Пока что я заметил, что Вы уже как минимум два раза выполняете проход по файлу. Вы уверены что оно так должно и быть? Не проще ли исползовать модель конечных автоматов? ;)
К меня догнали! Ханойские башни уже написаны на BF, мой интерпретатор чистый код BF, без стандартных комментариев вроде выполняет. Сейчас работаю над чем-то вроде стандартной библиотеки, чтобы для вывода символа «A» не надо было 65 раз '+' делать, а просто вызвать функцию.
Пишем интерпретатор для своего эзотерического языка (часть 2)