Вы не думаете что риск отсутсвия Flash на машине пользователя сопоставим с риском, того что его браузер не поймет JS, который вы предложите взамен.
Пример из жизни. В нашем последнем проекте мы реализовывали mp3-плеер и компонент с анимацией. В итоге мы приняли стратегическое решение: там где без флеша невозможно (mp3) засунуть его в бэк-енд, а контроллер и view сделать на JS. С учетом кроссбраузерности и сложности задачи по анимации мы потратили один человеко-месяц и едва не лишились поддержки IE6. Не думаю что если бы мы остановились на Flash, результат был бы хуже.
Вдогонку. Про правильное использование JS.
А и пусть не понимает. Сайт, сделанный на HTML+CSS - будет работать без JS. Без красивостей, DHTML, AJAX и прочего украшательства, но будет. Пользователь увидит контент. Ведь он же за контентом пришел, верно? Цель достигнута.
Пока сложно сказать, я его как-то не использовал в промышленных масштабах. Да и не профилировал пока, если уж на то пошло. А для сотворения пары-тройки визуальных эффектов производительность вполне достаточна.
О превалировании содержимого над формой