Не совсем понимаю какие проблемы вы имеете ввиду. Вы не могли бы, пожалуйста, уточнить ? PS: у нас какое то время были активны несколько инстансов собирающих статистику, но мы не заметили каких либо проблем или странных показателей.
Думаю проблема в следующем: у вас есть k8s кластер и в нем запущено 5 экземпляров одного и того же кода. Каждый экземпляр репортит свои счётчики под общим именем - для App Insights это будет выглядеть как скачки метрик или он сможет агрегировать и потом выделять конкретный экземпляр приложения?
Инструменты мониторинга ASP NET Core приложения в Azure: Event counters