«Скрипт, начинающийся с S, запускается при входе, с K — при выходе.» — не совсем верно.
Первая буква указывает на действие: K — запустить этот скрипт с параметром stop, S — запустить с параметром start. А скрипты запускаются все, не имеет значения K или S.
Пара слов о Debian на Asus C90s и наглядное пособие по runlevel'ам для новичков