Тем же, чем perl отличается от python - синтаксисом и набором библиотек. Даже корректнее, наверное, было бы упомянуть про ruby, все-таке prototype имитирует его синтаксис.
По иновационности Prototype, похоже не успевает за jQuery, но и у jQuery есть более чем достойный конкурент. Рекомендую познакомиться с http://mootools.net/ - мощь от Prototype, компактность от jQuery + модульная архитектура. Кстати, модуль визуальных эффектов для mootools весит 3kb
Главный камень преткновения во всех существующих библиотеках - это выбор элементов через выражения CSS или XPath. Пока, конкурентов jQuery в этом нет.
Prototype и mootools курят в сторонке.
Но все же, насколько Prototype удобен с точки зрения именно программирования.
А у jQuery, пожалуй, самые активные разработчики плагинов.
А mootools - вещь в себе.
Основная сложность jQuery - нестройная система. Безусловно $() там "выглядит" мощнее, но на самом деле эта функция работает как контролер для нескольких других функций, причем разбивка идет по типу получаемего аргумента. Что не есть разумно.
Функционально jQuery от prototype не отличается вообще.
Главный плюс jQuery в том, что он сразу идет в ужатом виде, хотя я лично предпочитаю ужимать налету на сервере с помощью gz, например, как тут http://phpclasses.segmenta.ru/browse/pac…
При каждом запросе сжимать на лету статический файл - не лучшее упражнение для сервера. Почему бы не брать сразу 19 Кб вариант?
(Если вы его твикаете, то можно взять с svn://jquery.com/trunk нормальные сорцы и билдить сжатый вариант при выкладывании на сервер).
не хочу тут флейм не по теме разводить, но не могу и удержаться от ответа :).
Естественно все кэшируется на сервере, и отдается уже готовый ужатый один файл, в который включается несколько скриптов, как сама библиотека, так и мои пользовательские скрипты. Пережимается только при обновлении библиотеки или моих скриптов.
Релиз: Prototype v1.5. И новый официальный сайт.