m1rko 9 мая 2019 в 16:17

Разработка белков в облаке с помощью Python и Transcriptic или Как создать любой белок за $360

57 мин

15K

Python*Научно-популярноеБиотехнологииDIY или Сделай самБудущее здесь

Перевод

+50

Комментарии 20

zogxray 9 мая 2019 в 17:41

Очень круто и интересно, хотя и не все понятно) Спасибо за статью.

Kroid 9 мая 2019 в 18:01

Это очень круто! Чувствую, пора изучать биологию — лет через 5 — 10 это будет новым мейнстримом :)

НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь

himegood 9 мая 2019 в 21:48

Спасибо за статью. Считаю данное направление крайне важным. Так как геном человека, это набор информации. И с помощью данного метода, возможно крайне дещего проводить исследование in vitro. И получать соответственно результаты.
P.S. Сам учу данное направление. Сплетение медицины и и программы. Будоражит ум только от одной мысли, что может человек \ машина. :)

EobardThawne 9 мая 2019 в 22:32

Как думаете, через сколько лет генная инженерия дойдет до того, что к примеру себе можно будет внедрять днк млекопитающего в глаз, для улучшения зрения? Думаю раньше 500-ста лет такого не будет, а что вы думаете?

-3

Nimtar 11 мая 2019 в 20:54

https://m.habr.com/en/post/442468/

Meklon 9 мая 2019 в 23:08

Блин, это потрясающе. Просто восторг. Другое дело, что когда в России тот же аспирант получает 250-500$ в месяц, то экономический смысл здесь сильно теряется. Хотя с точки зрения воспроизводимости очень круто.
Кстати, поясните конструкцию, пожалуйста:

fill = "#444" if not well.startswith("D") else "#aaa"

Это не должно выглядеть так?

if not well.startswith("D"):
    fill = "#444" 
else:
    fill = "#aaa"

slovak 9 мая 2019 в 23:53

Оба варианта работоспособны.
Первый вариант это вроде тернарный оператор.

Meklon 10 мая 2019 в 00:00

Есть где посмотреть описание такого синтаксиса? Непривычно выглядит. Получается «Результат — условие — альтернативный результат».

Meklon 10 мая 2019 в 00:16

Почитал. Честно говоря, мне кажется, что это ухудшает читаемость и увеличивает риск ошибок, хотя и компактнее.

Kroid 10 мая 2019 в 07:58

Дело привычки. По мне, так довольно удобно.

В питоне ещё работа со списками в таком же стиле реализована:

result = [i / 2 for i in list if i > 10]

idisin 10 мая 2019 в 07:08

Первая конструкция — просто синтаксический сахар для второй, более удобная форма записи

slovak 9 мая 2019 в 23:50

Подскажте, кто знает, как плазмида с ДНК внедряется в тело бактерии? В разделе «Трансформация» это умалчивается.

Meklon 10 мая 2019 в 00:08

Насколько я помню, они обычно заключаются в сферы из фосфолипидов. При контакте сфера сливается с клеточной мембраной и содержимое попадает внутрь.

DaneSoul 10 мая 2019 в 03:37

Делают клеточную стенку бактерии более проницаемой, основных подхода два:
1) Химическая трансформация — подрастить культуру до молодого и бодрого состояния, контролируя оптическую плотность, обработать растворами с хлоридом кальция и хранить в глицерине при −70 °С, оберегая от стрессов. Зато после добавления лигазной смеси компетентным клеткам устраивают отменный тепловой шок, чтобы сделать клеточную стенку проницаемой;
2) электротрансформацией (электропорацией). Это эффективный способ введения даже довольно крупных НК. Прибор под названием электропоратор генерирует миллисекундные электрические импульсы, пробивающие в стенке клеток временные поры.
Ссылка на источник

agarus 10 мая 2019 в 01:27

Раздел «Зачем всё это» прекрасен (и вспоминаеться «Эдем» Гаррисона)
Не хватает только раздела «Литература» или «что еще почитать по теме».
Труд переводчика тут, конечно, титанический — спасибо.

vassabi 10 мая 2019 в 18:08

кроме затрат денег нехватает еще расчета затрат времени (т.е. сколько заняла какая операция)

NikolayZolotarev 10 мая 2019 в 21:19

Очень интересно, что подход программиста и молекурярного биолога очень сильно отличаются. И еще лучше, что постепенно подобные вещи становятся доступными для широкого круга людей. Я уже жду того момента, когда к биологическим протоколам применят машинное обучение, но бюсь, что это произойдет еще не скоро.

Я все же не разделяю столь большого оптимизма автора.
Самая главная проблема еще в названии статьи. Мы еще далеко не любой белок можем легко наработать. Не все белки могут быть синтезированы бактериями, не все могут быть легко выделены. На подбор условий в особо сложных случаях могут уходить годы. С GFP все работает хорошо, потому что это простой стабильный белок. С более сложными белками могут быть проблемы, и пока нет однозначного способа их решения.