Вообще странно
У меня в Debian после apt-get upgrade все работает как надо. То есть при обновлении java-timezone все само обновилось. Правда в него льются логи Apache, в которых есть правильное время
Проблема со стандартами, что очень сложно заставить всех на них перейти.
Под linux ситуация с таймзонами чуть лучше, чем в win благодаря tzdata, но далеко не все на него перешли. Некоторые (типа joda-time) таскают свою версию tzdata. Это было актуально для решения проблем типа «нельзя обновить java, но можно передеплоить приложение», но, естественно, создает собственные проблемы. Некоторые импортируют данные из tzdata к себе, как mysql.
Обновил tzdata, рестартнул для порядка Logstash и все на этом, никаких других манипуляций не потребовалось. Logstashforwarder'ы на клиентах не трогал. Centos.
Обновление timezone в logstash