Проблема embedding в том, что при его использовании сложно контролировать расстояние между объектами. В моей задаче уже есть исходные требования, что какие-то объекты близки, а какие-то далеки. Я не встречал алгоритмов, которые строят embedding по заданной матрице расстояний. Не факт, что такое вообще возможно во всех случаях (ссылка). Безусловно, это интересный вопрос, заслуживающий отдельного исследования.
