При написании нового метода или сервиса мы стараемся его максимально абстрагировать от внешних зависимостей, чтобы новый функционал реализовывал только заложенную ему логику. Об этом, собственно, нам и говорит один из принципов SOLID - Принцип единственной ответственности (single responsibility principle).

Я постоянно встречаю код, где если у метода больше двух входных аргументов, добавляется условный (array $args), что влечет за собой реализацию проверки наличия ключа, либо она отсутствует и тогда увеличивается вероятность того, что метод может закрашиться в рантайме.

Возможно, такой подход в PHP сложился исторически, из-за отсутствия строгой типизации и такого себе ООП. Ведь как по мне, то только с 7 версии можно было более-менее реализовать типизацию+ООП, используя strict_types и type hinting.