Убрать обработку php даст защиту только при прямом обращении к файлу, если же у вас на сайте будет хотябы локальный инклуд к примеру в переменной path, то index.php?path=/upload/file.php (расширение у file.php может быть хоть jpg лишь бы внутри был пхп кодес) все прекрасно выполнится. :)
В папках, в которым пользователям делать нечего, такой .htaccess должен быть в любом случае, независимо от того, загружаются туда файлы или нет. И пустой файл index.html, чтобы при отсутствии запрета на доступ невозможно было просмотреть список файлов папке. И правильные права на все папки- к примеру такой папке не нужны права на исполнение (-x-).
Простой способ защиты от заливаемых шеллов и иже с ними скриптов в папки uploads