Чтобы структура папок в Xcode совпадала с реальной, нужно создавать папки, а не группы.

File -> Add Files to «Project Name ...» (Alt + Cmd + A)
New Folder (Cmd + Shift + N)
В появившемся диалоге выбрать «Create groups»
Add

В результате этих действий создастся папка-группа, в которую можно добавлять новые файлы.