Можно экспортировать приложение как app — оно будет подписано, а потом сделать инсталлер через PackageMaker (очень просто) — он тоже позволит выбрать сертификат.
А сервис может подписать метапакет (.mpkg)? При попытке поставить подпись я получаю «No valid packages selected». Может быть вы знаете хоть какой-нибудь работающий способ подписи метапакетов?
Подписываем установщик Developer ID сертификатом