C++ с кроссплатформенностью и зависимостями

vcpkg и системный пакетный менеджер не конфликтуют?

{
    "name": "test",
    "version-string": "0.1.0",
    "port-version": 0,
    "homepage": "",
    "description": "",
    "dependencies": [
      "fmt",
      "cli11",
      "catch2"
    ]
  }

А причем здесь CMake, если vcpkg — это пакетный менеджер, и ничего более.
conan — именно что интеграция локального окружения проекта в процесс сборки. И не предполагает использования для релизной продакшен сборки. Скорее, дополняет пробел в автозаполнении сборочного окружения, если пакетов не доступно для целевой платформы.
vcpkg — пакетный менеджер, который или излишен, или не полон. Conan — девелоперское окружение за две команды консоли в любой системе, не сломав систему. CMake — сборка по де-факто соглашениям, без обязаловки.
CMake — гибкая система сборки с сотнями конфигурируемых и установленных по умолчанию во вменяемые значения параметров. Зависимости могут предоставлять CMake конфиги, и тогда find_package() все для нас сделает, и нам не важно — vcpkg пакет, yum, apt, pacman, или -DCMAKE_FOO_ROOT=/usr/local/foo.
А зависимости могут и не предоставлять конфиги, тогда или pkg-config, штатно оборачиваемый CMake модулями, или вручную написанный модуль, подсунутый через CMAKE_MODULE_PATH.

Может подскажите, как можно сказать vcpkg использовать определенный тулчейн?
К примеру, я хочу под Windows получить собранный с помощью clang-cl boost .

Для C++ есть и другой развитый пакетный менджер Conan, но он требует добавления файла conanfile.txt, а vcpkg обходится одним стадартным CMakeLists.txt

На самом деле можно все зависимости держать в CMakeLists.txt:

if(NOT EXISTS "${CMAKE_BINARY_DIR}/conan.cmake")
  message(STATUS "Downloading conan.cmake from https://github.com/conan-io/cmake-conan")
  file(DOWNLOAD "https://raw.githubusercontent.com/conan-io/cmake-conan/v0.16.1/conan.cmake"
                "${CMAKE_BINARY_DIR}/conan.cmake"
                TLS_VERIFY ON)
endif()

include(${CMAKE_BINARY_DIR}/conan.cmake)

conan_cmake_configure(REQUIRES fmt/6.1.2 
                      GENERATORS cmake_find_package)

conan_cmake_autodetect(settings)

conan_cmake_install(PATH_OR_REFERENCE .
                    BUILD missing
                    REMOTE conan-center
                    SETTINGS ${settings})

Ссылка на доки: https://docs.conan.io/en/latest/howtos/vs2017_cmake.html#using-cmake-conan

1. Установка зависимостей

Проверить есть ли нужная библиотека
vcpkg search yourdepname
Установить
vcpkg install yourdepname

На самом деле, это ничем от conan не отличается, просто замените vcpkg на conan, и название пакета приведите к формату, который использует conan.

Фишка conan в том, что все зависимости описываются в файле и потом одной командой устанавливаются conan install .