

Из открытых и опубликованных данных мы достали все, что могли.

теории заговора, вроде "этот ваш вирус -- пока только модель, вот когда его выделят, тогда и поговорим" )

может такие теории существуют потому, что

сложности с выделением испытывают не только вирусология, но и микробиология(

"множество выводов насчет обьектов нанометрового масштаба "сделаны исключительно по метагеномным сборкам, то есть по реконструкциям геномов, собранным из нуклеотидных текстов множества найденных в среде — например, в донном грунте — обрывков ДНК. Для того, чтобы такие сборки были достоверными, применяются сложные программные методы (см. Новооткрытый микроб заполняет брешь между прокариотами и эукариотами, «Элементы», 12.05.2015). Однако воочию, под микроскопом, никаких асгардархей на момент этих выводов еще никто не видел. Это, увы, рядовая ситуация: многие археи (как и бактерии) не культивируются в стандартных лабораторных условиях, а потому труднодоступны «нормальной» микробиологии и известны пока только по метагеномным данным. Предполагается даже, что таких некультивируемых микробов намного больше, чем культивируемых (U. Hofer, 2018. The majority is uncultured)".

elementy.ru/novosti_nauki/433521/Obnaruzhen_zhivoy_predstavitel_asgardarkhey

Но в начале августа 2019 года японским исследователям из лаборатории Йокосуке удалось подытожить результаты 12- летнего эксперимента с изолированием прометеоархеума, чей диаметр в среднем 550 нм.

biorxiv.org/content/10.1101/726976v2

с вирусологией схожая ситуация, например, экзосомы, которые неотличимы от вирусов и имеют тот же размер и структуру, что и предполагаемые вирусы, всегда правильно выделены

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28255367/

поэтому несложно предположить, что может быть культивируемость и некультивируемость микрообъектов также присущи вирусологии, ибо если это не так, то "придется признать, что попытка выделить потенциально супертоксичные вирусы на самом деле приведет к выделению безвредных экзосом? Таким образом дальнейшие тесты на патогенность показали бы, что токсичность и патогенный эффект полностью отсутствует, и это поставило бы самые основы вирусологии в фатальный кризис".

web.archive.org/web/20210805142446/https://vaccine.wiki/virus-isolation-is-a-farce/

альтернативные мнения:

linux.org.ru/forum/talks/15836410

может такие теории существуют потому
Такие теории существуют скорее потому, что их приверженцы не понимают базовых основ простых вещей.

множество выводов насчет обьектов нанометрового масштаба
Ага, обьекты нанометрового масштаба, видимо вы про нанотрубки и все остальное вместе взятое. А потом вдруг речь про метагеномные сборки со ссылкой на курсеру. Пишете не знаете о чем.
Дальше пишете зачем-то про метагеномы и ссылаетесь на статью про открытие на глубине 3283 м донных локиархей. Смешались в кучу, вирусы бактерии, археи. Пишем как бы про выделение вирусов (в контексте коронавируса, у которого, как минимум, полно изображений с электронного микроскопа), а ссылаемся на метагеномику локиархей. Рука-лицо.

некультивируемых микробов намного больше, чем культивируемых
Очень к теме разговора. Да, я понял, что вам понравился курс на курсере. Там еще много интересных курсов.

экзосомы, которые неотличимы от вирусов и имеют тот же размер и структуру, что и предполагаемые вирусы, всегда правильно выделены pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28255367/
И где в вашей ссылке то что вы утверждаете? Рандомная ссылка про экзосомы, и???

стью отсутствует, и это поставило бы самые основы вирусологии в фатальный кризис".web.archive.org/web/20210805142446/https://vaccine.wiki/virus-isolation-is-a-farce/
Рандомная ссылка на липовый авторитет? Номинант на Нобелевскую премию? Да ладно. В мире тысячи таких же провалившихся номинантов на Нобелевскую премию, к чему очередной дутый авторитет?
Upd. Я нигде не нашел, что его номинировали на Нобелевскую премию. Более того, у него статей толком нет, это полный фарс и абсурд www.researchgate.net/profile/Stefano-Scoglio
scholar.google.it/citations?hl=it&user=hrkV-WYAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
Да и по этим немногочисленным статьям видно, что он скорее занимается бизнесом на пищевых добавках, но никак не вирусологией.
Upd2. Очень важно перепроверять информацию. Если вы ссылаетесь на статью с липового ресурса, то будьте добры проверить все источники на правдивость. Иначе это ссылка ради ссылки и не проверяя источник вы даете потенциально лживую информацию. Нужно очень скептично относиться к источникам.

альтернативные мнения:
Ссылка на лор? Повышаете уровень доверия к источникам методом хаотического добавления разнородных ссылок?

И так далее… Эх… Знаете, недостаточно писать слова в предложениях и расставлять случайные ссылки, нужно четко показать, что вы хотите сказать, иначе получится научная белиберда, как в случае вашего комментария.

Такие теории существуют скорее потому, что их приверженцы не понимают базовых основ простых вещей.

Пишете не знаете о чем.

наверное поэтому решил акцентировать на тех моментах, которые особо непонятны в контесте столь щепетильной темы( ибо в многих версиях/тезисах здесь и на других ресурсах тоже не нашел ответов на схожие вопросы* даже на профильном форуме, впрочем может плохо искал( molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=603950

Смешались в кучу, вирусы бактерии, археи

ссылка на микробиологические исследования архей нашлась случайно, поэтому скинул ее скорее для осознания масштаба сложностей, с которымы сталкиваются профильные трудящиеся

а они действительно сложнейшие исследования ведут, например, для выделение археи размером 500 нм пришлось ждать 12 лет

экзосомы, отрытые в 1993, размером сильно поменьше, тоже изолировали в том понимании, о котором спрашивалось, не сразу, тоже пришлось ждать десяток лет

если же отвечать по сути на противоречие "почему нельзя сканировать сам вирус SARS-CoV-2"... ну, почему ж нельзя) летом на этом ресурсе был цикл топиков,где обобщались сведения о спайке вируса, то есть если этот спайк почти в каждой вакцине наличествует, утверждать "вирус -- пока только модель" некорректно.

когда-нибудь и к вирусу дойдет очередь)

Рандомная ссылка про экзосомы

ну, лучше ссылки не нашел( в последний момент нашлись другие мнения о парадоксе экзосом на айтишном форуме, поэтому получилось как-то так

ссылаетесь на статью с липового ресурса

ссылку на столь неоднозначный ресурс посчитал необходимой для того, чтобы возникло минимальное понимания, откуда собственно возникают эти самые теории заговора)

ведь в чем фишка со ссылками на авторы с липовых ресурсов, в главном постулате восточных единоборств, т.е. избегание конфликта любой ценой.

на востоке главное -- борьба с самим собой, не с соперником((

авторы гипотезы вирусы=экзосомы (и других подобных гипотез) наверное следует этим принципам

недостаточно писать слова в предложениях и расставлять случайные ссылки

судя из оценок попытки ответа на парадокс теорий заговора в контексте коровируса, вижу, что что-то сделал неправильно, попытался еще раз уточнить собственную версию варианта возможного объяснения, спасибо за критику*

Пардон, возможно я слишком резко высказался. Наверное я не совсем понял хода рассуждения, но я просмотрел все ссылки и сочетание было необычным. В частности, похожими ссылками совсем недавно аппелировали апологеты постулатов Коха.
для выделение археи размером 500 нм пришлось ждать 12 лет
Так сравнивать проблематику, имхо, не совсем коректно. Тот же коронавирус сейчас массово культивируют, как минимум, например для получения инактивированных цельновирионных вакцин (три китайские, одна индийская и одна росийская). Коронавирусы давно известны и довольно большой опыт уже был, а локиархеи с глубины 3283 м еще нужно найти, не говоря, что они по факту никому, кроме очень малого числа узкопрофессиональных ученых, не нужны. На культивацию, выделение, разработку уходит время и средства. На ковид все это есть. У коронавируса вообще на ближайшие десятилетия, вероятно будет статус «самого изученного вируса на планете», он надолго потеснил прошлых чемпионов.

экзосомы, отрытые в 1993, размером сильно поменьше, тоже изолировали

Вы цифру потеряли, их открыли в 1983, что уже порядочно давно. Про эксозомы и не только, наверное вы знаете, есть курс на той же самой курсере www.coursera.org/learn/extracellular-vesicles
В целом, вопрос сравнения вируса и экзосом условно понятен, но имхо любому должно быть понятно, что необходимо что-то гораздо более весомое, чем сравнивание найденных в интернет фотографий с электронного микроскопа, совершенно неизвестным человеком у которого, как оказалось (судя по профилю в линкедине www.linkedin.com/in/stefano-scoglio-a8a84038), даже нет формального биологического (да и вообще какого-то научного) образования.

ссылку на столь неоднозначный ресурс посчитал необходимой для того, чтобы возникло минимальное понимания, откуда собственно возникают эти самые теории заговора)
Вы хоть теги сарказма проставьте, я пардон ни на йоту не распарсил. С вашим выводом я согласен — иногда люди ищут простых решений и уходят от сложностей к любому Петрику, который их обнадежит.

лучше ссылки не нашел
Ссылка сама по себе нормальная, но в тексте комментария идет утверждение (экзосомы, которые неотличимы от вирусов и имеют тот же размер и структуру) и дается ссылка, но по ссылке ничего такого не доказывается.

авторы гипотезы вирусы=экзосомы (и других подобных гипотез) наверное следует этим принципам
Я не уверен, что они хоть сколько нибудь следуют этим принципам. Вчера я немного поискал про Сколье и исходного первоначального автора идеи «вирус=экзосомы» (необычно, что он оказался психиатром по образованию). И оказывается, что у большинства активных авторов альтернативных гипотез под рукой готовая фабрика с натуропатическими лекарствами и продаваемыми протоколами от всех болезней (разумеется лекарство от того, чем они обьясняют нынешнюю пандемию). Рассматривайте это занятное совпадение, как зачаток теории заговора с моей стороны.

Проделана большая работа, выгляди замечательно

Спасибо!

Elon Musk still didn't participate?

Yes!

Кстати, я совсем забыл. Мы будем на крупнейшей российской выставке CG. И надеемся поговорить про пасхалки и юмор тоже.

https://cgevent.ru/

https://cgevent.ru/archives/35115

Спасибо, что напомнили, сейчас добавлю в статью текст.

Зарегистрируйтесь на Хабре , чтобы оставить комментарий