Это много от чего зависит. Чем качественнее расчёт (хорошее приближение для электронной задачи, учёт растворителя, квантовых ядерных эффектов, размер ячейки, длина траектории, число траекторий), тем лучше будет согласие.
Для комбинационного рассеяния чуть более сложный расчёт нужен (см. например в Phys. Chem. Chem. Phys., 2013,15, 6608-6622). Во-первых, в каждой точке траектории нужно считать тензор поляризации (это чуть дороже, и не все софты не со всеми методами это умеют). Во-вторых, сам спектр считается через ФДТ. Делать это нужно в двух программах: одна гонит динамику (это может быть, например, GAMESS US), а вторая считает спектр по ФДТ (например, это может делать упоминавшийся в тексте TRAVIS). А визуализировать можно в чём угодно: Gnuplot, Origin, Excel, и т.д. и т.п.
Можно ли оценить пропорции свободно летающих водорода и гелия, и их же в составе звёзд и других небесных тел?
Да, конечно. Это можно сделать смотря на интенсивности различных линий поглощения, при помощи закона Бугера-Ламберта-Бера. Некоторые компоненты могут быть не различимы таким образом, поэтому для них могут потребоваться какие-то ещё соображения. Например, если из интенсивностей линий вытащить температуру куска пространства, то можно по известным компонентам попробовать оценить концентрации неизвестных из констант равновесия.
Ну как такой умный и крутой квантовый химик может писать "по-сути"?? Эххх))
Эээх, впрочем, мой язык вполне соответствует уровню развития Эллочки-людоедки, так что мне это не так удивительно. Спасибо, я попробую поправить в тексте.
Да, так и есть: экстремально низкие температуры, экстремально низкие плотности газа, и практически никаких шансов формирования. А увидеть эти штуки ещё сложнее :)
Для вероятности "взять", конечно, нужно брать по штукам, но мы всё равно численных оценок не делаем, поэтому нам не важно сколько именно, главное, что много водорода и гелия.
Да, они действительно там встроены не нативно, но если пихнуть XTB куда нужно, то в итоге можно весь полновесный набор фич Орки гнать с этой полуэмпирикой. Впрочем, там есть гриммовские 3c методы, коих для обычного пользования вполне может хватить.
Из бесплатных для некоммерческого применения, пусть и с закрытым кодом, я бы рекомендовал ORCA.
Описание того, как считать Оркой, у меня бы заняло не меньше места, чем всего остального. Да и для расчёта кораннулена на ПК потребуется не пара секунд (впрочем, GFN2-xTB методы в ней тоже есть).
Если же анализ колебаний не предполагается (как в Вашем примере), то лучше их вообще не рассчитывать, так как такой расчёт часто более длителен и тяжёл (требует больше оперативы), чем сама оптимизация.
Учитывая, что XTB считает на ПК пару секунд, имхо, лучше оставить. Вдруг кто посмотрит, прикольно же. :) А так да, опции --opt было бы вполне достаточно.
не могли бы Вы на пальцах разъяснить, что такое R_0, которая "контролирует "размер" орбитали".
А очень просто. Например, мы можем посчитать размер орбитали как среднее значение радиуса полёта электрона (просто усреднить расстояние от ядра по соответствующему распределению). И вот эта величина и будет пропорциональна R_{0}.
По факту классическая рисовка - это поверхность доверительной вероятности.
Не совсем так: стандартная рисовка -- это изоповерхности для заданного значения вероятности (чисто из-за простоты).
По факту классическая рисовка - это поверхность доверительной вероятности.
А для этого есть в коде отдельный ключик: --NumSteps. Я на него не обращал внимания, т.к. концептуально он мало на что влияет, а форма в таком построении всегда на дальних рубежах будет "рваной".
Можете построить их для квартилей волновой функции, в дополнение к точкам.
Спасибо, но мне кажется это лишнее, чисто из-за того, что изображение в виде поверхности умеет хорошо строить тот же Jmol.
Да, это действительно можно делать. Там это концептуально чуточку посложнее, т.к. надо залезать в алгебру сферических гармоник, чтобы сделать для начала действительные комбинации (впрочем, там не сложно, надо брать комбинации с противоположными значениями магнитного квантового числа), а потом ещё избавиться от комплексных чисел, но в целом это вполне хорошая задачка: переделать код под такое.
Собственно, нынешнее представление бралось ещё и из-за удобства построения различных демонстраций гибридизации, там это чуточку более визуально понятно, чем в терминах сферических гармоник.
А как там поможет вигнеровская функция? Она же определена для x-p фазового пространства, а в многокубитных случаях обычно просто прямое произведение конечномерных пространств одночастичных состояний?
на мой взгляд все такие попытки: а) мало читаемые и чересчур сложные (всякие одномерные срезы или столбиковые диаграммы тут будут приятнее, на мой вкус), b) имеют различные ограничения, c) на порядок более сложные конструктивно.
Спасибо большое за вопрос: это очень важный аспект, который у меня вылетел из головы во время написания статьи. Я проапдейтил текст, добавив нужное пояснение в конец.
Поскольку электродинамика, которая описывает всё это дело, квантовая, то, естественно, поле тоже квантуется. Но при обычных интенсивностях полей, эффекты от квантования не заметны, поэтому в обычной жизни можно об этом не думать, и считать поле непрерывным, и описываемым классической электродинамикой.
Это много от чего зависит. Чем качественнее расчёт (хорошее приближение для электронной задачи, учёт растворителя, квантовых ядерных эффектов, размер ячейки, длина траектории, число траекторий), тем лучше будет согласие.
Для комбинационного рассеяния чуть более сложный расчёт нужен (см. например в Phys. Chem. Chem. Phys., 2013,15, 6608-6622). Во-первых, в каждой точке траектории нужно считать тензор поляризации (это чуть дороже, и не все софты не со всеми методами это умеют). Во-вторых, сам спектр считается через ФДТ. Делать это нужно в двух программах: одна гонит динамику (это может быть, например, GAMESS US), а вторая считает спектр по ФДТ (например, это может делать упоминавшийся в тексте TRAVIS). А визуализировать можно в чём угодно: Gnuplot, Origin, Excel, и т.д. и т.п.
Вам же дали ответ. Нет, это не лёд. Это именно кластер воды в газовой фазе, считайте один из компонентов пара, и аналог скорей жидкой воды.
Спасибо!
Да, конечно. Это можно сделать смотря на интенсивности различных линий поглощения, при помощи закона Бугера-Ламберта-Бера. Некоторые компоненты могут быть не различимы таким образом, поэтому для них могут потребоваться какие-то ещё соображения. Например, если из интенсивностей линий вытащить температуру куска пространства, то можно по известным компонентам попробовать оценить концентрации неизвестных из констант равновесия.
Эээх, впрочем, мой язык вполне соответствует уровню развития Эллочки-людоедки, так что мне это не так удивительно. Спасибо, я попробую поправить в тексте.
Да, так и есть: экстремально низкие температуры, экстремально низкие плотности газа, и практически никаких шансов формирования. А увидеть эти штуки ещё сложнее :)
Числа даны по массе, по штукам получается ещё больше водорода (92%). https://courses.lumenlearning.com/astronomy/chapter/the-structure-and-composition-of-the-sun/
Для вероятности "взять", конечно, нужно брать по штукам, но мы всё равно численных оценок не делаем, поэтому нам не важно сколько именно, главное, что много водорода и гелия.
Да, они действительно там встроены не нативно, но если пихнуть XTB куда нужно, то в итоге можно весь полновесный набор фич Орки гнать с этой полуэмпирикой. Впрочем, там есть гриммовские 3c методы, коих для обычного пользования вполне может хватить.
Описание того, как считать Оркой, у меня бы заняло не меньше места, чем всего остального. Да и для расчёта кораннулена на ПК потребуется не пара секунд (впрочем, GFN2-xTB методы в ней тоже есть).
Учитывая, что XTB считает на ПК пару секунд, имхо, лучше оставить. Вдруг кто посмотрит, прикольно же. :) А так да, опции --opt было бы вполне достаточно.
Авогадро я люблю, но (линуксовая версия, по крайней мере) оч глючная и падает при любом удобном случае. Но пока работает, да, хороший.
Прикольно и красиво, но всё ж Wolfram не всем по карману. Вообще флагманами рисовалок я бы назвал VMD, PyMOL, Chimera, RasMol и Chemcraft.
А очень просто. Например, мы можем посчитать размер орбитали как среднее значение радиуса полёта электрона (просто усреднить расстояние от ядра по соответствующему распределению). И вот эта величина и будет пропорциональна R_{0}.
Спасибо большое, очень классная рекомендация.
Не совсем так: стандартная рисовка -- это изоповерхности для заданного значения вероятности (чисто из-за простоты).
А для этого есть в коде отдельный ключик:
--NumSteps. Я на него не обращал внимания, т.к. концептуально он мало на что влияет, а форма в таком построении всегда на дальних рубежах будет "рваной".Спасибо, но мне кажется это лишнее, чисто из-за того, что изображение в виде поверхности умеет хорошо строить тот же Jmol.
Спасибо за комментарий.
Да, это действительно можно делать. Там это концептуально чуточку посложнее, т.к. надо залезать в алгебру сферических гармоник, чтобы сделать для начала действительные комбинации (впрочем, там не сложно, надо брать комбинации с противоположными значениями магнитного квантового числа), а потом ещё избавиться от комплексных чисел, но в целом это вполне хорошая задачка: переделать код под такое.
Собственно, нынешнее представление бралось ещё и из-за удобства построения различных демонстраций гибридизации, там это чуточку более визуально понятно, чем в терминах сферических гармоник.
Прикольно, спасибо большое.
А как там поможет вигнеровская функция? Она же определена для x-p фазового пространства, а в многокубитных случаях обычно просто прямое произведение конечномерных пространств одночастичных состояний?
Это же попытка визуализации
на мой взгляд все такие попытки: а) мало читаемые и чересчур сложные (всякие одномерные срезы или столбиковые диаграммы тут будут приятнее, на мой вкус), b) имеют различные ограничения, c) на порядок более сложные конструктивно.
Спасибо большое за вопрос: это очень важный аспект, который у меня вылетел из головы во время написания статьи. Я проапдейтил текст, добавив нужное пояснение в конец.
Спасибо ещё раз большое.
Поскольку электродинамика, которая описывает всё это дело, квантовая, то, естественно, поле тоже квантуется. Но при обычных интенсивностях полей, эффекты от квантования не заметны, поэтому в обычной жизни можно об этом не думать, и считать поле непрерывным, и описываемым классической электродинамикой.