Действительно ли кистепёрая рыба именуемая латимерией является живым ископаемым, или это всё-таки заблуждение?

1) Все эти выводы не постулируются просто так, а основываются на филогенетике и палеонтологии и данных из онтогенеза, а от правильности выбора алглоритма зависит верный просчет нуклеотидных последовательностей, потому что далеко не всегда просчитываются именно меньшее расстояние как Вы написали, существуют алгоритмы, которые проссчитывают все переменные в числе замен. Какой именно алгоритм используется зависит от знаний как алгоритма так и накопленных знаний по изучаемому объекту.

Так например для насекомых таких как блохи проверкой важной роли времени как главного фактора в накоплении изменчивости в цитохроме C- оксидазе является сравнение аминокислотных последовательностей гомологичных белков, выделенных из видов этого отряда сравневыемых между собой и с аминокислотными последовательностями группы ледничков, как внешней группы, поскольку известно, что блохи на протяжении длительных периодов времени не претерпевали морфологических изменений в сторону отклонения от среднего признака и из быстро изменяющихся видов. Сравнение мт.генов показывает их консервативность для всего отряда блох и родственного таксона ледничков, но меньшую консервативность если сравнивать с щитнями, что согласуется по времени палеонтологических находок.

Поэтому здесь можно использовать кучу разных методов и все они покажут примерно одинаковый результат с разной статистической поддержкой — бустрэп анализ ( об этом подробнее позже). Можно использовать "святое" православное правдоподобие, которое пользуется популярностью среди статистиков, так как учитывает полное совместное распределение всех переменных, а не используется строго в узком последовательном группирировании по коротким дистанциям без возможности обрабатывать несколько последовательностей одновременно с учётом разных и равных дистанционных расстояний, а также общую сумму между ними, или можно использовать примитивный алгоритм UPGMA, который добавляет в родственный кластер самые короткие последовательности по подсчёту наименьших дистанций при этом не учитывая суммы всех ветвей, т.е делает все с точности да наоборот. И если с блохами UPGMA сработает пусть и с меньшей поддержкой чем при правдоподобии, то с мышами этот метод не с работает вообще, там либо мышь окажется родственнее чем орангутанг человеку (мышь не будет родственна более чем орангутанг, поэтому не знаю, где появилась цифра в 97,5%), либо эволюция белка отобразит конвергенцию, при чём только белка, потому что не всегда при сравнении последовательностей отображается именно родственность вида, а не последовательностей, либо что-то другое. Это происходит как раз потому что UPGMA строго учитывает последовательности по молекулярным часам не отходя в нейтральную теорию, а это значит, что по подсчёту коротких дистанций UPGMA может сделать медведя ближним родственником человека, чем горилла, просто посчитав малое число замен в последовательностях. Ошибок при использовании данного метода может быть много. Данный метод не является самым точным. Повторюсь, что при использовании алгоритма необходимо знать о объекте хотябы краткую историю, а ещё лучше большую часть биологии объекта, ибо если о объекте ничего не известно, то знание алгоритма не поможет Вам в построении дерева, потому что о объекте Вы не знаете ничего, что в свою очередь как раз вероятно приведёт к постулированию и лженаучности, которая автоматически покажется при бустрэп анализе— статистической поддержки ветвей.

Бустрэп анализ, грубо говоря показывает статистическую значимость, отображающую устойчивость ветвей, которая в свою очередь отображает различия, благодаря кторым можно получить более мене достоверный результат в зависимости от процентов. Считается, что чем больше процент, тем дерево достовернее. Подробнее о бустрэп анализе и выборе алгоритмов и концепциях почитайте у Лукашова. Тогда Ваш первый вопрос попросту отпадёт окончательно, ибо книга очень хорошая.

В заключении в ответ на первый вопрос я решаю упомянуть гипотезу молекулярных часов, поскольку я затронул UPGMA метод, который на ней базируется правда самым примитивным образом. Эта гипотеза была выдвинута в 1962 году при анализе аминокислотных последовательностей гемоглобина и цитохрома- с Эмилем Цукеркандлем и Лайнусом Полингом.

Они отметили, что количество аминокислотных различий в гемоглобине растет линейно со временем, которое оценивалось по окаменелостям в палеонтологической летописи. Они обобщили данные из палеонтологии и генетики и пришли к выводу, что скорость эволюционного изменения каждого белка приблизительно постоянна. Однако, в будущем было показано, что это далеко не всегда так и гипотеза была доработана до нейтральной теории, которая включала кучу других гипотез. Нейтральная теория тоже дорабатывалась и сейчас у нас есть большой пласт методик входящих в синтетический теорию эволюции, которая эффективно применяется на практике, но обо всем этом читайте пожалуйста Лукашова. Там все ответы, также о том как я строил филогенетическое дерево по краткой истории я печатал здесь https://m.habr.com/ru/post/539552/

2) Вам следует изучить понятие о естественном отборе, ибо чувствуется пробел в знании СТЭ. Это означает, что когда я говорил про выход рыб на сушу много раз, где тиктаалик развивался под влиянием движущего отбора, я совершенно не имел в виду, что на других рыб отбор не влияет, ибо на них вполне мог влиять и дизруптивный и стабилизирующий и половой отборы. Т.е. дапустим в нном месте существуют несколько рыб с преадаптациями к выходу на сушу. Одни рыбы с раздутым плавательным мешком имеют преадаптации к двоякодыщащим и время от времени оказываются на суше, когда происходит отлив, другие такие, как аналоги рыб прыгунов не имеют намёков на двоякодышечность, зато с кожей как у амфибий и набирают воды под жабры, когда выходят на сушу. Так к слову рыбы прыгуны и сейчас нормально на сушу выходят, также как и их предки. Значит эти аналоги рыб прыгунов существуют в среде, где их почти никто не ест и эволюционируют стабильно в сторону среднего признака, так как выходят на сушу они просто чтобы пожрать и спариться, а едят они всё и планктон и мелких членистоногих морских и наземных и рыб в том числе и третью популяцию рыб со сходными преадаптациями к выходу на сушу, однако которые получили в результате горизонтального переноса генов получили кожу амфибий от аналогов рыб прыгунов и раздутый мешок от первой популяции рыб, который у них развился до примитивного лёгочного мешка и закрепился в результате половых сношений. Эту третью популяцию жрут в море все кругом кроме первой популяции и чтобы выжить эта популяция осваивает сушу полностью, либо пытается свергнуть первую популяцию с преадаптациями к двоякодышащим.

Происходит следующее: третья популяция дивергирует на четвёртую и пятую популяцию рыб с преадаптациями для жизни на суше, где четвёртая популяция это популяция двоякодышащих рыб, которая вытесняет первую популяцию рыб, а пятая популяция это популяция тиктаалика. Получается что на все популяции рыб влиял естественный отбор по разному в виде стабилизирующего отбора, движущего, полового и дизруптивного.

3) Рыба прыгун большую часть времени существует на суше и на неё действует стабилизирующий отбор и у неё есть зафиксированные предки, которые скорее всего делали также.

4) Стабилизирующий отбор не может казаться, ибо эта форма естественного отбора, а естественный отбор работает всегда, а не действует выборочно. Это очевидно как аксиома.

5) Я потом прочитаю статьи, однако после 1986 года вышло очень много всего и есть колоссальные прорывы и в биологии и в эволюционной биологии и геологии, а потому мало-вероятно что такие статьи сейчас катируются полностью. Скорее всего какая-то часть основы и терминологии может иметь смысл, но хороших статей по генетике за Советский Союз можно пересчитать по пальцам, так как в эту эпоху биологическая наука была на коленях, а без генетики и биология сильно страдает да и объяснить эволюцию мало-возможно. Поэтому мне не совсем понятно почему данные учёные не способны объяснить появление новых фенотипических признаков при знании хотя-бы работы о независимом наследовании признаков (правильные идеи Ламарка ушли в эпигенетику и являются частью СТЭ, но стоит иметь ввиду, что эпигенетика никакого отношения к Лысенко не имеет, ибо он вообще не понимал, что говорит и делает).

Рецессивность, кодоминирование, доминирование, комплементарность и эпистаз всем биологам известны, а опыты с дрозофилами могут показать как действие стабилизирующего отбора так и дизруптивного на тот или иной признак, а потому пробелов именно в выводе новых признаков нет, есть проблема в достижении повторения результатов. Так вспоминая опыты Георгия Шапошникова, одного из немногих советских учёных, который пережил период Лысенковского мракобесия из под полы занимаясь генетикой называя её проверкой видообразования, смог показать появление новых видов тли, правда и он объяснить как так получилось толком не мог, ведь в 1950—60х годах у нас гены не существовали благодаря Лысенко. Он и не мог повторить свои опыты тоже, хотя несколько американских учёных к сожалению не помню имён позже занимались подобными опытами, но там и не тля была, а дрозофилы и там учёные показали кучу разных факторов, которые объясняли так называемое видообразование, но не превносили ничего нового в науку на тот момент времени. Эти ученые объясняли и генетические механизмы, которое не смогли объяснить советские учёные по понятным причинам, но опять же и американские опыты никто не перепроверял, да и по сути ни американцы ни русские не знали, что занимаются одним и тем же. Нужны ли эти опыты сейчас? Я не думаю, ибо никого особо и не удивит видообразование, а появление новых фенотипических признаков объяснить можно. Пробелы в СТЭ есть как и в любой теории, которая применяется на практике, но они явно не критичны