Как стать автором
Обновить

Комментарии 33

Мне думается на ДНК (и особенно РНК) стоит смотреть не как на язык, а как на сущность которая является программой и компьютером одновременно. И как раз отсутствие разделения на информационную и физическую части приводит к тем особенностям которые нам пока не до конца понятны.
Ген, в основном, и так уже абстрагированная от физики сущность, это математическая абстракция, единица наследственной информации. Прост в большинстве современных работ по генетике решаются вопросы физических/химических механик передачи генетической информации, потому термин постепенно размылся, его стали использовать для указания конкретных кусков молекулы. Но так же остались (полезными) и теоретические модели, в которых ген определяется абстрактно, без уточнения физического воплощения («чёрный ящик»). Примерно так же отличаются бит из теории информации и бит из технических характеристик шины данных или ячеек памяти.

Но если проводить аналогию с программированием, то да, можно сказать, что ДНК — это не код программы, а уже конкретный поднятый инстанс, эдакая сервер-хромосома с процессами-генами, которые исполняются параллельно. Причём, эти сервера ещё и объединяются в кластера (путём межклеточных сигнальных молекул).

Наиболее близкой к такому «подходу» в программировании была, наверное, среда Smalltalk, в которой предполагалось редактирование программы «наживую», прям в запущенном инстансе (без перезапусков).
Ген, насколько мне известно, не вполне точно определённая сущность в общем случае. Абстракция возможно только при сильном упрощении. "… Так как ген как однозначную структурную единицу выделить трудно, то нередко под геном понимают исключительно функциональную единицу наследственности… геном — это сложная система, взаимосвязанных участков ДНК. Дать однозначное определение понятию ген не представляется возможным."
Я написал, как он определён, и как размыто это определение :). Всё представляется возможным, но вытекает из решаемой задачи, в которой мы определяем ген. Абсолютных онтологий уже давно в рамках научного метода не ищут (см. постпозитивизм, прагматизм :)). Можете на вики почитать, там вполне понятно описано положение вещей по понятию гена и истории этого вопроса :).
Ну вообще-то saaivs прав, в вашем представлении ген, это некая «команда» прописанная вполне определёнными нуклеотидами и кодирующие вполне определённые белки. Понятно откуда взялось такое представление, но оно давно развенчано. Одна и та же последовательность лежащая на одной и той же хромосоме в одном и том же месте ДНК вполне может кодировать разные белки. И то каким будет конечный белок, что закодирован на этом участке, может зависеть как от внешней среды, так и от внутренней. Например погружён ли сейчас организм в воду и воздух, какой его возраст, заражён ли он другими организмами и так далее и тому подобное.
Таким образом множество генов не существует без контекста, без контекста это лишённая смысла цепочка ДНК — сломанный кусок кода, который можно заставить что-то сделать, но ничего полезного не произойдёт.

Вообще-то вы не правы. Ген — это единица наследственной информации. Про определённость нуклеотидов и белков читайте дальше в моём комментарии, уверен, вы его не прочли.

Хорошо, опустите ту часть моего комментария где упоминается ДНК и нуклеотиды.

Это ничего не меняет в сказанном мной о генах. Коротко я разъяснил как это работает в природе, дальше уже будут стены текста, а я ленивый. Что бы вам было проще начать самопоиски начните гуглёшь со слова «плейотропность».
Нет, мне бы было не проще ковыряться в свалке ваших озарений, правда. Вы вообще не вникаете. Ген — это абстрактная единица наследственной информации. Что в этом тезисе вам кажется противоречащим вашей «плейотропности»? :) Бит (в теории информации) — это единица информации, но он не определяет сюжет фильма в mp4-файле или форму транзистора в ячейке оперативы. Это чистая математика. Учитесь абстрагировать.
:) В вашей аналогии ген, это не бит. Бит это три нуклеотида. Ген, это команда состоящая из битов. И если в программировании команда всегда точно определяет что надо делать, то в биологии нет, одна и та же команда может привести к разным результатам в зависимости от окружения. Один и тот же ген в одном сегменте тела даст начало крыльев, в другом ноги.
Нет, вы продолжаете бороться с выдуманными чудовищами. Боритесь со своими демонами без меня :)
Но если вы про то что ДНК это не компьютер, то да вы правы, само по себе ДНК это что то типа сверхусложнённой флешки на которой сверхзаархивированная информация, смысл которой может меняться в зависимости от того каким архиватором её «открывать».
Главное, чтобы у вас была задача, теория без практики не несёт смысла, теория без поставленной задачи — это просто нефальсифицируемый экспериментом набор слов.

Не люблю такие аналогии, но в вашем примере компьютером является не ДНК, а вся клетка. Передача и реализация информации невозможна только с помощью ДНК, нужно большое число белков, РНК, мелких молекул.


В биологии разделить информационную и физическую часть невозможно. Физика и является носителем и обработчиком информации.

Видна рука мастера! Кстати, где же он?

Как где? Везде. Читайте Уайтхеда, вынос мозга гарантирован.

Спасибо!
Теперь поищу статьи про Cello.
Уныло.
Код ДНК более подобен естественному языку, нежели языку программирования, так как избыточен, быстро накапливает ошибки, полон сложных зависимостей, которые обусловлены контекстом развития организма, и вред или полезность этих зависимостей не всегда очевидны.
Забавные представления о естественном языке, главные критерии по мнению автора это «избыточен, быстро накапливает ошибки, полон сложных зависимостей». Это реально смешно.
ДНК это мертвое реплицируемое хранилище шаблонов в коде, который понимают многочисленные молекулярные машины (напр. рибосомы) и меток запусков этих шаблонов. Другие машины умеют манипулировать этими шаблонами в ходе разных процессов. Все. Больше ничего.
Mike_666
а как на сущность которая является программой и компьютером одновременно
Никаким компьютером шаблон (ДНК) являться не может. Никакие действия и изменения производить не может. Для всего этого нужна армия молекулярных машин, например рибосомы, полимеразы. Сама по себе ДНК мертва, хотя и находится в центре современной жизни на Земле.
napa3um
что ДНК — это не код программы, а уже конкретный поднятый инстанс, эдакая сервер-хромосома с процессами-генами, которые исполняются параллельно.
Поднятый инстанс что-то способен делать самостоятельно. ДНК сама по себе ничего делать не может. Она полностью зависит от сотен обслуживающих ее молекулярных машин — рибосом, полимераз, тРНК и т.д. ДНК это просто мертвый шаблон, хоть и располагающий важными сведениями для организма, но целиком и полностью зависящий от текущего окружения. Нет окружения — ДНК мертва, как и любой шаблон.
Сервер тоже в космическом вакууме не имеет смысла, он работает, связанный через IO с остальным миром (рибосомами и другими ферментами). Но в любом случае любая аналогия имеет ограниченную область применения (а в пределе «карта — не есть территория») :)
Сервер тоже в космическом вакууме не имеет смысла, он работает, связанный через IO с остальным миром (рибосомами и другими ферментами).
Не так. Инстанс может проверять свою целостность, выполнять задания по расписанию, отслеживать время, менять свои состояния согласно времени и слушать подключения к нему. ДНК ничего такого не может. Вообще. Она реально лежит в мертвом состоянии как лекала в шкафу. И мало того, одно из основных ее «заданий» — не менять ничего в себе, быть постоянным и надежным хранилищем. В пределах имеющихся процедур изменения ДНК. Именно еще и поэтому эволюция перешла от РНК кода к ДНК (хотя и не везде) — ДНК прочнее и стабильнее.

a1111exe
Тупой вопрос профана: что первично — ДНК или окружение (молекулярные машины)?
ДНК развивалась (через РНК) параллельно окружению, т.к. одно без другого почти бессмысленно. Вот здесь по подробнее:
  1. Курс лекций автора Михаила Никитина в рамках межфакультетского курса «Происхождение и развитие жизни». МГУ
  2. Книга Происхождение жизни. От туманности до клетки (Михаил Никитин)
Курица появилась одновременно с яйцом?
Если быть уж совсем честным, то яйцо появилось задолго до курицы. И это яйцо было не куриным. На линии развития [динозавр-яйцо-существо1-яйцо1-существо2-яйцо2-… курица] существа все дальше уходили от динозавров и становились курицей.
В свое время меня особенно поразил тот факт, что части той самой РНК из древнего мира жизни основанной на РНК сейчас обнаруживаются в современных рибосомах и тРНК, что и помогло понять как происходило развитие самого кода (можно сказать языка) и самой жизни в РНК мире. Вот еще один обломок мира РНК. Минимальная по размеру РНК вироида вообще не кодирует каких либо белков, но оказывается в состоянии настроить чужую клетку на репликацию самого себя. Предполагаю, что вироиды как раз и обращаются к древним функциям РНК, которые в ней остались, но которые не используются и были «забыты» в существующих клетках сложных организмов. Прямо таки забытый «бэкдор» разработчиков.
Ваши претензии к моей аналогии понятны, но я не собираюсь защищаться — нет прикладной задачи, на которой бы мы смогли сравнить силу наших аналогий, я просто описал лишь одну из бесконечного множества возможных метафор, рассказывающих о каких-то показавшихся именно мне важными аспектах генетической машины. Возможно, кому-то понравится и ваша метафора, но, конечно, ни одна из наших метафор не является «истинной».

И играться в слова я тоже не собираюсь, содержание парадокса «яйцо-курица» немного в другой плоскости находится, ежели ваши передёргивания слов :).

Научпоп способен приводить к состоянию «инсайта», к эмоции «глубокого понимания» чего-то, эдакому «допаминовому уколу» (оттеняющему «важность всего остального»), что и приводит к непреодолимому желанию «накормить» своими источниками сведений своих соплеменников, противопоставляя другим «пониманиям». Но суть в том, что без прикладной задачи, без практики никакие наши теории и понимания не имеют особого смысла, мы можем бесконечно спорить об красоте формулировок :). Потому предлагаю в формате не противопоставления делиться такими интересностями, а в виде дополнений и иных взглядов на вопрос :).
Если быть уж совсем честным, то яйцо появилось задолго до курицы. И это яйцо было не куриным. На линии развития [динозавр-яйцо-существо1-яйцо1-существо2-яйцо2-… курица] существа все дальше уходили от динозавров и становились курицей.

И вот, сначала, в первичном бульоне всякой биологической чепухи, трепыхалось яйцо… Это было яйцо курицы. А откуда оно взялось? По Дарвину оно победило схватку за жизнь, и теперь его генофонд должен включиться в борьбу яиц Вселенной.… Серьёзно? :)

Нет окружения — ДНК мертва, как и любой шаблон.

Тупой вопрос профана: что первично — ДНК или окружение (молекулярные машины)? Если мы — производные ДНК, то мы бессмертны, ведь "что мертво, умереть не может". Если мы производные молекулярных машин, обрабатывающих ДНК, то мертвы ли молекулярные машины?

что первично

Зависит от определения слова "первично".


Если мы — производные ДНК, то мы бессмертны, ведь "что мертво, умереть не может".

Тут логика просела. Не все свойства основы наследуются производными.

Зависит от определения слова "первично".

Конечно, капитан! Спасибо, что не отправили проверять словарь Даля. Уточняю: что было раньше — ДНК или молекулярные машины?


Тут логика просела. Не все свойства основы наследуются производными.

Зависит от определения слов "наследуются" и "производными", не находите?

Это ребус античных времён — что было первее, яйцо или курица, и как любой глубокий философский вопрос его «наивное» решение приводит к парадоксам (противоречиям в том или ином контексте). «Правильное» решение такое: яйцо и курица — аспекты одного общего процесса эволюции, курица с яйцом коэволюционировали вместе, развиваясь из ничего (из состояния, когда ни яйца, ни курицы определить толком и не получится). Чуть поближе к генетике можно, например, ознакомиться с гипотезой РНК-мира.
Это ребус античных времён — что было первее, яйцо или курица, и как любой глубокий философский вопрос его «наивное» решение приводит к парадоксам (противоречиям в том или ином контексте).

Ребус это хитрожопая загадка. Вопрос курицы и яйца это что-то другое. Если все курицы появляются из яиц, то невозможно, чтобы существовала курица до существования яиц. С позиции моего тупого понимания теории эволюции очень трудно представить себе сценарий, при котором биологическая хрень успешно размножается до того момента, как становится яйцом, из которого вылупляется первая курица.


«Правильное» решение такое: яйцо и курица — аспекты одного общего процесса эволюции, курица с яйцом коэволюционировали вместе, развиваясь из ничего (из состояния, когда ни яйца, ни курицы определить толком и не получится). Чуть поближе к генетике можно, например, ознакомиться с гипотезой РНК-мира.

В чём правильность решения? Курица появилась одновременно с яйцом? А дальше в то время, как курица снесла яйцо, из первичного яйца вылупилась курица? Курица зависит или не зависит от яйца? Чего-то я туплю сегодня, уж простите...

что было первее, яйцо или курица

Далеко в прошлое ходить не обязательно, чтобы ответить на этот вопрос. Достаточно только проследить за физическим окружением разворачивающимся перед вами в реальном времени, и ответить на вопрос:
«Что происходит раньше, ваше влияние на окружение или влияние окружения на вас?» :)

Хорошо, вы меня уличили в чрезмерно свободном использовании слова «ребус». Пусть будет построже — парадокс.

Куда то всех вас, сударей, занесло.
Всё просто: молекулярное окружение первично. А потом, как писали раньше, коэволюция, контекст, бла-бла-бла, из нечего, возможно-невозможно…
Но ДНК появилась позже пребиотической химии.
Всё просто: молекулярное окружение первично.

Офигеть. Сударь. Т.е., атомное окружение и т.д. это не первично. Именно молекулярное. Потому что VolkaDlak так определил, ибо иначе никак. Так?

Чтобы не тонуть в далёких компьютерных аналогиях, крайне рекомендую к просмотру случайно обнаруженную лекцию:

youtu.be/snF3AXHCPg8

Крайне чётко и очень увлечённо и увлекательно настоящая учёная рассказывает, сюда же и биохакеры подтягивайтесь, очень не скучно, буквально блокбастер из всех направлений биологии :).
Спасибо
Зарегистрируйтесь на Хабре , чтобы оставить комментарий

Публикации

Истории