Команда исследователей из организации The Center for Genome Architecture (TC4GA) планируют использовать технологии корпорации IBM для изучения генома комара, который переносит возбудителя лихорадки Западного Нила. По мнению специалистов, этот шаг поможет ученым более эффективно бороться с заболеванием. Возможно, прочтение генома даст понимание об уязвимостях ДНК носителя, которые вирус использует для распространения.
Высокопроизводительная система VOLTRON, основой которой является платформа IBM Power Systems, предоставляет исследователям целый ряд возможностей и инструментов для эффективной работы над указанной проблемой. Сейчас многие университеты и научно-исследовательские организации используют суперкомпьютеры, облачные сервисы и прочие современные технологии, которые дают ученым уникальные возможности. Что касается VOLTRON, то после расшифровки генома комара ученые планируют построить визуальную модель ДНК этого насекомого.
Кстати, с момента реализации проекта Human Genome Project процедура расшифровки генома стала гораздо менее дорогой. Если стоимость указанного проекта составила $4 млрд, то сейчас аналогичная задача может быть выполнена всего за $10000. Причем кроме обычных данных, ученые получают в свое распоряжение еще и визуальную модель расшифровываемой ДНК, что помогает в некоторых случаях изучить некоторые особенности «владельца» этого генома.
По словам специалистов, принимающих участие в проекте, они будут использовать новую методику, которая может кардинально изменить подход к расшифровке ДНК живых существ. Пока что детали не раскрываются, но ученые говорят, что эта процедура может проводиться гораздо быстрее и с меньшими затратами, чем раньше. Понятно, что работать можно не только с ДНК комаров, но и любых других живых существ. Но пока что главная задача — борьба с возбудителем лихорадки Западного Нила, которая вредит здоровью многих людей в самых разных регионах земного шара.
«Метод 3D-сборки генома и технологии IBM — это мощная комбинация: в первом случае требуется чрезвычайно высокая производительность компьютерной системы, во втором случае она предоставляется», — говорит Эрес Либерман Айден, руководитель организации, которая занимается «комариной проблемой».
Интересно, что сама лихорадка Западного Нила — не до конца изученное заболевание. Раньше оно было распространено, в основном, в тропических и субтропических регионах. Но после начала массового туризма болезнь распространилась по всему земному шару. Ей подвержены, в первую очередь, птицы, но болеют лихорадкой и многие млекопитающие, включая людей.
Возбудитель лихорадки был впервые обнаружен в крови больной женщины в 1937 году, в Уганде. Сейчас вирус чаще всего встречается в странах Средиземноморья, включая Израиль и Египет, также он наносит заметный ущерб здоровью жителей Индии и Индонезии. Кроме того, уже обнаружены больные лихорадкой в США и России. Причем, на юге России вирус наиболее жизнеспособен. В 1999 году первые случаи заболевания были замечены в Волгоградской и Астраханской области, а также в Краснодарском крае. По современным данным, предоставленным учеными США, около 80 % случаев заражения протекает бессимптомно. Опасна лихорадка как острым течением заболевания с повышением температуры, так и серьезными последствиями — например, синдромом серозного менингита (около 50% случаев).
Вакцина от лихорадки Западного Нила пока не разработана.