Генные сети, управляющие строением тела животных

Прошу прощения, в классификации языков программирования я не силен.
С т.з. рибосомы белок-кодирующая последовательность является перфолентой для станка с ЧПУ. Чему соответствует такая лента в Фон-Неймановской архитектуре, программе или данным — судить не берусь.
Аналогом компиляции или интерпретации здесь может быть фолдинг — сворачивание белка или РНК в трехмерную структуру. Там нет четких команд, как в императивных языках, но нет и описания ожидаемого результата, как в декларативных языках. Функция фолдинга (отображение множества последовательностей на множество 3D-структур) имеет важное свойство: для любой последовательности можно, заменяя по одной букве, изменить более половины букв с сохранением 3Д-структуры. Одновременно можно малыми изменениями последовательности радикально изменить 3Д. Нашел иллюстрацию (правая половина, полоски одного цвета — одинаковые 3Д структуры). Я не знаю, где в computer science встречается что-то подобное, может быть, в программах демосцены?
В биологии отображения нижнего уровня на верхний и дальше имеют такие же свойства: отображение последовательности регуляторного участка гена на регуляторные функции; отображение 3Д-структуры белка на ферментативную активность; отображение топологий генных сетей на топологию порождаемой разметки; отображение устройства нейросети на поведение; отображение анатомии животного на его экологические свойства, и т.д.

В том, чтобы сажать не один большой клубень, а десять маленьких. Экономия посадочного материала.

Смысл в получении как можно большего количества посадочного материала. Дед картошку выращивал из семян на подоконнике, потом первый урожай вывешивал в погребе, а вот уже те мелкие высаживал в огород. Из семян, как тут уже написали, вырастает картофель без многих вирусов и других «заболеваний». И кстати, семена хранятся очень долго, думаю и через 50 лет можно из них вырастить картофель.
Оффтоп:
Меня вообще удивляла работоспособность деда. Он выращивал всё, что могло расти, и не из покупной рассады, а из своих отборных семян. Построил большую отапливаемую теплицу, но в то время были ограничения на размер частной теплицы и пришлось снести половину. Но и в этой теплице он получал большие урожаи и бабушка торговала на рынке. Сейчас, листая тетрадки с их бухгалтерией, удивляюсь, как может один человек на обычном огороде производить столько овощей, фруктов и цветов. Да ещё успевать заготовить на зиму всяких запасов, выгнать самогонки, наделать настоек, починить машину (хотя они покупали себе новые жигули регулярно). А уж сейчас с новой техникой и без ограничений площади, он был бы знатным фермером.

Не уверен что понимаю вашу проблему и то, почему вы прицепились именно к полимеразам, но возражу.
«Конструировать организм» — вы можете начать прямо сейчас. Для этого достаточно облучить репродуктивную клетку достаточным количеством жесткого излучения.

Вопрос лишь в том, как изменение Х повлияет на конечный организм. Пока с этим полная муть. Муть даже с тем, какие функции у многих генов хорошо известных организмов и с тем, как эти гены регулируют работу друг друга.
Для того, чтобы определить конечный организм — необходимо моделирование. Моделирование работы клетки и всего организма in silico, т.е. на компьютере. Но для того, чтобы определить, как замена нуклеотида А на нуклеотид Б в ДНК повлияет на развитие и работу организма — очень, очень далеко. Это можно сделать лишь для ограниченного количество уже известных мутаций в известных генах.

У бактерий практически вся ДНК — это гены, некодирующей ДНК совсем мало. У животных и особенно растений очень много некодирующей ДНК, и похоже, что большая ее часть — все-таки мусор.
В моих предыдущих статьях подробно расписано, как полимераза «знает», что читать — для этого существуют сотни регуляторных белков, которые связываются с определенными последовательностями ДНК и помогают или мешают посадке полимеразы. Других функций, кроме основной, за РНК-полимеразами не замечено.

Как обычно очередной «непризнаный гений» альтернативщик (из тех что вечные двигатели стоят, а иногда еще и продают)

Придумано своих критериев оценки «успешности» расчета структуры вместо стандартных общепринятых (среднеквадратичное отклонение координат атомов в расчетной модели от экспериментально определенной структуры).
Единственный рабочий пример — модель всего на 22 аминокислотных остатка.
Хотя всем кто интересуется знают, что сложность расчета структуры при простых подходах растет нелинейно с увеличением длинны белка (Комбинаторный взрыв)

И для очень коротких белков (до примерно 50 остатков, их даже белками обычно не зазывают — а полипептидами) рассчитать 3д структуру по генетическому коду никаких сложностей нет уже давно.
От 50 до примерно 100 остаток, сложнее но сейчас обычно тоже уже решаемо.
Но все самое интересное начинается на белках от 100 аминокислотных оснований и выше.
А средняя длина белков к примеру человека вообще около 500-700 оснований, максимум до 10-30 тыс. оснований встречаются

Вполне заурядный белок при прямом подходе (полное моделирование сворачивания с высокой точностью) требует небольшого суперкомпьютера или выч. кластера и от нескольких месяцев до нескольких лет работы. На один единственный белок, которых у простейших организмов сотни штук, а у сложных типа млекопитающих и человека — десятки тысяч.

При «умных» алгоритмах использующих разные упрощения и оптимизации, предсказать 3д структуру белка на несколько сотен остатков (несколько тысяч атомов) можно за несколько дней-недель при счете на хорошем выч. кластере. Но это будет уже не точная модель повторяющая имеющееся в природе, а только что-то к ней близкое и с некоторой вероятностью (уровнем достоверности).
Пользоваться можно, но для критически важных белков все-равно нужно либо определить структуру экспериментально, либо провести полное моделирование, т.к. предсказанная по упрощенным алгоритмам модель оказывается близка к природной не всегда, а лишь в большинстве случаев.

Только первый, только хардкор.