В большинстве случаев, когда встречается что-то ранее неизвестное, люди пытаются объяснить это с помощью накопленного опыта, разложить в терминах известных вещей, развесить простые односложные ярлыки. После этого наступает порядок и ощущение полного понимания. Это очень полезный навык, но иногда такой подход не позволяет увидеть другие грани явления, пропущенные при первичном ознакомлении.
R Markdown прочно вошел в инструментальный стек R и воспринимается как базовый компонент. Однако, применительно к R Markdown практически все осуществляют такой же промах. Связка «R Markdown — это html отчет» формируется на первом шаге и дальше именно так и применятся. Реальность несколько многообразнее.