Спасибо за пост, познавательно. Если позволите, хотел предложить разделить запрос:

INSERT INTO pages_treepath (ancestor, descendant)
SELECT ancestor, 12 FROM pages_treepath
WHERE descendant = 4
UNION ALL
SELECT 12, 12

на два: отдельно выборка и далее вставка.
Я понимаю, что планируется используются запросы по индексам и так далее, но все же лучше перестраховаться. Данная связка может вызвать продолжительную блокировку pages_treepath, что может окажазать ощутимое влияние на производительность. Одна из статей про это на Percona