Запуск всех сайтов от одного юзера www-data это очень плохой совет. Автор, как это часто бывает, пишет о себе

в этой статье я хотел показать фатальную недостаточность данных манипуляций и мягко говоря некомпетентность тех, кто их тиражирует в интернете.

Связка Nginx + php5-fpm с разграничением по юзерам даёт гораздо большую защищённость, а заодно и возможность гибкой конфигурации каждого сайта. То есть, одному можно включить open_basedr, другому php-apc.

Если кому интересен более безопасный способ запуска php — вот моя старая заметка.

А вот это — скрипт для добавления нового сайта, с автогенерацией паролей и созданием БД.