1. Может
2. Если иностранная компания зарегистрирована в РФ, то она является налоговым агентом и ОБЯЗАНА перечислять все ваши налоги(в том числе и 13% НДФЛ), если не зарегистрирована, то вам придётся ежегодно до 1 апреля ходить в свою налоговую и заполнять там декларацию по форме 3-НДФЛ. Кстати, можно с их сайта скачать программу и она автоматом всё распечатает(естественно, после ввода вами начальных данных).
P.S> Но если предполагается «длительные взаимоотношения», то мне кажется предпочтительнее зарегистрироваться как ИП.
Не уверен, что понимаю, что вы имеете в виду под вычетом на расходы. Но вот скажем из налога на прибыль ИП можно вычитать пенсионные отчисления, это да.
Вопрос про трудовое законодательство