Phylo: онлайновая игра помогает генетическим исследованиям

    Несколько дней назад состоялся официальный запуск новой интернет-игры Phylo. Это проект, в котором учёные пытаются использовать естественные способности мозга игроков к распознаванию образов и решению головоломок (компьютеры справляются с этим пока очень плохо). Головоломки в виде игры помогут определить происхождение генетических болезней.



    Phylo — не первая игра такого рода. Она стоит на плечах таких краудсорсинговых игр как Foldit (свёртывание белков) и Galaxy Zoo (сортировка галактик).

    Игроки в Phylo двигают цветные квадратики, которые представляют собой четыре вида нуклеотидов в ДНК, чтобы найти самый лучший порядок их расположения с точки зрения сходства ДНК разных животных. Эти похожие участки ДНК называются промоторами и являются стартовой площадкой для некоей важной транскрипции. Поиск одинаковых промоторов у человека и других животных помогает найти корни различных генетических заболеваний.

    В отличие от Foldit или Galaxy Zoo, наука в игре Phylo очень хорошо запрятана и игра выглядит в точности как обычный паззл, с яркими квадратиками и приятной музыкой. Это совсем не минус, а безусловное преимущество игры. Именно так и нужно делать научные проекты, чтобы принять участие в них могли как можно большее количество далёких от науки игроков. Игра рассчитана на тех, кто в противном случае играл бы в Farmville, говорит ведущий разработчик Phylo Джером Валдиспул (Jerome Waldispuhl) из Университета Макгилла в Монреале.

    Команда разработчиков надеется выпустить версии игры для смартфонов и планшетов, и когда-нибудь встроить её в социальные сети вроде Facebook. У игры уже есть своя страничка там.
    Поддержать автора
    Поделиться публикацией

    Комментарии 31

      +2
      > Игра рассчитана на тех, кто в противном случае играл бы в Farmville
      Звучит как-то своеобразно xD Похоже на фолдинг@хом с нодами в виде людишек.
        +3
        А представляете, если в farmville и счастливый фермер каким-нибудь хитрым способом закодировать такой научный перебор! Какой бы был эффект!
          –1
          Вы только что бесплатно раскрыли бизнес-модель потенциальной стоимостью в $10B. Поздравляю. К. О.
            0
            А для хороших хабралюдей не жалко. Приятно, что Вы столь высоко оценили капитализацию моей идеи!
              0
              Более того, я буду очень рад, если играя в фермера или какую-нибудь другую казуальную игру, люди одновременно будут приближать человечество к открытию эффективных лекарств от генетических заболеваний.
                +6
                Да ладно, это был сарказм. Но что-то в этом есть — создавать обычные на первый взгляд игры, закладывая в основу совершенно серьезные методы получения научных знаний… Я вижу в этом мощный долгосрочный тренд. Дело в том, что в современной науке, в частности биологической, существует и увеличивается разрыв между объемом данных, которые генерируются в результате исследований, и способностью формировать на их основе продуктивное научное знание и конкретные технические решения. Те методы, которые раньше для этого использовались, были рассчитаны совершенно на другие объемы информационных потоков и сегодня просто не справляются со своей задачей. Происходит что-то подобное тому, что было в ИТ в последние 30 лет, но уже не в построении базовой аппаратно-программной ИТ-инфраструктуры, а в применении ИТ к решению более широкого класса научно-технических задач. Это тот самый на все лады склоняемый шестой технологический уклад по Кондратьеву. И здесь возникает ряд новых перспективных направлений деятельности:

                (Предупреждение: ниже следует очередной комментопост:))

                1. Альтернативное, масштабируемое образование. Вспомним историю: на каком-то этапе программирование перестало быть уделом студентов нескольких ведущих вузов и вышло в широкие массы, появился феномен программиста-самоучки. Затем подтянулись и школы с вузами, появились уроки информатики, понятие компьютерной грамотности, специализированные курсы, программирование разделилось на системное и прикладное, появились разные уровни подготовки, специализации в предметных областях, начали множиться околопрограммистские профессии и так далее, в общем сфера пошла в бурный рост. В биологии уже началось что-то подобное, туда уже мигрируют некоторые айтишники, появляются образовательные интернет-ресурсы для любителей, в США создано как минимум два биохакерских клуба BioCurious и GenSpace, и это только начало большого тренда.

                2. Субкультура так называемой гражданской науки — новый уровень просвещения. (На эту тему полгода назад прошел саммит в Гарварде, о котором я писал: habrahabr.ru/blogs/personal/96177/) Вообще-то в свое время большая наука именно с этого и начиналась; другое дело, что граждан, которые могли себе это позволить в 18-19 вв., было относительно немного даже в самых развитых тогда странах. Сегодня же появляется феномен краудсорсинга, т. е. задействование множества любителей для решения задач, не требующих особо высокой квалификации, но полагающихся на обычное человеческое любопытство, творческие способности и тягу к игре (примером чего и является сабж). Опять же, поскольку традиционная большая наука не может справиться с этими задачами сама по себе, ключевым вопросом является интеграция научного слоя с другими распространенными видами человеческой деятельности, откуда люди могут со временем подниматься и в Большую Науку альтернативными путями, получая второе или третье образование по сети и нарабатывая опыт в подобных краудсорсинговых проектах.

                3. Создание новых бизнес-моделей. Любительский энтузиазм это хорошо, но те же ИТ на одних только любителях вряд ли добрались бы в каждый дом, если бы не «горячо любимые» Б. Г., С. Дж. и иже с ними. Многие задачи нового научно-технического фронта можно и нужно ставить на коммерческие рельсы. Это могут быть какие-то вариации уже привычных схем разработки и внедрения технологий или какие-то хитроумные методы монетизации сервисов, работающих поверх социальных сетей, облаков и других достижений ИТ. В общем, пространство для бизнес-креатива здесь огромное и необжитое. Многих бизнес-моделей, благодаря которым люди будут зарабатывать на жизнь в 2020, сегодня просто не существует, как не существовало в 2000 бизнес-моделей SEO, контекстной рекламы, социальных игр и т. д. Кто-то создает их уже сегодня. Возможно, это ты, %username%.

                4. Организационные и юридические заморочки. Проблемы так называемой интеллектуальной собственности, которые до сегодня касались в основном того, что мы слушаем, смотрим и используем в быту, постепенно пробираются в наши тела. В марте 2010 американским судом были признаны недействительными патенты на гены, связанные с раком груди. До отмены этих патентов люди, которым необходимо было пройти соответствующее тестирование, вынуждены были платить за него по монопольной цене патентодержателя в несколько тысяч $. Это решение, в принципе, было ожидаемо (гены не являются человеческим изобретением), но что говорить о других, действительно разрабатываемых компаниями технологий, патенты и авторские права на которые, с одной стороны, стимулируют дальнейшие разработки, а с другой — тормозят их внедрение (и в некоторой мере другие потенциально важные, но слабо монетизируемые разработки)? Похоже на то, что юридический ад, который мы имеем сейчас в столкновении сетевой культуры и так называемого авторского права, покажется раем по сравнению с конфликтами вокруг массовых био- и нанотехнологических разработок. Я буду рад ошибиться в этом вопросе. Во всяком случае, юристы соответствующей специализации на хлеб с икрой себе заработают.

                5. Обеспечение безопасности. Это первый вопрос, который возникает у среднестатистического обывателя, когда он слышит о перспективах биотеха. Мало кто знает, однако, о тех мерах безопасности, которые принимаются внутри самого научного сообщества; что, например, разработка пресловутых ГМО была этим самым сообществом добровольно приостановлена на год после открытия соответствующей технологии в 1975 году — до тех пор, пока общая безопасность этих методов как таковых не была подтверждена. При переходе к еще более продвинутым технологиям наверняка возникнут и новые требования к технике безопасности, сертификации, аудиту, превентивным защитным мерам и т. д., в общем, специалистам соответствующего профиля также не придется скучать. Впрочем, игрушки вроде сабжа и прочие технологии, не выходящие за пределы компьютера, имеют весьма отдаленное отношение к реальной биобезопасности; на них скорее будут разрабатываться методы защиты от потенциальных угроз из пробирки (средства мониторинга, искусственные иммунные системы и т. д.). Здесь, как и в предыдущих пунктах, большую роль должны сыграть принципы Open Source.

                6, 7, (i+1). Какие еще специфические профессии и виды занятий появятся по мере развития этих трендов — сказать сложно. Несомненно только, что таковые будут, и их появление станет главным сюрпризом наступающего периода. Кто-то на этом заработает миллиарды, кто-то миллионы, кто-то благодаря этому вообще выживет, найдет работу и смысл существования, качественно изменит свою жизнь. Кто-то станет символом эпохи в узких и/или широких кругах. Кому-то это бросит вызов, кто-то анонимно спасет мир, кто-то откроет еще один (объемы астрономических данных растут не менее интенсивно и требуют такой же массовой любительской обработки), и так далее. Интересно, появятся ли подобные краудсорсинговые проекты в области «чистой» компьютерной науки, для поиска оптимальных конфигураций цискового железа, процессорной логики или чего-то еще более фундаментального, из математики?8)

                Сейчас, когда это все еще в зародыше, важнее всего практические действия. Как можно интегрировать науку, бизнес и увлечения, какие социальные, сетевые и информационные ресурсы можно для этого задействовать, как это продвигать и т. д. Кто это реализует на практике — получит хороший кусок хлеба с икрой, ради которого в этот самый момент наверняка уже кто-то что-то делает по обе стороны океана.
            +1
            Попробовал. Что-то у них и правила мутноватые, и интерфейс не очень. Хоть я и имею дело с подобными вещами по работе, но пока не разобрался до конца, как ведется счет. Вряд ли «те, кто играл бы в фармвиль» захотят тратить на это время.
              0
              Потому что думать надо? :)
                +1
                Где свиньи 9 уровня? Где 9000 очков обоняния? Где собака?
                  +8
                  Да нет. Непонятно, про что именно думать. Например, очень много ситуаций, когда какой-то вариант выглядит явно лучше других (скажем, часть последовательности просто сдвинута на 1), но очень далек от максимума по очкам. И это еще простой случай. Нормальный человек просто не поймет, как такое может быть. Алгоритм вычисления «средней» последовательности (с которой и идет сравнение), судя по всему, не слишком очевиден. А саму эту последовательность спрятали. В итоге стало проще искать решение наугад, а не осознанно. То есть как раз думать стало не обязательно, тыкай себе в квадратики и надейся на лучшее.

                  Представьте себе, что я вам дал обычные пятнашки, где квадратики с числами надо двигать, но не сказал, что выстраивать их надо не по порядку, а чтобы минимизировать хитрую матричную функцию от игрового поля. Саму функцию я вам не сказал, но позволил три раза спросить у меня ее текущее значение. Скорее всего, вы меня пошлете подальше с такими правилами. И будете правы.

                  Вобщем, биологи написали забавную игрушку для себя — замечательно. Но она отнюдь не для фармвильцев.

                  Ну а интерфейс… Думаю, достаточно будет упомянуть навигацию по сайту на флеше.
                    0
                    Да… я попробовал. Интересно, что там за монстры 78 очков набирают…
                      0
                      Сами биологи, небось, и набирают. Они-то в курсе, как вся начинка работает. :)
                +1
                Непонятно, почему для выделения обязательно зажимать шифт? Можно ведь было сделать выделение «с пустого места».
                  +3
                  Алан Купер переворачивается в постели: этот элемент спроектирован, отталкиваясь от возможностей разработчика, а не от потребностей пользователя.
                  +3
                  Задача игры — составить комбинацию, дающую больше очков.

                  За совпадение цветов по вертикали дается одно очко. За несовпадение одно очко отнимается. За наличие дырки отнимается 4+n очков, где n — количество клеток по горизонтали, составляющих дырку (пустое место в начале последовательности также считается дыркой).

                  Алгоритм выигрыша очень простой:
                  1) Сдвигаем всё влево. В большинстве случаев это победа.
                  2) Если последовательности разной длины, сначала пытаемся сдвигать меньшую вдоль большей. Скорее всего, вы победили.
                  3) Если и это не помогло, пытаемся сделать в меньшей дырку и совместить как можно больше цветов. Чаще всего достаточно дырки в одну клетку.

                  Включать мозг приходится достаточно редко даже с восемью последовательностями.
                    0
                    Нет, там все совсем не так просто. Выиграть таким способом, возможно, получится в большинстве случаев. А вот набрать максимальный результат — не думаю.
                      0
                      Уточню. Вся проблема в том, что несовпадение цветов проверяется не между теми последовательностями, которые все время видны, а между ними и «усредненным» вариантом, который спрятан, редко пересчитывается и далеко не всегда очевиден. Так что простая формула +1/-1 оказывается не такой простой.
                        +1
                        Усредненный вариант отображается, если навести курсор на точку раздвоения эволюционной ветки в левом верхнем углу. ;)
                          0
                          Я знаю. Только вот пересчитать его можно ограниченное число раз (время убегает). Да и неудобно это — каждый раз куда-то уводить курсор.

                          На мой взгляд, игра была бы намного удобнее, если бы, скажем, эти усредненные варианты были видны постоянно и, кроме того, с ними можно было бы работать так же, как с отдельными видами. Передвигаю я «усредненную» последовательность, а вся состваляющая ее группа «настоящих» тоже передвигается. В конце концов, как я понимаю, цель игры — помочь ученым. Зачем усложнять и без того не очевидные действия?
                            0
                            Поиграв еще немного я обнаружил, что при работе с группами последовательностей максимальный счет иногда можно получить делая изменения внутри группы.
                              0
                              Довольно интересная вещь — у меня появляются промежуточные решения, бьющие порог на 5 очков, но это никого не интересует, нужно пройти финальную стадию, пересобрав всё по нове, и только её результат куда-либо откладывается.
                      0
                      В последней версии Хрома, нет реакций в главной менюшке…
                      • НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь
                      • НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь
                          0
                          Во-первых, нужно составить так, чтобы очков было больше, чем у компа (par, виден, когда наводишься на кружок слева от счета). Во-вторых, при этом загорается звездочка. Вот в нее и надо ткнуть, чтобы пройти на следующий этап или завершить игру.
                          • НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь
                              0
                              На эту тему там целая обучалка и раздел в ФАКе. Вкратце, надо выровнять последовательности наилучшим образом (чтобы максимум цветов совпало). Но за «дырки» сильно штрафуют, так что для них нужен очень веский повод.
                          +3
                          я правильно понял, что там стоит задача, которую нормально решают http://ru.wikipedia.org/wiki/Алгоритм_Нидлмана_—_Вунша и en.wikipedia.org/wiki/Smith-Waterman_algorithm?
                            0
                            Ох, йо. Мозголомы.
                            0
                            >> игр как Foldit (свёртывание белков)

                            Только не «свертывание белков», а фолдинг. Так и будет по-русски, фолдинг. Свертывание белков это совершенно отличный от фолдинга процесс.

                            Только полноправные пользователи могут оставлять комментарии. Войдите, пожалуйста.

                            Самое читаемое