В мае 2008 года мы обсуждали новую компьютерную игру Fold.it, которую разработали учёные из Вашингтонского университета (США). Программа представляет собой модель сворачивания белков в трёхмерные конструкции. Геймер должен попытаться сделать это наиболее удачным образом, работая с настоящими протеинами. Результаты отправляются в центр обработки, где их проверяют на суперкомпьютере.
За три прошедших года игроки смогли сложить несколько удачных молекул, но их последняя находка не идёт ни в какое сравнение с предыдущими: была обнаружена и подтверждена точная модель фермента протеазы, который играет ключевую роль в заражении организма обезьян ретровирусом ВИЧ. Модель этого белка не удавалось получить в течение уже 15-ти лет. Теперь же можно попробовать создать лекарство, которое воздействует на этот фермент.
Вчера в научном журнале Nature Structural & Molecular Biology была опубликована статья с полным описанием этого белка и благодарностью игрокам Fold.It. которые сумели составить его модель.
Модель фермента из иллюстрации к научной статье
Скриншот из игры Fold.It с этим ферментом
Каждый протеин (в человеческом теле их более 100 000 видов) представляет собой длинную молекулу. Предсказать, в какую замысловатую форму свернётся эта молекула в тех или иных условиях (и способна ли она вообще свернуться в какую-либо устойчивую форму) — задача высшей степени сложности. Компьютерное моделирование представляет собой ресурсоёмкий процесс, но в то же время критически важный в фармацевтике. Ведь не зная формы белка невозможно смоделировать его свойства. Если же эти свойства являются полезными, то протеины можно синтезировать и на их базе сделать новые эффективные препараты.
В настоящее время над обсчитыванием модели каждой новой молекулы белка трудятся сотни тысяч компьютеров, но в рамках проекта Fold.It предложен новый способ: не тупой перебор всех вариантов, а интеллектуальный мозговой штурм через компьютерную игру. Количество вариантов сокращается на порядок, а суперкомпьютер гораздо быстрее найдёт правильные параметры фолдинга.
В трёхмерную «развлекалку» Fold.it могут играть все: даже дети и секретарши, которые понятия не имеют о молекулярной биологии. Разработчики постарались сделать такую игру, чтобы она была интересна каждому. А результат игры вполне может стать основой для Нобелевской премии и спасти жизни тысяч людей.
За три прошедших года игроки смогли сложить несколько удачных молекул, но их последняя находка не идёт ни в какое сравнение с предыдущими: была обнаружена и подтверждена точная модель фермента протеазы, который играет ключевую роль в заражении организма обезьян ретровирусом ВИЧ. Модель этого белка не удавалось получить в течение уже 15-ти лет. Теперь же можно попробовать создать лекарство, которое воздействует на этот фермент.
Вчера в научном журнале Nature Structural & Molecular Biology была опубликована статья с полным описанием этого белка и благодарностью игрокам Fold.It. которые сумели составить его модель.
Модель фермента из иллюстрации к научной статье
Скриншот из игры Fold.It с этим ферментом
Каждый протеин (в человеческом теле их более 100 000 видов) представляет собой длинную молекулу. Предсказать, в какую замысловатую форму свернётся эта молекула в тех или иных условиях (и способна ли она вообще свернуться в какую-либо устойчивую форму) — задача высшей степени сложности. Компьютерное моделирование представляет собой ресурсоёмкий процесс, но в то же время критически важный в фармацевтике. Ведь не зная формы белка невозможно смоделировать его свойства. Если же эти свойства являются полезными, то протеины можно синтезировать и на их базе сделать новые эффективные препараты.
В настоящее время над обсчитыванием модели каждой новой молекулы белка трудятся сотни тысяч компьютеров, но в рамках проекта Fold.It предложен новый способ: не тупой перебор всех вариантов, а интеллектуальный мозговой штурм через компьютерную игру. Количество вариантов сокращается на порядок, а суперкомпьютер гораздо быстрее найдёт правильные параметры фолдинга.
В трёхмерную «развлекалку» Fold.it могут играть все: даже дети и секретарши, которые понятия не имеют о молекулярной биологии. Разработчики постарались сделать такую игру, чтобы она была интересна каждому. А результат игры вполне может стать основой для Нобелевской премии и спасти жизни тысяч людей.
