Если кому-то интересно — сколько нибудь сложный плагин сломается с 99% в нескольких местах (не шутка, а опыт).
К примеру, в UIkit сломана половина функциональности. Часть можно достаточно быстро исправить, часть нужно долго дебажить.
Посему рекомендую начать как можно раньше.
По сути, всё стало строже, так что при совместимости с 3.0 код скорее всего будет обратно совместимо с предыдущими версиями, и это хорошо.
Наконец-то show и hide можно будет использовать без последствий для производительности. Я уже взял за привычку писать css('display', 'none') и css('display', '').
Опубликованы jQuery 3.0 alpha и jQuery Compat 3.0 alpha