Дело в том, что у нод должен сохраняться их старый алиас (который как раз генерирует pathauto), но все ссылки на них нужно заменить на кастомные. Я в своем модуле логирую, а потом совершаю 301 редирект на родной алиас.
Зачем, views тоже использует синонимы если они есть. Вообще сейчас мне непонятна ваша задача: views + у нод уже есть синонимы путей, зачем тогда вручную переписываете ссылки?
Это выставляется в настройках pathauto — мжно хранить хоть по 50 алиасов для ноды, причем можно еще и отдавать поисковику хедер о том, что нода переехала на новый адрес.
И? Когда стоит такая галка, то вюхи отлично пользуются значениями, которые сгенерировал pathauto. Тут важно помнить 2 вещи — нужне сгенерить алиасы для всех нод, после смены шаблона пути для контент-тайпа в pathauto и не забыть очистить кэш, чтобы вьюхи перегенерили контент.
Подмена node alias