Комментарии 19
Немного не понимаю, как при этом может что-то регулироваться. Основанный на бульоне из более-менее комплементарных нуклеотидов процесс не может быть таргетным, а с учетом количества клеток в организме - он априори стохастический и направленной регуляции на его основе быть не может. Я понимаю, как автор предлагает это использовать, но не представляю, как на основе этого может работать какая-то регуляция экспрессии генов на уровне хотя бы конкретной ткани.
Новости, начинающиеся "российские учёные".... ну вы поняли.
Сложно что-то понять, надо читать оригинал исследования.
Насколько я понял из этого текста (но могу ошибаться, т.к. я не биолог, а прикладной математик), раньше считалось, что взаимодействие цепочек бинарное — они либо взаимодействуют (если комплиментарны), либо нет, а «небинарностью» такого взаимодействия (не совсем комплиментарны) можно пренебречь — это не имеет существенного влияния на организм.
А теперь доказано, что небинарное (вероятностное?) взаимодействие одноцепочечных ДНК и других подобных структур (белков?) существенно, и может что-то регулировать в организме.
Всё верно! За счет слабоаффинных взаимодействий, реализующихся в том случае, когда молекулы имеют низкое «сродство» друг к другу. Я бы сказал это фундаментально меняет понимание о процессе переноса информации в геноме. И тот мусор, многомиллионный который у нас хранится в геноме от наших предков, он ещё и работаёт, а его не учитывали.
Здравствуйте. В оригинале статьи довольно хорошо описаны системы булевой логики, основанные на молекулярной коммутации. Например, простейший элемент YES будет выглядеть следующим образом: имеются олигонуклеотиды I (от англ. input – ввод), Q ( от англ. quencher – гаситель) и S (signal), такие, что 1) S имеет в своем составе флуоресцентную метку, а Q — ее гаситель; 2) Q предпочтительнее связывается с I, чем с S (константы диссоциации Kd[IQ] < Kd[QS] и/или концентрации [I] > [Q] > [S]). При добавлении в раствор с несветящимся комплексом QS олигонуклеотида I происходит высвобождение светящегося S и образование комплекса IQ. Регистрируемое свечение расценивается как сигнал "Yes".
Играясь с последовательностями и их взаимными предпочтениями, можно создавать и более сложные системы.
Однако мне лично не понятно, почему статью хвалят не за создание нового типа ДНК-компьютера, а за то, что, по сути, как мне кажется, и так всем известно: что недокомплементарные олигонуклеотиды, хоть и взаимодействуют хуже, все равно могут взаимодействовать. Например, при ПЦРто всегда учитывалось: если у вас кривой праймер, то он может неспецифически присоединяться к нецелевому участку и давать мусорный продукт реакции. Для этого же и придумали метод тачдаун ПЦР, когда специфичность связывания праймеров повышается за счёт температуры. Кроме того, все расчеты аффинности, сродства между олигонуклеотидами, были выполнены не с нуля, а с помощью уже существующей программы, что тоже подтверждает мои слова об известности такого феномена. Просто теперь у него есть название — молекулярная коммутация.
Разумеется, Никитин большой молодец. Его идея создания такой логической системы просто замечательна, хитроумна и изобретательна. Тем не менее, я буду благодарен, если кто-нибудь объяснит мне, каким образом эта статья совершила разрыв шаблона центральной догмы.
Спасибо за разъяснение.
очему статью хвалят не за создание нового типа ДНК-компьютера, а за то, что, по сути, как мне кажется, и так всем известно: что недокомплементарные олигонуклеотиды, хоть и взаимодействуют хуже, все равно могут взаимодействовать. Например, при ПЦРто всегда учитывалось: если у вас кривой праймер, то он может неспецифически присоединяться к нецелевому участку и давать мусорный продукт реакции
Совершенно верно, причем даже с коммерческими продуктами варящиеся в теме люди еще дополнительно играют, подбирая собственные последовательности, температуры отжига и т.д. Ну наверное, новость в СМИ писал тот, кто мало в этом разбирается, а сюда просто переписали.
каким образом эта статья совершила разрыв шаблона центральной догмы
Я вот это же спрашивал, и пришел к выводу, что никак.
Вероятность реализации p состояния определяется формулой введенной Гиббсом p=exp(-E/kT). Если учесть, что молекул ~10^23, характерный временной масштаб взаимодействия ~10^-12S, то страшно подумать сколько комбинаций может "проверяться" на степень похожести. Однако, я пока тоже не понимаю как работает этот фактор отбора.
Если я правильно понял, мужик накидал по пробиркам некомплиментарные куски ДНК, перемешал, но не взбалтывал. И с помощью них каким-то образом симулировал логический вентиль AND. Поскольку молекулы некомплиментарны, согласно традиционным представлениям, в пробирке ничего не должно было измениться, и на выходе мы должны были получать один и тот же сигнал. А тут на выходе он иногда получал разные сигналы. Далее нашел этому объяснение в виде слабого молекулярного взаимодействия. В конце статьи традиционно добавил что-то вроде "результаты данного исследования могут способствовать лучшему пониманию ..., развитию генетических исследований и пр.". Далее журналисты принимаются за уже привычный им акт насилия над ученым, раздувая исследование до вселенских масштабов, меняющих всёёёёё наше представление о мире, эволюции и всего такого.
Саму статью не видел, она за денюшку.
Статья, судя по реферату, интересная. Опубликована 5 января, а в публикации от 6 января её уже цитируют (https://www.nature.com/articles/s41557-022-01115-8). Правда, к биологическим процессам имеет только косвенное отношение, поскольку почти вся ДНК в клетке двухцепочечная. Немного одноцепочечной в цитоплазме находят, но пока её назначение непонятно ("побочка" внеядерного синтеза РНК?). Если описанные в статье взаимодействия участвуют в биопроцессах, то в основном на основе РНК, у которой основания взаимодействуют сильнее, чем у ДНК.
Хорошо то, что статья обратила внимание на подобные взаимодействия. И может привлечь внимание к статье "Ядерное мышление эукариот": https://habr.com/ru/post/371019/https://habr.com/ru/post/371019/
Сходил по второй ссылке, в конце статьи в источниках
Гаряев "Волновой геном".
Свят-свят-свят.
Судя по названию (научная фантазия) — автор пытается отбрехаться от ярлыка псевдонаучного фрика, который он заслужил за публикацию лютой хероты на тему альтернативной физики про «строение электронов от долбанутого художника». Там просто феерия
Электроны в атомной модели Снельсона имеют кольцевую форму и формируют сферические электронные оболочки, состоящие из соприкасающихся электронных колец
Отличная иллюстрация на тему «почему нельзя обьяснить квартовую физику за 5 минут»
Врача-биолога есть в чем обвинить, его силиконовые груди травят детей и на этом многие мутятся.
Открыт новый фундаментальный механизм хранения информации в ДНК