Драфт этой статьи был написан почти два месяца назад. Затем я заболел ковидом, а потом долго восстанавливал свои когнитивные способности, изгоняя из себя древесину.
Предполагаю, что многие из нас видели фокусы. Волшебство. Когда хочется воскликнуть:
— Да как ты это сделал! Это же невозможно!
Давайте посмотрим, какие возможности предоставляет Houdini (софт назван в честь Гарри Гудини, да) для работы с разным количеством объектов/данных/точек. Где есть место фокусам. И как они могут помочь при работе с большими и тяжёлыми сценами. И не забываем, что наша конечная наша цель — визуальное представление этих данных.
Чем больше биологических объектов мы показываем, тем сложнее сцена. Один иммуноглобулин IgG – это 13 тысяч атомов. А если мы показываем вирус SARS-CoV-2, облепленный антителами и двигающийся по поверхности клетки, то это порядка 50 миллионов атомов.
Расшифрованные структуры всех белков (и не только), которые учёные хотят сделать общественным достоянием, передаются в глобальную базу — PDB (Protein Data Bank). И любой школьник/студент/аспирант/профессор/велосипедист может свободно использовать какую угодно структуру, ссылаясь на источник. Изумительный случай человеческого единства.
Данные хранятся в формате файла PDB/CIF. Это облако точек/атомов с координатами. Информации достаточно, чтобы описать структуру объекта в пространстве. Хотя данных там больше — есть информация о химических элементах, аминокислотах и прочем. Для нас сейчас важны только атомы и их координаты.
1 VDB (воксели/кубики)
Воксели позволяют представлять модель/точки в виде кубиков. Они могут быть больше или меньше. Воксели не используются в чистовом производстве, т.к. криволинейную поверхность (например, сферу) сложно представить кубами. Чтобы сгладить воксели их конвертируются в полигоны. Обратный процесс тоже возможен. Воксели занимают много места. При линейном увеличении размера объём вокселей увеличивается в кубической зависимости. Тогда зачем нам воксели?
