Все-таки нечеткое множество и приближенное множество — разные вещи. Для нечеткого множества определена функция пренадлежности, для приближенного — нет.
По-поводу выбора шкалы значений — Бета-значение — это процент метилирования, значение от 0 до 1. Скажем если сигнал одной пробы пропорционален количеству метилированных молекул в образце (M), а сигнал другой — количеству неметилированных (U), то процент метилирования будет очевидно M / (M + U). Проблема с этой шкалой одна — это линейная шкала. Для микрочипов вообще давно уже принята логарифмическая шкала. Почему — вопрос отдельной статьи. Поэтому обычно вместо процента метилирования используется значение log2(M/U), которое не несет никакого биологического смысла. Оно и называется M — значением (увы, тут фигурируют две буквы M, но это вопрос не ко мне — так исторически сложилось). Можно показать что это значение в определенном смысле точнее.
Спасибо. Согласен, когда долго работаешь над чем-то одним, глаз замыливается — кажется, что все просто и понятно.
Нет, измеряется уровень метилирования каждого конкретного CpG сайта. Для каждого из них известна позиция в каждом геном-билде. Описанный мной чип покрывает около 450000 сайтов, это где-то около 1 — 1.5 процента всех CpG динуклеотидов в геноме.
Во-первых CpG сайты обладают свойством «скапливаться» на определенных участках генома — так называемые CpG острова. Википедия говорит, что около 40 процентов генов имеют CpG острова в районе промотера. Поэтому часто играет роль насколько метилирован весь остров.
Во-вторых метилированные сайты очень редко полностью глушат экспрессию генов. Обычно они затрудняют работу механизмов экспрессии — чем сильнее метилированы сайты в районе промотера или TSS, тем меньше транскрибируется, например мРНК. Есть кстати и обратные примеры — увеличивается метилирование сайтов в районе промотера — увеличивается экспрессия. Правда, это случается довольно редко.
Нет, измеряется уровень метилирования каждого конкретного CpG сайта. Для каждого из них известна позиция в каждом геном-билде. Описанный мной чип покрывает около 450000 сайтов, это где-то около 1 — 1.5 процента всех CpG динуклеотидов в геноме.
Во-первых CpG сайты обладают свойством «скапливаться» на определенных участках генома — так называемые CpG острова. Википедия говорит, что около 40 процентов генов имеют CpG острова в районе промотера. Поэтому часто играет роль насколько метилирован весь остров.
Во-вторых метилированные сайты очень редко полностью глушат экспрессию генов. Обычно они затрудняют работу механизмов экспрессии — чем сильнее метилированы сайты в районе промотера или TSS, тем меньше транскрибируется, например мРНК. Есть кстати и обратные примеры — увеличивается метилирование сайтов в районе промотера — увеличивается экспрессия. Правда, это случается довольно редко.