В сервисе Яндекс.Почта можно довольно давно можно создавать вложенные папки. Одна беда — средствами веб-интерфейса невозможно уже созданную папку вложить в другую. Поддержка сообщает, что способа нет.

Но выход есть:
1. Подключаемся к Яндекс.Почте по IMAP почтовым клиентом( в моем случае Outlook);
2. При помощи клиента можно перенести папки туда, куда нужно;
3. Ура! Папки структурированы как надо!